emanlee - 博客园

2020年11月1日

R安装程序包：ERROR: failed to lock directory ‘/usr/lib64/R/library’ for modifying

摘要： ERROR: failed to lock directory ‘/usr/lib64/R/library’ for modifyingTry removing ‘/usr/lib64/R/library/00LOCK-stringi’ 出现错误提示：ERROR: failed to lock di 阅读全文

posted @ 2020-11-01 21:57 emanlee 阅读(1633) 评论(0) 推荐(0)

clusterProfiler

摘要： clusterProfiler也是通过KEGG API去获取物种对应的pathway注释，对于已有pathway注释的物种，我们只需要知道对应的三字母缩写， clusterProfiler就会联网自动获取该物种的pathway注释信息。在clusterProfiler中，enrichKEGG（KE 阅读全文

posted @ 2020-11-01 21:53 emanlee 阅读(1715) 评论(0) 推荐(0)

R 画图保存为文件

摘要： pdf("h20.pdf",width =6,height = 5 ) plot ... dev.off() 第一种png格式 png(file="myplot.png", bg="transparent") 画图程序 dev.off() 第二种jpeg格式 jpeg(file="myplot.jp 阅读全文

posted @ 2020-11-01 21:10 emanlee 阅读(839) 评论(0) 推荐(0)

2020年10月31日

/bin/bash 与 /bin/sh 的区别

摘要： [aimin@localhost ~]$ ll /bin/shlrwxrwxrwx. 1 root root 4 Oct 14 2017 /bin/sh -> bash[aimin@localhost ~]$ ll /bin/bash-rwxr-xr-x. 1 root root 938768 Fe 阅读全文

posted @ 2020-10-31 18:44 emanlee 阅读(1090) 评论(0) 推荐(0)

AWK 按行数拆分文件

摘要： [root@ibiomed ~]# cat > test.sh #!/bin/bash ## function: split file by specified line count ## parameter 1: file name to be splitted ## parameter 2: l 阅读全文

posted @ 2020-10-31 10:04 emanlee 阅读(1218) 评论(0) 推荐(0)

2020年10月30日

a command line protocol for doing ontology/pathway analysis

摘要： In Bioconductor there are many packages that can do that, something like topGO or others. You can look this answer: A: How can I do GO enrichment anal 阅读全文

posted @ 2020-10-30 09:37 emanlee 阅读(111) 评论(0) 推荐(0)

命令行使用（调用） R 或 Bioconductor 脚本

摘要： windows下命令行调用R脚本 1、将R.exe所在路径加到环境变量path下，路径一般为C:\Program Files\R\R-3.0.1\bin2、在windows 命令行中敲入调用命令：r CMD BATCH D:\RWORKSPACE\CMD_TEST.R （注意 CMD BATCH 阅读全文

posted @ 2020-10-30 08:17 emanlee 阅读(2393) 评论(0) 推荐(0)

2020年10月29日

Cytoscape.js 参考资料

摘要：官方网站 https://js.cytoscape.org/#cy.reset https://js.cytoscape.org/demos/colajs-graph/ http://manual.cytoscape.org/en/stable/Command_Line_Arguments.html 阅读全文

posted @ 2020-10-29 19:34 emanlee 阅读(310) 评论(0) 推荐(0)

2020年10月25日

java有类似pandas,或者data.frame的工具么？

摘要： https://github.com/cardillo/joinery https://blog.csdn.net/weixin_44112790/article/details/95387314 https://github.com/jtablesaw/tablesaw https://www.c 阅读全文

posted @ 2020-10-25 23:07 emanlee 阅读(1905) 评论(0) 推荐(0)

Python fastdtw (Dynamic Time Warping (DTW) )

摘要：记录备用 Install pip install fastdtw Example import numpy as np from scipy.spatial.distance import euclidean from fastdtw import fastdtw x = np.array([[1, 阅读全文

posted @ 2020-10-25 19:04 emanlee 阅读(2597) 评论(0) 推荐(0)