BPSO_Mynotes

摘要： 注释过程：这一步一般都需要手动去鉴定和校正，当然也可以利用一些软件来校正，运用这类过程的 软件 JIGSAW、 EVidenceModeler (EVM)和 GLEAN (以及后续软件 Evigan) 。 通过估计每一个来源的基因证据误差的类型和频率, 进而选择误差最小的结果 maker 在基因组注 阅读全文

摘要： 在测序一个新物种时，首先需要对该物种的基因组结构有所了解，包括以下几个内容： 基因组大小 重复片段大小 杂合度大小 基因组越大，杂合度也大，重复片段越大，该物种的组装难度就越大。通常我们会通过genome survery分析，对以上几个指标进行简单评估，核心就是通过kme 分布来进行评估。 对于不同 阅读全文

摘要： 目前的从头预测软件大多是基于HMM(隐马尔科夫链)和贝叶斯理论，通过已有物种的注释信息对软件进行训练，从训练结果中去推断一段基因序列中可能的结构，在这方面做的最好的工具是AUGUSTUS它可以仅使用序列信息进行预测，也可以整合EST, cDNA, RNA-seq数据作为先验模型进行预测。 安装 具体 阅读全文

摘要： 其他类似报错 queue instance " " dropped because it is temporarily not available queue instance " " dropped because it is disabled 报错显示： $qstat -j queue inst 阅读全文

摘要： 评估从染色体捕获实验获得的一对接触图的相似性。GenomeDISCO设计用于评估从染色体构象捕获实验获得的染色质接触图的一致性和可重复性。它对测序深度，结点和边缘缺失噪声，结构域边界的变化以及距离依赖性的细微差别的识别灵敏度高，将生物重复与不同细胞类型区分开来。 GenomeDISCO (DIffe 阅读全文

摘要： VLOOKUP(lookup_value,table_array,col_index_num,range_lookup) 参数 简单说明 输入数据类型 lookup_value 要查找的值 (在第一列) 数值、引用或文本字符串 table_array 要查找的区域 （在行列范围字符前面加$ 如D$1 阅读全文

摘要： Juicer 相比其他软件还是蛮有优势的。文章中介绍突出的两个优点是（1）流程化，使用简单。（2）高性能，平行计算，对大数据友好。 Under /home/user/juicedir, there should be a folder references that contains the ref 阅读全文

摘要： 1. GapFiller简介 组装出来的基因组草图的scaffold需要进一步进行gaps的close。进行这样功能的软件有：SOAPdenovo GapCloser v1.12r6; IMAGE; GapFiller. GapFiller文章发表在Genome Biology上：Boetzer M 阅读全文

摘要： top：实时监测进程，查看系统资源使用情况 输入的第一部分显示的是系统的概况： 1、第一行显示了当前时间、系统的运行时间、登录的用户数、系统的平均负载（平均负载有3个值，最近1分钟的，最近5分钟的，最近15分钟的，值越大，说明系统的负载越高） 2、第二行显示了进程的概要信息，top命令的输出中将进程 阅读全文

摘要： glean工具 当用各类工具完成了注释后，一个问题是，每一个基因组区域，都会获得大量redundant的基因结构注释，到底哪一个注释才是最可靠的？所以，我们需要一个整合工具。 有一种工具是通过统计打分，先手工注释一些基因，然后把所有的自动注释结果跟手工注释比较，给各个工具打个分，最后用这个打分矩阵扩 阅读全文