摘要：7.4 Umbrella Sampling Example计算丙氨酸二肽 Phi/Psi 旋转的 PMF http://ambermd.org/tutorials/advanced/tutorial17/index.php 1) Generating and Relaxing the Initial 阅读全文

摘要：6.4 Adaptive Steered Molecular Dynamics 理论背景： SMD 利用施加steering力的伪粒子，以便以特定速度穿过反应坐标。 这个外力允许人们在MD模拟时间尺度的范围内观察分子的变化。 采用 Jarzynski 等式，在 SMD 模拟期间对系统执行的非平衡功可 阅读全文

摘要：6.3 Using Accelerated Molecular Dynamics (aMD) to enhance sampling 英文官网：http://ambermd.org/tutorials/advanced/tutorial22/index.php 另外可参考 https://blog. 阅读全文

摘要：https://ambermd.org/tutorials/advanced/tutorial4/index.php 这部分主要学习如何限制键长键角二面角。 施加限制的prod.in文件如下： hold-npt &cntrl imin=0,irest=1,ntx=5, nstlim=50000000 阅读全文

摘要：Metal Ion Modeling Tutorial 包含了Bonded Model，Nonbonded Model以及Cationic Dummy Atom Model 其中Bonded Model包含了两种方法，一种是MCPB；另一种是它的python版本MCPB.py，其优化了工作流，并使用 阅读全文

摘要：2022.11.24更新：使用MMPBSA计算（小分子） 和 （蛋白+其它小分子）的结合自由能 MMPBSA是可以做的，实践上发现只能使用MMPBSA.py，或者MMPBA.py.MPI调用一个线程，不能并行。 例子：计算泛醇分子从LH1中解离后，在膜内的结合自由能。如果使用常规的MMPBSA，即只 阅读全文

摘要：一、The information contained in different file types 红色标记表示与LEaP无关的信息 二、How Does LEaP Work? 阅读全文

摘要：1 Building Systems 1.1 用pdb4amber准备PDB文件 学习结果： 了解Amber基本信息流中的步骤 了解pdb4amber命令的基本语法 介绍：pdb4amber -h 基本用法：pdb4amber -i pdbin.pdb -o pdbout.pdb [-options 阅读全文