2021年3月26日

利用SMRTlink进行甲基化位点的检测

摘要: SMRT(Single-Molecule Real-Time)测序即单分子实时测序。变合成边测序的过程中,携带修饰的碱基所发出的荧光信号滞留时间有所差异,通过检测信号脉冲的长短即可区分普通碱基和携带修饰的碱基。 得到比对结果bam文件后,利用SMRTlink自带的的ipdSummary软件进行甲基化 阅读全文

posted @ 2021-03-26 11:34 BPSO_mynotes 阅读(253) 评论(0) 推荐(0) 编辑

2020年12月28日

Heterozygosis SNP 和 Homology SNP, SNP的二态性

摘要: 纯合SNP和杂合SNP是SNP calling软件如GATK或者SAMtools根据测序深度、碱基质量值、比对质量值和基因型质量值等综合判断出来的纯合和杂合, 简单来说,纯合SNP可以认为该位点测到的所有reads只是一种碱基类型,杂合SNP为二种或二种以上的碱基类型,不排除特殊位置。 SNP一般为 阅读全文

posted @ 2020-12-28 17:28 BPSO_mynotes 阅读(1662) 评论(0) 推荐(0) 编辑

Biopython SeqIO 读取序列文件,读取信息,写入序列

摘要: Biopython 1.序列赋值 转录(反转录) 翻译 反向互补2.读取序列文件,识别序列的属性信息。 SeqRecord提供序列及其注释的容器属性: seq :一条生物序列id:基本ID,标识这条序列name:常用分子的名称description:序列分子的描述letter_annotation: 阅读全文

posted @ 2020-12-28 09:51 BPSO_mynotes 阅读(722) 评论(0) 推荐(0) 编辑

2020年11月19日

bcftools进行SNP calling

摘要: bcftools也可以进行SNP calling。在之前的版本中,通常都是和samtools的mpileup命令结合使用, 命令如下 samtools mpileup -uf ref.fa aln.bam | bcftools view -bvcg - > var.raw.bcf 由于samtool 阅读全文

posted @ 2020-11-19 16:08 BPSO_mynotes 阅读(595) 评论(0) 推荐(0) 编辑

Hasegawa-Kishino-Yano (HKY) mode

摘要: Hasegawa-Kishino-Yano (HKY) mode 长谷川-岸野-野野(HKY)1985替换模型 Jukes-Cantor模型假设所有替换率均相等,这也意味着四个核苷酸碱基的固定频率均相等。这些假设在生物学上不是很合理,因此我们不妨考虑一个更现实的替代模型,以放松其中的一些假设。例如, 阅读全文

posted @ 2020-11-19 14:10 BPSO_mynotes 阅读(448) 评论(0) 推荐(0) 编辑

2020年11月18日

常用数据库

摘要: nr: nr的数据库到底算是核酸还是蛋白的数据库呢? nr意思和明显,非冗余数据库,它的名字nr就是“non-redundant”的缩写。nr还是作为一个非冗余数据库设计的,因为它剔除了冗余序列最主要的来源(EST, STS, GSS, HTGS) 从blast官网给出的上面的截图可以看出,nr既在 阅读全文

posted @ 2020-11-18 22:14 BPSO_mynotes 阅读(509) 评论(0) 推荐(0) 编辑

2020年11月17日

edger与DEseq包分析原理

摘要: http://www.360doc.com/content/18/0815/22/57890290_778579575.shtml 阅读全文

posted @ 2020-11-17 12:13 BPSO_mynotes 阅读(306) 评论(0) 推荐(0) 编辑

2020年10月27日

零知识证明(zero-knowledge proof), 完全同态加密

摘要: 零知识证明(zero-knowledge proof) 在密码学中,零知识证明(zero-knowledge proof)或零知识协议(zero-knowledge protocol)是一种方法,通过该方法,一方(the prover, 证明者)可以向另一方(the verifier, 证明者)证明 阅读全文

posted @ 2020-10-27 11:53 BPSO_mynotes 阅读(1224) 评论(0) 推荐(0) 编辑

2020年10月26日

解决R3.5版本下install.packages("gplots") 时报错:ERROR: dependency 'caTools' is not available for package 'gplots'

摘要: R 3.5版本 问题: install.packages("gplots") 时报错:ERROR: dependency 'caTools' is not available for package 'gplots' 解决办法:安装gplots依赖的'caTools' install.package 阅读全文

posted @ 2020-10-26 15:38 BPSO_mynotes 阅读(1218) 评论(0) 推荐(0) 编辑

2020年8月14日

PBS LSF 作业管理系统 SLURM 资源管理系统

摘要: 在实际应用中,对规模比较大的高性能计算任务,一般会提交到集群或超级计算机平台上进行计算。 集群系统具有低成本、高性能的特性,提供了强大的批处理和并行计算能力,代表了高性能计算机发展的新方向。 在集群或者超级计算机平台上,一般不能随意地直接以 mpiexec 或 mpirun 运行我们的并行计算程序, 阅读全文

posted @ 2020-08-14 09:27 BPSO_mynotes 阅读(3956) 评论(0) 推荐(0) 编辑

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