emanlee - 博客园

2020年2月24日

摘要：在使用Pycharm编写程序时，我们时常需要调用某些模块，但有些模块事先是没有的，我们需要把模块添加上去。我的PyCharm版本如下：点击左上角的 File 文件 - Settings 子菜单左侧找到 Project Interpreter，右侧双击 pip 顶部输入想安装的模块，过一会在下阅读全文

posted @ 2020-02-24 16:46 emanlee 阅读(2998) 评论(0) 推荐(0)

马尔科夫链

摘要：目录 MCMC(一)蒙特卡罗方法 https://www.cnblogs.com/emanlee/p/12356492.htmlMCMC(二)马尔科夫链 https://www.cnblogs.com/emanlee/p/12357341.htmlMCMC(三)MCMC采样和M-H采样 https: 阅读全文

posted @ 2020-02-24 16:06 emanlee 阅读(1135) 评论(0) 推荐(0)

蒙特卡罗方法 Monte Carlo method

摘要：目录 MCMC(一)蒙特卡罗方法 https://www.cnblogs.com/emanlee/p/12356492.htmlMCMC(二)马尔科夫链 https://www.cnblogs.com/emanlee/p/12357341.htmlMCMC(三)MCMC采样和M-H采样 https: 阅读全文

posted @ 2020-02-24 13:13 emanlee 阅读(1199) 评论(0) 推荐(0)

吉布斯采样 Gibbs Sampling

摘要：吉布斯采样的通俗解释 Gibbs Sampling 就是以一定的概率分布，看发生什么事件。例子甲只能 E：吃饭、学习、打球，时间 T：上午、下午、晚上，天气 W：晴朗、刮风、下雨。现在要一个sample，这个sample可以是：打球+下午+晴朗。问题是我们不知道 p(E,T,W)，或者说阅读全文

posted @ 2020-02-24 12:34 emanlee 阅读(994) 评论(0) 推荐(0)

受限玻尔兹曼机 (Restricted Boltzmann Machines, RBM)

摘要：简介受限玻尔兹曼机是一种无监督，重构原始数据的一个简单的神经网络。受限玻尔兹曼机先把输入转为可以表示它们的一系列输出；这些输出可以反向重构这些输入。通过前向和后向训练，训练好的网络能够提取出输入中最重要的特征。为什么RBM很重要？因为它能够自动地从输入中提取重要的特征。 RBM有什么用用于阅读全文

posted @ 2020-02-24 09:38 emanlee 阅读(2392) 评论(0) 推荐(0)

2020年2月23日

深度学习相关资源

摘要：视频： DBN（深度置信网络） https://www.bilibili.com/video/av76305306/ 【一起啃书】深度学习入门（一） https://www.bilibili.com/video/av62840086/?spm_id_from=333.788.videocard.4 阅读全文

posted @ 2020-02-23 16:47 emanlee 阅读(182) 评论(0) 推荐(0)

2020年2月22日

eQTL

摘要：首先QTL是数量性状位点，比如身高是一个数量性状，其对应的控制基因的位点就是一个数量性状位点，而eQTL就是控制数量性状表达位点，即能控制数量性状基因（如身高基因）表达水平高低的那些基因的位点。数量性状基因座：控制数量性状的基因在基因组中的位置称数量性状基因座。常利用DNA分子标记技术对这些区域进阅读全文

posted @ 2020-02-22 21:24 emanlee 阅读(3621) 评论(0) 推荐(0)

ATAC-seq 染色质可及性/开放性

摘要： ATAC-seq（Assay for Transposase-Accessible Chromatin with high throughput sequencing）是2013年由斯坦福大学William J. Greenleaf和Howard Y. Chang实验室开发的用于研究染色质可及性（阅读全文

posted @ 2020-02-22 18:57 emanlee 阅读(2990) 评论(0) 推荐(0)

2020年2月21日

Hi-C 入门基础知识

摘要： Hi-C是研究三维结构的一种方法。Hi-C技术源于染色体构象捕获（Chromosome Conformation Capture, 3C）技术，利用高通量测序技术，结合生物信息分析方法，研究全基因组范围内整个染色质DNA在空间位置上的关系，获得高分辨率的染色质三维结构信息。背景介绍DNA在染色体上阅读全文

posted @ 2020-02-21 22:15 emanlee 阅读(4445) 评论(0) 推荐(0)

组蛋白常见修饰及其位置列表

摘要： 1. 组蛋白 “核小体”是染色体的基本结构单位。4种组蛋白，各2个组成一个8聚体，DNA链再缠绕上去，就形成核小体了。每个组蛋白肽链都有氮端和碳端两个“尾巴”，这些“尾巴”上的氨基酸可以被加上一些化学基团，即“修饰”。 2. 有哪些修饰？按照化学基团来分乙酰化（赖氨酸上面）、单/双/三甲基化（赖氨酸阅读全文

posted @ 2020-02-21 19:12 emanlee 阅读(6827) 评论(0) 推荐(0)