摘要： 在单细胞转录组研究中，参考基因组的质量直接决定了基因定量的准确性。对于研究 Epstein-Barr 病毒（EBV）相关疾病（如 Burkitt 淋巴瘤、鼻咽癌等）的科研人员来说，仅使用人类参考基因组往往无法捕捉病毒基因的表达信息。今天，我们就来详细介绍如何构建包含人类基因组与 EBV 基因组的融合 阅读全文

摘要： 写在前边 虽然现在是高通量测序的时代，但是GEO、ArrayExpress等数据库储存并公开大量的基因表达芯片数据，还是会有大量的需求去处理芯片数据，并且建模或验证自己所研究基因的表达情况，芯片数据的处理也可能是大部分刚学生信的道友入门R语言数据处理的第一次实战，因此准备更新100个基因表达芯片或转 阅读全文

摘要： 100个GEO基因表达芯片或转录组数据处理 写在前边 虽然现在是高通量测序的时代，但是GEO、ArrayExpress等数据库储存并公开大量的基因表达芯片数据，还是会有大量的需求去处理芯片数据，并且建模或验证自己所研究基因的表达情况，芯片数据的处理也可能是大部分刚学生信的道友入门R语言数据处理的第一 阅读全文

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摘要： 卵巢癌，作为女性生殖系统中的一种常见恶性肿瘤，其高级别浆液性卵巢癌（HGSC）亚型尤其致命。尽管多数患者对初次治疗反应良好，但超过75%的晚期HGSC患者会在治疗后复发，并且对化疗药物产生耐药性。然而，在这些患者中，有15%的人能够成为长期存活者（LTS），他们的生存期超过10年，这些长期存活者（L 阅读全文

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摘要： 前言 最近接触比较多肝纤维化项目，包括空转、单细胞和普通的BULK转录组，本文是肝脏疾病类器官构建，所以结果是比较确定的，只是对比不同处理和培养哪种效果更好，适合了解纤维化进展和哪些分子和细胞参与，以及其机制；此外本文数据使用Python分析数据的图很好看，之后可以复现一下。 摘要 代谢功能障碍相关 阅读全文

摘要： 从string-db下载蛋白质相互作用的信息，在处理时发现蛋白A与B互作被记录了两次比如下边的例子（即AB、BA） ```Bash df.drop_duplicates() # Symbol1 Symbol2 # Gnai3 Pdcl2 # Pdcl2 Gnai3 # Gm4340 Gm3376 # 阅读全文

摘要： 实际数据分析中遇到需求，把某个Excel表格按照某一列分为多个sheet，并且要求如果某个key对应的行数较少应该合并到一个sheet中。 ```Python import pandas as pd import bioquest as bq # https://jihulab.com/BioQue 阅读全文

摘要： <~生~信~交~流~与~合~作~请~关~注~公~众~号@生信探索> 学习的第一个GATK找变异流程，人的种系变异的短序列变异，包括SNP和INDEL。写了一个SnakeMake分析流程，从fastq文件到最后的vep注释后的VCF文件，关于VCF的介绍可以参考上一篇推文基因序列变异信息VCF (Va 阅读全文