核数

 2020-05-14

作业队列：

 

•  batch队列：用来提交神马集群上的串行作业或者单节并行的作业，共有十个计算节点(shenma101–shenma110)，每个节点有16核,共160个计算核心。
•  parallel11队列：用来提交神马集群上的并行作业，总共有51个计算(shenma11–shenma161),每个节点双路8核，共816个计算核心
• fermi队列：用来提交GPU计算

作业类型限制：

•  串行作业请使用pbs脚本提交到batch队列
• 并行作业请使用pbs脚本提交到parallel11队列
• 不允许直接在登陆节点上运行作业，发现后立即將被直接删除
• 最多可使用的计算核心数为64个

 

关键字	可选值	默认值	用途与用法
NCORE	整数	1	用来同时计算一个轨道的CPU核心数。在用多核（比如32核）并行计算时，建议将该参数设置为一个计算节点的CPU核心数（比如4或8），这样一般既可提速，也会减小单核的内存压力。

 

在跑多进/线程（如iproscan/tRNAscan等）任务的时候，请添加cpu使用核数参数num_proc，避免因自己使用过多cpu而影响其它人的任务的情况发生。
使用方法：qsub -cwd -l vf=**G, -l p=**, -q ** **.sh

 

 

来源：

http://blog.sina.com.cn/s/blog_6aec0f9f0100ldt4.html

http://hpc.ipp.ac.cn/?page_id=567

http://wap.sciencenet.cn/blog-3102863-1159419.html?mobile=1