BPSO_Mynotes

摘要： SMRT(Single-Molecule Real-Time)测序即单分子实时测序。变合成边测序的过程中，携带修饰的碱基所发出的荧光信号滞留时间有所差异，通过检测信号脉冲的长短即可区分普通碱基和携带修饰的碱基。 得到比对结果bam文件后，利用SMRTlink自带的的ipdSummary软件进行甲基化 阅读全文

摘要： 纯合SNP和杂合SNP是SNP calling软件如GATK或者SAMtools根据测序深度、碱基质量值、比对质量值和基因型质量值等综合判断出来的纯合和杂合， 简单来说，纯合SNP可以认为该位点测到的所有reads只是一种碱基类型，杂合SNP为二种或二种以上的碱基类型，不排除特殊位置。 SNP一般为 阅读全文

摘要： Biopython 1.序列赋值 转录（反转录） 翻译 反向互补2.读取序列文件，识别序列的属性信息。 SeqRecord提供序列及其注释的容器属性： seq :一条生物序列id：基本ID，标识这条序列name：常用分子的名称description：序列分子的描述letter_annotation: 阅读全文

摘要： bcftools也可以进行SNP calling。在之前的版本中，通常都是和samtools的mpileup命令结合使用, 命令如下 samtools mpileup -uf ref.fa aln.bam | bcftools view -bvcg - > var.raw.bcf 由于samtool 阅读全文

摘要： Hasegawa-Kishino-Yano (HKY) mode 长谷川-岸野-野野（HKY）1985替换模型 Jukes-Cantor模型假设所有替换率均相等，这也意味着四个核苷酸碱基的固定频率均相等。这些假设在生物学上不是很合理，因此我们不妨考虑一个更现实的替代模型，以放松其中的一些假设。例如， 阅读全文

摘要： nr: nr的数据库到底算是核酸还是蛋白的数据库呢？ nr意思和明显，非冗余数据库，它的名字nr就是“non-redundant”的缩写。nr还是作为一个非冗余数据库设计的，因为它剔除了冗余序列最主要的来源（EST, STS, GSS, HTGS） 从blast官网给出的上面的截图可以看出，nr既在 阅读全文

摘要： http://www.360doc.com/content/18/0815/22/57890290_778579575.shtml 阅读全文

摘要： 零知识证明（zero-knowledge proof） 在密码学中，零知识证明(zero-knowledge proof)或零知识协议(zero-knowledge protocol)是一种方法，通过该方法，一方（the prover, 证明者）可以向另一方（the verifier, 证明者）证明 阅读全文

摘要： R 3.5版本 问题： install.packages("gplots") 时报错：ERROR: dependency 'caTools' is not available for package 'gplots' 解决办法：安装gplots依赖的'caTools' install.package 阅读全文

摘要： 在实际应用中，对规模比较大的高性能计算任务，一般会提交到集群或超级计算机平台上进行计算。 集群系统具有低成本、高性能的特性，提供了强大的批处理和并行计算能力，代表了高性能计算机发展的新方向。 在集群或者超级计算机平台上，一般不能随意地直接以 mpiexec 或 mpirun 运行我们的并行计算程序， 阅读全文