摘要： 如果是Linux系统，随意打开一个终端；如果用的是Windows系统，那么打开命令提示符。 输入以下命令： perldoc Bio::SeqIO 以上命令的作用是查看Bio::SeqIO模块的文档是否存在，如果存在，则会有相应的文档输出，则安装了Bio::SeqIO模块；如果没有，说明Perl找不到 阅读全文

摘要： # 监控内存使用情况job_id=163997workdir=/share_bio/echo "population_sizes" >> $workdir/pbs/pbs.job.$job_id.mem_used.logswhile [ 1 -eq 1 ] do msg=`qstat -f $job... 阅读全文

摘要： 1 字符串的属性 概要示例: 下面我们来看看如何判断字符的类型。 说明： [1] /dev/null和/dev/zero是非常有趣的两个设备，它们都犹如一个黑洞，什么东西掉进去都会消失殆尽；后者则是一个能源箱，你总能从那里取到0，直到你退出。 [2] [[:space:]]是grep用于匹配空格或者 阅读全文

摘要： shell中的赋值和操作默认都是字符串处理。1)使用let(只能进行整数运算)var=1let "var+=1"echo $var输出结果为2 注意：a)let几乎支持所有的运算符b)方幂运算应使用“**”c)参数在表达式中直接访问，不必加$d)一般情况下算数表达式可以不加双引号，但是若表达式中有b... 阅读全文

摘要： # 显示第xx行的第yy列的一个字符sed -n 'xx,xxp' file | awk '{print substr($0,yy,1);}'# 修改第xx行的第yy列的一个字符Chr，并保存为新文件awk -F "" 'BEGIN { OFS="" }{if(NR == xx) for(i=yy;... 阅读全文

摘要： cat > sendmymail.sh#!/bin/bash/usr/sbin/sendmail -t To: abc@gmail.com Cc: abc@gmail.com ... 阅读全文

摘要： 变量说明:$$Shell本身的PID（ProcessID）$!Shell最后运行的后台Process的PID$?最后运行的命令的结束代码（返回值）$-使用Set命令设定的Flag一览$*所有参数列表。如"$*"用「"」括起来的情况、以"$1 $2 … $n"的形式输出所有参数。$@所有参数列表。如"... 阅读全文

摘要： (1)#!/bin/bashwhile read linedo echo $linedone < file (2)#!/bin/bashcat file | while read linedo echo $linedone(3)for line in `cat file`do echo $line... 阅读全文

摘要： bwa的使用需要两中输入文件： Reference genome data（fasta格式 .fa, .fasta, .fna） Short reads data (fastaq格式 .fastaq, .fq)step 1: 建立 Index根据reference genome data(e.g. ... 阅读全文

摘要： samtools的说明文档：http://samtools.sourceforge.net/samtools.shtml samtools是一个用于操作sam和bam文件的工具合集。包含有许多命令。以下是常用命令的介绍 1. view view命令的主要功能是：将sam文件转换成bam文件；然后对b 阅读全文