emanlee - 博客园

2023年1月30日

摘要： centos linux 统计文件行数和列数 centos linux 统计文件行数 wc -l filename centos linux 统计文件列数（列分隔符为空格或Tab） awk 'END{print NF}' filename centos linux 统计文件列数，指定列分隔符为逗号：阅读全文

posted @ 2023-01-30 20:39 emanlee 阅读(879) 评论(0) 推荐(0)

AttributeError: module 'numpy' has no attribute 'object'

摘要： AttributeError: module 'numpy' has no attribute 'object' 解决方案： pip uninstall numpy pip install numpy==1.23.4 Since version 1.24 of numpy, np.object is 阅读全文

posted @ 2023-01-30 12:21 emanlee 阅读(19784) 评论(0) 推荐(0)

2023年1月29日

jupyter notebook 获取当前正在运行的代码文件名字

摘要： conda install ipyparams import ipyparamscurrentNotebook = ipyparams.notebook_name 阅读全文

posted @ 2023-01-29 13:50 emanlee 阅读(348) 评论(0) 推荐(0)

2023年1月28日

bigwig文件转换为big文件

摘要：将bigwig转换为wig conda install -c bioconda ucsc-bigwigtowig bigWigToWig signal.bigWig signal.wig bigWigToWig ： Convert bigWig to wig. http://hgdownload.c 阅读全文

posted @ 2023-01-28 23:55 emanlee 阅读(419) 评论(0) 推荐(0)

jupyter notebook 配置虚拟环境(为 jupyter notebook 新增虚拟环境)

摘要：查看 anaconda3 安装了哪些虚拟环境 conda env list 或 conda info -e 确认当前存在什么虚拟环境。 [rin]# conda env list# conda environments:# /home/ji/software/Anaconda/base * /hom 阅读全文

posted @ 2023-01-28 15:27 emanlee 阅读(882) 评论(0) 推荐(0)

安装了多个anaconda导致的冲突问题

摘要： echo $PATH /usr/lib/jvm/java-1.8.0-openjdk-1.8.0.191.b12-1.el7_6.x86_64/jre/bin/home/software/anaconda3/envs/mydlenv/bin/home/software/anaconda3/conda 阅读全文

posted @ 2023-01-28 15:02 emanlee 阅读(387) 评论(0) 推荐(0)

远程使用 jupyter notebook

摘要：远程访问jupyter notebook jupyter notebook是一个基于浏览器的python数据分析工具，使用起来非常方便，具有极强的交互方式和富文本的展示效果。它的安装也非常方便，一般Anaconda安装包中会自带。安装好以后直接输入jupyter notebook便可以在浏览器中使用阅读全文

posted @ 2023-01-28 12:07 emanlee 阅读(350) 评论(0) 推荐(0)

grep 如何解决匹配前后的字符

摘要： grep 如何解决匹配前后的字符 echo "45645645645aaa45645646" | grep -o -P '.{0,3}aaa.{0,4}' 645aaa4564 前 3 个字符，后 4 个字符哪些目录安装了anaconda3 locate anaconda3 | grep -o - 阅读全文

posted @ 2023-01-28 10:45 emanlee 阅读(353) 评论(0) 推荐(0)

2023年1月23日

下载 cmder

摘要：下载 cmder https://cmder.app/ https://github.com/cmderdev/cmder/releases/download/v1.3.21/cmder.zip 阅读全文

posted @ 2023-01-23 13:20 emanlee 阅读(276) 评论(0) 推荐(0)

2023年1月22日

wig bigwig bedgraph 文件格式

摘要：测序数据分析中涉及的常用格式：测序得到的是带有质量值的碱基序列(fastq格式)，参考基因组是(fasta格式)，用比对工具把fastq格式的序列比对到对应的fasta格式的参考基因序列，就可以产生sam格式的比对文件。把sam格式的文本文件压缩成二进制bam文件可以节省空间，如果对参考基因组上面阅读全文

posted @ 2023-01-22 18:23 emanlee 阅读(1649) 评论(0) 推荐(0)