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2019年9月6日

read、contig和Scaffold分别是什么

摘要: 1.什么是Reads? 高通量测序平台产生的序列就称为reads。 2.什么是Contig? 拼接软件基于reads之间的overlap区,拼接获得的序列称为Contig(重叠群)。 3.什么是Scaffold? 基因组de novo测序,通过reads拼接获得Contigs后,往往还需要构建454 阅读全文

posted @ 2019-09-06 10:36 BPSO_mynotes 阅读(1952) 评论(0) 推荐(0)

2019年9月5日

输出文件的前10行

摘要: less 文件名 | head -10 阅读全文

posted @ 2019-09-05 11:21 BPSO_mynotes 阅读(233) 评论(0) 推荐(0)

2019年8月29日

Vim删除所有内容

摘要: 命令为:ggdG 其中,gg为跳转到文件首行;dG为删除光标所在行以及其下所有行的内容; 再细讲,d为删除,G为跳转到文件末尾行; 参考来源: https://blog.csdn.net/xs1326962515/article/details/78187108 阅读全文

posted @ 2019-08-29 15:49 BPSO_mynotes 阅读(2783) 评论(0) 推荐(0)

2019年8月27日

文件复制后的目录大小不匹配

摘要: 问题: cp 后使用du -h --max-depth命令发现源目录和目标目录大小不一致 解决方法: 用 ls| xargs -n 1 du -bh 命令查看 (注:du命令也可以统计实际空间,使用“-b”选项) 参考来源: https://www.cnblogs.com/starRebel/p/8 阅读全文

posted @ 2019-08-27 10:05 BPSO_mynotes 阅读(870) 评论(0) 推荐(0)

md5sum的用法

摘要: md5sum file 阅读全文

posted @ 2019-08-27 09:46 BPSO_mynotes 阅读(135) 评论(0) 推荐(0)

2019年8月26日

使用Platanus进行基因组组装

摘要: 1. 软件安装 下载的两个文件分别是主程序和说明文件。 2. 使用 platanus 下包含三个命令,分别是 assemble, scaffold, gap_close 。其用法如下:这 3 个命令的共同参数为: 3. 组装 此命令基于 Bruign 图的算法来组装出 contig 此程序输出的文件 阅读全文

posted @ 2019-08-26 10:21 BPSO_mynotes 阅读(872) 评论(0) 推荐(0)

看到了想摘抄下来的句子

摘要: 在关键时刻听从自己内心的声音! 参考来源: 流风,飘然的风 https://www.cnblogs.com/zdz8207/ 阅读全文

posted @ 2019-08-26 09:51 BPSO_mynotes 阅读(154) 评论(0) 推荐(0)

linux复制指定目录下的全部文件到另一个目录中

摘要: 假设复制源目录 为 dir1 ,目标目录为dir2。怎样才能将dir1下所有文件复制到dir2下 如果dir2目录不存在,则可以直接使用cp -r dir1 dir2 如果dir2目录已存在,则需要使用cp -r dir1/. dir2 参考来源: https://www.cnblogs.com/z 阅读全文

posted @ 2019-08-26 09:30 BPSO_mynotes 阅读(22515) 评论(0) 推荐(1)

df 查看磁盘已使用多少空间、剩余多少空间、可用多少空间

摘要: df -h 路径 参考来源: https://blog.csdn.net/z120270662/article/details/79191011 阅读全文

posted @ 2019-08-26 09:23 BPSO_mynotes 阅读(367) 评论(0) 推荐(0)

2019年8月23日

perl字符串倒置

摘要: #!/usr/bin/perl print "Input string: "; $line = <stdin>; $line = reverse ($line); print $line; 参考来源: https://zhidao.baidu.com/question/41336877.html 阅读全文

posted @ 2019-08-23 14:36 BPSO_mynotes 阅读(266) 评论(0) 推荐(0)

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