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Mantel 检验介绍 Mantel 检验是一种用于评估两个矩阵之间相关性的统计方法，主要应用于生态学研究中。它的核心思想是： 1计算两个矩阵各自的距离矩阵（或相似性矩阵） 2检验这两个距离矩阵之间是否存在显著的相关性 3通过置换检验（permutation test）来评估相关性的显著性 imag 阅读全文
posted @ 2025-08-28 22:39
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分子对接是药物发现和蛋白研究中的核心步骤，但传统流程中，从分子下载、软件配置到结果分析，往往需要繁琐的操作和大量参数调试，让新手望而却步。 今天就给大家分享一套极简方案——用3行核心代码搞定基于AutoDock Vina的分子对接，甚至还能借助Gnina的CNN评分提升精度！无需手动点击，全程命令行 阅读全文
posted @ 2025-08-14 20:05
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最近在做分子对接和分子模拟，涉及到了一些盲区，必去pdb文件是按照列位数储存信息的，跟其他文件的空格或者制表符分割很不同，所以也可能出现一些错误，比如信息错位，因此有必要了深入解下结构相关的格式pdb、cif、sdf等等 pdb的分子对接前处理包括去除非氨基酸残基、去水、加氢、末端修复等等，在上次的 阅读全文
posted @ 2025-08-14 20:00
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胰腺癌（PDAC）因早期难发现、预后极差被称为“癌王”，多数患者确诊时已处于晚期，错失手术机会。近期，《Nature Medicine》发表的一项研究显示，中国团队研发的AI模型PANDA可通过非增强CT精准检测胰腺癌，为大规模筛查提供了新工具。 作者提供了在线网站：panda.medofmind. 阅读全文
posted @ 2025-08-07 21:36
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MOFSR包：https://github.com/Zaoqu-Liu/MOFS 胶质瘤是成人最常见的恶性脑肿瘤，其中IDH野生型胶质母细胞瘤（GBM）恶性程度最高，5年生存率不足10%。由于其基因组、转录组等层面的高度异质性，传统单模态分型难以精准指导治疗。近期发表于《Nature Communi 阅读全文
posted @ 2025-08-06 22:21
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https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/39060449/ 研究概述 本文发表于《NPJ Precis Oncol》2024年，由中国医科大学等机构团队开展，旨在构建并验证一个多模态预测模型，以更精准预测胃肠道间质瘤（GIST）患者的无复发生存期（RFS），辅助临床决策（如T 阅读全文
posted @ 2025-08-06 19:11
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2024年一项发表于《Journal for ImmunoTherapy of Cancer》的多中心研究显示，通过术前平扫+增强CT构建的深度学习模型（LUNAI-fCT），可无创、精准预测患者病理完全缓解（pCR），为临床决策提供重要参考。 作者预训练的肺癌CT专用基础模型FM-LCT (htt 阅读全文
posted @ 2025-08-06 19:09
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许多大佬的软件想要构建一个大而美的生态，从 monocle2 开始就能做单细胞的质控、降维、分群、注释这一系列的分析，但不幸的是我们只知道 monocle 系列还是主要做拟时序分析，一方面是因为 Seurat 有先发优势，出名要趁早，生态太过强大，另一方面 monocle2 和monocle3 软件 阅读全文
posted @ 2025-07-30 22:18
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在单细胞RNA测序分析中，可视化是揭示数据背后生物学模式的关键步骤。Seurat作为单细胞分析的主流工具，虽然功能强大，但在可视化方面仍有提升空间。今天就为大家介绍Seurat的增强包——SeuratExtend，它能让你的单细胞图表瞬间提升一个档次！ 单细胞转录组、空间转录组、转录组（mRNA-s 阅读全文
posted @ 2025-07-28 21:12
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