BPSO_Mynotes

摘要： CPC是由北京大学开发的一款lncRNA预测工具， 只需要输入fasta格式的转录本序列， 该软件就可以判断每条转录本的蛋白编码潜能并进行打分， 根据得分将转录本划分为coding和non-coding两类，网址如下 http://cpc2.cbi.pku.edu.cn/ Coding Potent 阅读全文

摘要： 前面我们大量NGS相关教程视频免费发布在B站，都是使用NCBI的SRA数据库下载sra文件后转为fastq进行NGS分析流程，其实是因为我本人一直不在中国大陆，所以没有网络问题。但是学生们不一样，同样的命令他们prefetch的下载比蜗牛还慢，即使加上aspera后也会面临sra文件转为fastq的 阅读全文

摘要： GFF全称为general feature format，这种格式主要是用来注释基因组。GTF全称为gene transfer format，主要是用来对基因进行注释。 数据结构 GTF文件以及GFF文件都由9列数据组成，这两种文件的前8列都是相同的（一些小的差别） 123456789 refere 阅读全文

摘要： SOAPaligner/soap2是SOAP(Short Oligonuclotide Analysis package)的一个主要成员， 它是SOAP 的一个升级版本， 新的程序的特征提高了运行速度和对Illumina/Solexa GenomeAnalyzer的大数据量的比对的精确度.与soap 阅读全文

摘要： Juicer allows users without a computational background to transform raw sequence data into normalized contact maps with one click. Juicer produces a h 阅读全文

摘要： 目前人们对lncRNA认识还处在初级阶段，lncRNA起初被认为是基因组转录的“噪音”，是RNA聚合酶II转录的副产物，不具有生物学功能。然而大量研究表明，lncRNA在细胞核内、核外，通过染色质修饰，转录调控，转录后调控等多种方式调节基因表达，在肿瘤发生发展中具有重要作用。 一般来说，lncRNA 阅读全文

摘要： “三代转录组”是什么？对于混迹在科研领域的一员，如果现在还不了解全长转录组测序，恐怕都不好意思说自己了解高通量测序了呢！ 今天小编总结了一些三代全长转录组测序的相关问题，给大家来一个详细全面的解释，希望可以帮到爱学习的您哦！ 1.什么是三代全长转录组测序 三代全长转录组测序，即利用PacBio三代测 阅读全文

摘要： Cuffmerge的使用 1. Cuffmerge简介 Cuffmerge将各个Cufflinks生成的transcripts.gtf文件融合称为一个更加全面的transcripts注释结果文件merged.gtf。以利于用Cuffdiff来分析基因差异表达。 2. 使用方法 $ cuffmerge 阅读全文

摘要： 2020-05-14 作业队列： batch队列：用来提交神马集群上的串行作业或者单节并行的作业，共有十个计算节点(shenma101–shenma110)，每个节点有16核,共160个计算核心。 parallel11队列：用来提交神马集群上的并行作业，总共有51个计算(shenma11–shenm 阅读全文

摘要： FASTQ格式的每第四行表示这条序列的质量值。用ACSII码表示。 测序仪一般是按照荧光信号来判断所测序的碱基是哪一种的，例如红黄蓝绿分别对应ATCG，因此对每个结果的判断都是一个概率的问题。 Phred Quality Score Probability of incorrect base cal 阅读全文