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摘要: clusterProfiler也是通过KEGG API去获取物种对应的pathway注释,对于已有pathway注释的物种,我们只需要知道对应的三字母缩写, clusterProfiler就会联网自动获取该物种的pathway注释信息。 在clusterProfiler中,enrichKEGG(KE 阅读全文
posted @ 2020-11-01 21:53 emanlee 阅读(1651) 评论(0) 推荐(0)
摘要: pdf("h20.pdf",width =6,height = 5 ) plot ... dev.off() 第一种png格式 png(file="myplot.png", bg="transparent") 画图程序 dev.off() 第二种jpeg格式 jpeg(file="myplot.jp 阅读全文
posted @ 2020-11-01 21:10 emanlee 阅读(813) 评论(0) 推荐(0)
摘要: [aimin@localhost ~]$ ll /bin/shlrwxrwxrwx. 1 root root 4 Oct 14 2017 /bin/sh -> bash[aimin@localhost ~]$ ll /bin/bash-rwxr-xr-x. 1 root root 938768 Fe 阅读全文
posted @ 2020-10-31 18:44 emanlee 阅读(1065) 评论(0) 推荐(0)
摘要: [root@ibiomed ~]# cat > test.sh #!/bin/bash ## function: split file by specified line count ## parameter 1: file name to be splitted ## parameter 2: l 阅读全文
posted @ 2020-10-31 10:04 emanlee 阅读(1198) 评论(0) 推荐(0)
摘要: In Bioconductor there are many packages that can do that, something like topGO or others. You can look this answer: A: How can I do GO enrichment anal 阅读全文
posted @ 2020-10-30 09:37 emanlee 阅读(99) 评论(0) 推荐(0)
摘要: windows下命令行调用R脚本 1、将R.exe所在路径加到环境变量path下,路径一般为C:\Program Files\R\R-3.0.1\bin2、在windows 命令行中敲入 调用命令:r CMD BATCH D:\RWORKSPACE\CMD_TEST.R (注意 CMD BATCH 阅读全文
posted @ 2020-10-30 08:17 emanlee 阅读(2349) 评论(0) 推荐(0)
摘要: 官方网站 https://js.cytoscape.org/#cy.reset https://js.cytoscape.org/demos/colajs-graph/ http://manual.cytoscape.org/en/stable/Command_Line_Arguments.html 阅读全文
posted @ 2020-10-29 19:34 emanlee 阅读(286) 评论(0) 推荐(0)
摘要: https://github.com/cardillo/joinery https://blog.csdn.net/weixin_44112790/article/details/95387314 https://github.com/jtablesaw/tablesaw https://www.c 阅读全文
posted @ 2020-10-25 23:07 emanlee 阅读(1899) 评论(0) 推荐(0)
摘要: 记录备用 Install pip install fastdtw Example import numpy as np from scipy.spatial.distance import euclidean from fastdtw import fastdtw x = np.array([[1, 阅读全文
posted @ 2020-10-25 19:04 emanlee 阅读(2550) 评论(0) 推荐(0)
摘要: Pandas 链接 https://www.cnblogs.com/baxianhua/p/10701778.html Pandas 是基于 NumPy 的一个开源 Python 库,它被广泛用于快速分析数据,以及数据清洗和准备等工作。它的名字来源是由“ Panel data”(面板数据,一个计量经 阅读全文
posted @ 2020-10-23 23:13 emanlee 阅读(123) 评论(0) 推荐(0)
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