emanlee - 博客园

2023年2月1日

摘要： wget https://github.com/arq5x/bedtools2/archive/v2.25.0.tar.gztar xzvf v2.25.0 cd bedtools2-2.25.0/makecd bin/export PATH=$PWD:$PATH REF https://www.c 阅读全文

posted @ 2023-02-01 21:57 emanlee 阅读(346) 评论(0) 推荐(0)

pybedtools 安装和使用难用且坑多，一定要检查结果

摘要： REF https://daler.github.io/pybedtools/search.html?q=cat 示例数据： # more /python3.8/site-packages/pybedtools/test/data/a.bedchr1 1 100 feature1 0 +chr1 1 阅读全文

posted @ 2023-02-01 20:03 emanlee 阅读(858) 评论(0) 推荐(0)

2023年1月30日

AttributeError: module 'tensorflow' has no attribute 'keras'

摘要： model = tf.keras.models.Sequential 解决方法：这个问题是没有导库进来解决方法：from tensorflow import keras TensorFlow 1.X 和 2.X差异很多，其中，导入包也会有很多差异。对于已有的代码，通过他们导入的方式可以判别是 T 阅读全文

posted @ 2023-01-30 21:43 emanlee 阅读(1759) 评论(0) 推荐(0)

centos linux wc统计文件行数和 awk统计文件列数的命令

摘要： centos linux 统计文件行数和列数 centos linux 统计文件行数 wc -l filename centos linux 统计文件列数（列分隔符为空格或Tab） awk 'END{print NF}' filename centos linux 统计文件列数，指定列分隔符为逗号：阅读全文

posted @ 2023-01-30 20:39 emanlee 阅读(900) 评论(0) 推荐(0)

AttributeError: module 'numpy' has no attribute 'object'

摘要： AttributeError: module 'numpy' has no attribute 'object' 解决方案： pip uninstall numpy pip install numpy==1.23.4 Since version 1.24 of numpy, np.object is 阅读全文

posted @ 2023-01-30 12:21 emanlee 阅读(19826) 评论(0) 推荐(0)

2023年1月29日

jupyter notebook 获取当前正在运行的代码文件名字

摘要： conda install ipyparams import ipyparamscurrentNotebook = ipyparams.notebook_name 阅读全文

posted @ 2023-01-29 13:50 emanlee 阅读(360) 评论(0) 推荐(0)

2023年1月28日

bigwig文件转换为big文件

摘要：将bigwig转换为wig conda install -c bioconda ucsc-bigwigtowig bigWigToWig signal.bigWig signal.wig bigWigToWig ： Convert bigWig to wig. http://hgdownload.c 阅读全文

posted @ 2023-01-28 23:55 emanlee 阅读(437) 评论(0) 推荐(0)

jupyter notebook 配置虚拟环境(为 jupyter notebook 新增虚拟环境)

摘要：查看 anaconda3 安装了哪些虚拟环境 conda env list 或 conda info -e 确认当前存在什么虚拟环境。 [rin]# conda env list# conda environments:# /home/ji/software/Anaconda/base * /hom 阅读全文

posted @ 2023-01-28 15:27 emanlee 阅读(912) 评论(0) 推荐(0)

安装了多个anaconda导致的冲突问题

摘要： echo $PATH /usr/lib/jvm/java-1.8.0-openjdk-1.8.0.191.b12-1.el7_6.x86_64/jre/bin/home/software/anaconda3/envs/mydlenv/bin/home/software/anaconda3/conda 阅读全文

posted @ 2023-01-28 15:02 emanlee 阅读(400) 评论(0) 推荐(0)

远程使用 jupyter notebook

摘要：远程访问jupyter notebook jupyter notebook是一个基于浏览器的python数据分析工具，使用起来非常方便，具有极强的交互方式和富文本的展示效果。它的安装也非常方便，一般Anaconda安装包中会自带。安装好以后直接输入jupyter notebook便可以在浏览器中使用阅读全文

posted @ 2023-01-28 12:07 emanlee 阅读(361) 评论(0) 推荐(0)