linux使用pip或conda安装新的软件-最好新建环境

在安装了PRODIGY: 蛋白-蛋白/蛋白-小分子结合能预测工具 后，发现电脑上的colabfold无法使用，报错如下：

mrc3@wanglab-node3:test$ bash Run_colabfold.sh

Traceback (most recent call last): File "/home/mrc3/software/colabfold/localcolabfold/colabfold-conda/bin/colabfold_batch", line 5, in <module> from colabfold.batch import main File "/home/mrc3/software/colabfold/localcolabfold/colabfold-conda/lib/python3.10/site-packages/colabfold/batch.py", line 28, in <module> silence_tensorflow()

......

ValueError: numpy.dtype size changed, may indicate binary incompatibility. Expected 96 from C header, got 88 from PyObject

 

经查，可能是numpy的版本与colabfold不匹配。

 

于是我看了下本机numpy版本信息：

>>> import numpy as np
>>> print(np.__version__)
2.2.6

也看了下其它能用colabfold的节点的numpy版本，是1.26.4

于是执行：

pip install numpy==1.26.4

colabfold重新可用，同时prodigy也可用！

 

这件事提醒我们，linux使用pip或conda安装新的软件-最好是新建环境，基本环境不要轻易改变，不然会带来意想不到的麻烦。