emanlee - 博客园

2020年11月2日

posted @ 2020-11-02 15:52 emanlee 阅读(1080) 评论(0) 推荐(0)

摘要：整个过程耗时 >4小时；升级之后，gcc可能无法正常使用，出现错误：找不到编译器。 1 查看gcc版本 [root@testtest ~]# gcc -vUsing built-in specs.Target: x86_64-redhat-linuxConfigured with: ../conf 阅读全文

posted @ 2020-11-02 14:52 emanlee 阅读(1643) 评论(0) 推荐(0)

error: ISO C++ forbids initialization of member ‘valid’

摘要： > install.packages("farver")Installing package into ‘/usr/lib64/R/library’(as ‘lib’ is unspecified)trying URL 'https://mirrors.bfsu.edu.cn/CRAN/src/co 阅读全文

posted @ 2020-11-02 09:07 emanlee 阅读(1585) 评论(0) 推荐(0)

2020年11月1日

R语言查看已加载包、卸除加载包及安装包与卸载包

摘要： 1、查看已加载的包(.packages())注意外面的括号和前面的点不能省。包被安装后，在使用前需要加载。加载包使用命令 library(包名)，比如library(codetools)。查看有哪些包是被加载的，使用命令(.packages()) ，注意小括号和点号不能省略。 2、卸除已加载的包阅读全文

posted @ 2020-11-01 23:04 emanlee 阅读(11958) 评论(0) 推荐(0)

R安装程序包：ERROR: failed to lock directory ‘/usr/lib64/R/library’ for modifying

摘要： ERROR: failed to lock directory ‘/usr/lib64/R/library’ for modifyingTry removing ‘/usr/lib64/R/library/00LOCK-stringi’ 出现错误提示：ERROR: failed to lock di 阅读全文

posted @ 2020-11-01 21:57 emanlee 阅读(1628) 评论(0) 推荐(0)

clusterProfiler

摘要： clusterProfiler也是通过KEGG API去获取物种对应的pathway注释，对于已有pathway注释的物种，我们只需要知道对应的三字母缩写， clusterProfiler就会联网自动获取该物种的pathway注释信息。在clusterProfiler中，enrichKEGG（KE 阅读全文

posted @ 2020-11-01 21:53 emanlee 阅读(1672) 评论(0) 推荐(0)

R 画图保存为文件

摘要： pdf("h20.pdf",width =6,height = 5 ) plot ... dev.off() 第一种png格式 png(file="myplot.png", bg="transparent") 画图程序 dev.off() 第二种jpeg格式 jpeg(file="myplot.jp 阅读全文

posted @ 2020-11-01 21:10 emanlee 阅读(824) 评论(0) 推荐(0)

2020年10月31日

/bin/bash 与 /bin/sh 的区别

摘要： [aimin@localhost ~]$ ll /bin/shlrwxrwxrwx. 1 root root 4 Oct 14 2017 /bin/sh -> bash[aimin@localhost ~]$ ll /bin/bash-rwxr-xr-x. 1 root root 938768 Fe 阅读全文

posted @ 2020-10-31 18:44 emanlee 阅读(1078) 评论(0) 推荐(0)

AWK 按行数拆分文件

摘要： [root@ibiomed ~]# cat > test.sh #!/bin/bash ## function: split file by specified line count ## parameter 1: file name to be splitted ## parameter 2: l 阅读全文

posted @ 2020-10-31 10:04 emanlee 阅读(1204) 评论(0) 推荐(0)

2020年10月30日

a command line protocol for doing ontology/pathway analysis

摘要： In Bioconductor there are many packages that can do that, something like topGO or others. You can look this answer: A: How can I do GO enrichment anal 阅读全文

posted @ 2020-10-30 09:37 emanlee 阅读(100) 评论(0) 推荐(0)