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摘要: ONE-CLASS DETECTION OF CELL STATES IN TUMOR SUBTYPES Machine Learning Identifies Stemness Features Associated with Oncogenic Dedifferentiation PanCanS阅读全文
posted @ 2018-06-09 01:08 Bioinformatics 阅读(140) 评论(0) 编辑
摘要: 对自己的定位要明确,不要定义为码农,我是computational biologist. 入了这一行就不要三心二意,这基本注定你未来10年都在干这个,就算要转行也要先把这个做好。其实大多数人最喜欢的肯定是心理学、哲学、脑科学、人工智能,其他的真的没什么意思,虽然有时候觉得未来挺没劲的,老是做这些,但阅读全文
posted @ 2018-06-09 00:34 Bioinformatics 阅读(210) 评论(0) 编辑
摘要: 从打王者荣耀中悟出来的道理。 王者荣耀/英雄联盟真是研究社会信息学的一个绝佳案例。 1. 公平 这是个绝对的规则公平的世界(除开软件作弊),当然开黑抓人有时很容易赢,但是你也可以开黑啊。在顶级大赛里,每个人都是受过良好教育的,比赛是一个绝对公平的团队赛。 2. 博弈论 不存在霸主英雄,只存在霸主召唤阅读全文
posted @ 2018-06-08 21:07 Bioinformatics 阅读(67) 评论(0) 编辑
摘要: So you want to be a computational biologist? computational biology course阅读全文
posted @ 2018-06-08 20:06 Bioinformatics 阅读(31) 评论(0) 编辑
摘要: 6 ways of mean-centering data in R 怎么scale我们的数据? 还是要看我们自己数据的特征。 如何找到我们数据的中心? Cluster analysis with K-means. How to get the cluster representatives? 开发阅读全文
posted @ 2018-06-06 22:14 Bioinformatics 阅读(30) 评论(0) 编辑
摘要: The zero-inflated negative binomial – Crack distribution: some properties and parameter estimation Zero-inflated models and estimation in zero-inflate阅读全文
posted @ 2018-06-06 15:07 Bioinformatics 阅读(19) 评论(0) 编辑
摘要: 神器:ngrok 用法很简单,安装后 验证授权: 在内网开启tcp服务 然后就可以ssh登录了,地址变了而已: 参考:https://www.zhihu.com/question/27771692阅读全文
posted @ 2018-06-05 20:34 Bioinformatics 阅读(79) 评论(0) 编辑
摘要: 用惯了Mac,发现空格预览真的能极大的提升效率和手感。 QuickLook,Windows版的空格预览神器,效果差一些,速度有点慢,勉强用吧。阅读全文
posted @ 2018-06-04 23:24 Bioinformatics 阅读(32) 评论(0) 编辑
摘要: 单细胞在脑科学方面的应用 Session 1: Deciphering the Cellular Landscape of the Brain Using Single Cell Transcriptomics Single cell/nucleus transcriptomics has emer阅读全文
posted @ 2018-06-04 22:08 Bioinformatics 阅读(44) 评论(0) 编辑
摘要: 参考: Hail Hail - Tutorial windows也可以安装:Spark在Windows下的环境搭建 spark-2.2.0-bin-hadoop2.7 - Hail依赖的平台,并行处理 google cloud platform - 云平台 Broad's data cluster 阅读全文
posted @ 2018-06-04 18:27 Bioinformatics 阅读(185) 评论(0) 编辑
摘要: Seurat是一个老牌的单细胞分析工具了(satija的力作),我之前测试过,但是没怎么用。 最近发现这个工具又publish在了NBT上,所以很有必要看一下这篇文章。 Integrating single-cell transcriptomic data across different cond阅读全文
posted @ 2018-06-04 11:09 Bioinformatics 阅读(163) 评论(0) 编辑
摘要: 首先不评价任何人,但是必须要赞扬“十三邀”这个节目,观众能直接从当事人的对话中获得自己的判断,这才是最重要的。 这些人的存在都是有意义的,因为无论如何,他们都曾经或者现在还在探索,他们的敏感度、好奇心和才智都在帮助他们探索我们存在的世界。 目前完整的看了两期: 第一期是对话汪健,我对汪健才有了全面的阅读全文
posted @ 2018-06-04 01:47 Bioinformatics 阅读(45) 评论(0) 编辑
摘要: 这么多工具和基因组版本,选择困难症犯了,到底用哪个好呢? 2018 nature - Developmental diversification of cortical inhibitory interneurons : ENSEMBL release 84 Mus musculus genome 阅读全文
posted @ 2018-06-03 17:02 Bioinformatics 阅读(181) 评论(0) 编辑
摘要: 取出一个数字序列中的百分位数 1. 求某一个百分比 2. 求一系列的百分比 3. 只取数值:unname()。去掉百分符号 4. 多数值,去重复 cut函数将一列点划分到各自的区间里。 如有1000个学生的考试分数(满分100),想要按照分数评等级,如果是均匀划分(90-100,80-90,70-8阅读全文
posted @ 2018-05-31 18:00 Bioinformatics 阅读(81) 评论(0) 编辑
摘要: How TermFinder calculates P-values Readme: MGI GO Term Finder The GoTermFinder attempts to determine whether an observed level of annotation for a gro阅读全文
posted @ 2018-05-31 14:46 Bioinformatics 阅读(23) 评论(0) 编辑
摘要: 只有注册用户登录后才能阅读该文。阅读全文
posted @ 2018-05-30 12:31 Bioinformatics 阅读(4) 评论(0) 编辑
摘要: 搞了将近一年的单细胞,聚类也是自认为得心应手了,自信满满。 但是多半是跑软件,对聚类的深层次的思想不甚了了。 Google了一下clustering,看了一篇文章,突然了解到了clustering的算法之美。 不想再跑软件了,我想了解算法的思想。 The 5 Clustering Algorithm阅读全文
posted @ 2018-05-29 20:51 Bioinformatics 阅读(38) 评论(0) 编辑
摘要: SRA - NCBI example - NCBI 要发文章了,审稿时编辑肯定会要求你上传NGS测序数据。 一般数据都是放在集群,不可能放在个人电脑上,因为有的数据大的吓人(几个T)。 所以我们就建一个文件夹,然后把所有需要的fastq文件链接到这个文件夹就行了(copy太慢,也太占空间)。 接下来阅读全文
posted @ 2018-05-29 16:58 Bioinformatics 阅读(470) 评论(0) 编辑
摘要: 一般我们常用的浏览器肯定是基于可视化界面的图文结合的浏览界面效果,比如FireFox、Chrome、Opera等等,但是有些时候折腾和项目 的需要,在Linux环境中需要查看某个页面的文字字符,我们需要简单的浏览网页页面,但是也不需要特别复杂的视频、图片功能。 我们可以采用本地客户端的浏览然后再去校阅读全文
posted @ 2018-05-29 15:38 Bioinformatics 阅读(31) 评论(0) 编辑
摘要: 个人的一些碎碎念: 聚类,直觉就能想到kmeans聚类,另外还有一个hierarchical clustering,但是单细胞里面都用得不多,为什么?印象中只有一个scoring model是用kmean进行粗聚类。(10x就是先做PCA,再用kmeans聚类的) 鉴于单细胞的教程很多,也有不下于1阅读全文
posted @ 2018-05-28 13:23 Bioinformatics 阅读(180) 评论(0) 编辑
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