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摘要: medium 这个非常值得一看,回归里的系数和p-value分别是什么含义。 How to Interpret Regression Analysis Results: P-values and Coefficients null hypothesis:coefficient is 0,如果p-va阅读全文
posted @ 2018-06-25 16:06 Bioinformatics 阅读(65) 评论(0) 编辑
摘要: 一个非常实际的问题,通常我们主要有三个工作的地点:1,server,用于大型数据的分析和处理;2,办公室的电脑,正式办公;3.自己的电脑,偶尔加班。 不同的工作平台之间很难同步,导致我们的工作和思维分散,不利于统一。 解决方案,所有的工作数据都放在server上(自己的工作站),办公室的电脑和自己的阅读全文
posted @ 2018-06-22 21:24 Bioinformatics 阅读(111) 评论(0) 编辑
摘要: 其实就是另一种形式的打分。 个人点评这种方法: 这篇文章发表在nature上,有点奇怪,个人感觉创新性和重要性还不够格,工具很多,但是本文基本都是自己开发的算法(毕竟satji就是搞统计出身的)。 但是仔细看了代码之后,发现这些方法确实是有点artificial! 而且算法原创性不高,多半是基于现有阅读全文
posted @ 2018-06-22 16:37 Bioinformatics 阅读(261) 评论(0) 编辑
摘要: 熟练使用PCA和tSNE,彻底理解底层的原理是非常有必要的。 参考:How to Use t-SNE Effectively Real-time tSNE Visualizations with TensorFlow.js阅读全文
posted @ 2018-06-21 18:19 Bioinformatics 阅读(73) 评论(0) 编辑
摘要: 每个大学教材上都会提到这个定理,枯燥地给出了定义和公式,并没有解释来龙去脉,导致大多数人望而生畏,并没有理解它的美。 《女士品茶》有感 待续~ 参考:怎样理解和区分中心极限定理与大数定律?阅读全文
posted @ 2018-06-20 23:35 Bioinformatics 阅读(60) 评论(0) 编辑
摘要: 根据基因表达来打分的线性模型有很多很多,但是如何评估模型的优劣呢? cell cycle score Removal of cell cycle effect. The normalization method described above aims to reduce the effect of阅读全文
posted @ 2018-06-12 20:10 Bioinformatics 阅读(134) 评论(0) 编辑
摘要: ONE-CLASS DETECTION OF CELL STATES IN TUMOR SUBTYPES Machine Learning Identifies Stemness Features Associated with Oncogenic Dedifferentiation PanCanS阅读全文
posted @ 2018-06-09 01:08 Bioinformatics 阅读(211) 评论(0) 编辑
摘要: 对自己的定位要明确,不要定义为码农,我是computational biologist. 入了这一行就不要三心二意,这基本注定你未来10年都在干这个,就算要转行也要先把这个做好。其实大多数人最喜欢的肯定是心理学、哲学、脑科学、人工智能,其他的真的没什么意思,虽然有时候觉得未来挺没劲的,老是做这些,但阅读全文
posted @ 2018-06-09 00:34 Bioinformatics 阅读(391) 评论(0) 编辑
摘要: 从打王者荣耀中悟出来的道理。 王者荣耀/英雄联盟真是研究社会信息学的一个绝佳案例。 1. 公平 这是个绝对的规则公平的世界(除开软件作弊),当然开黑抓人有时很容易赢,但是你也可以开黑啊。在顶级大赛里,每个人都是受过良好教育的,比赛是一个绝对公平的团队赛。 2. 博弈论 不存在霸主英雄,只存在霸主召唤阅读全文
posted @ 2018-06-08 21:07 Bioinformatics 阅读(152) 评论(0) 编辑
摘要: So you want to be a computational biologist? computational biology course阅读全文
posted @ 2018-06-08 20:06 Bioinformatics 阅读(55) 评论(0) 编辑
摘要: 6 ways of mean-centering data in R 怎么scale我们的数据? 还是要看我们自己数据的特征。 如何找到我们数据的中心? Cluster analysis with K-means. How to get the cluster representatives? 开发阅读全文
posted @ 2018-06-06 22:14 Bioinformatics 阅读(61) 评论(0) 编辑
摘要: The zero-inflated negative binomial – Crack distribution: some properties and parameter estimation Zero-inflated models and estimation in zero-inflate阅读全文
posted @ 2018-06-06 15:07 Bioinformatics 阅读(55) 评论(0) 编辑
摘要: 神器:ngrok 用法很简单,安装后 验证授权: 在内网开启tcp服务 然后就可以ssh登录了,地址变了而已: 参考:https://www.zhihu.com/question/27771692阅读全文
posted @ 2018-06-05 20:34 Bioinformatics 阅读(219) 评论(0) 编辑
摘要: 用惯了Mac,发现空格预览真的能极大的提升效率和手感。 QuickLook,Windows版的空格预览神器,效果差一些,速度有点慢,勉强用吧。阅读全文
posted @ 2018-06-04 23:24 Bioinformatics 阅读(53) 评论(0) 编辑
摘要: 单细胞在脑科学方面的应用 Session 1: Deciphering the Cellular Landscape of the Brain Using Single Cell Transcriptomics Single cell/nucleus transcriptomics has emer阅读全文
posted @ 2018-06-04 22:08 Bioinformatics 阅读(84) 评论(0) 编辑
摘要: 参考: Hail Hail - Tutorial windows也可以安装:Spark在Windows下的环境搭建 spark-2.2.0-bin-hadoop2.7 - Hail依赖的平台,并行处理 google cloud platform - 云平台 Broad's data cluster 阅读全文
posted @ 2018-06-04 18:27 Bioinformatics 阅读(378) 评论(0) 编辑
摘要: Seurat是一个老牌的单细胞分析工具了(satija的力作),我之前测试过,但是没怎么用。 最近发现这个工具又publish在了NBT上,所以很有必要看一下这篇文章。 Integrating single-cell transcriptomic data across different cond阅读全文
posted @ 2018-06-04 11:09 Bioinformatics 阅读(766) 评论(0) 编辑
摘要: 首先不评价任何人,但是必须要赞扬“十三邀”这个节目,观众能直接从当事人的对话中获得自己的判断,这才是最重要的。 这些人的存在都是有意义的,因为无论如何,他们都曾经或者现在还在探索,他们的敏感度、好奇心和才智都在帮助他们探索我们存在的世界。 目前完整的看了两期: 第一期是对话汪健,我对汪健才有了全面的阅读全文
posted @ 2018-06-04 01:47 Bioinformatics 阅读(137) 评论(0) 编辑
摘要: 这么多工具和基因组版本,选择困难症犯了,到底用哪个好呢? 2018 nature - Developmental diversification of cortical inhibitory interneurons : ENSEMBL release 84 Mus musculus genome 阅读全文
posted @ 2018-06-03 17:02 Bioinformatics 阅读(376) 评论(0) 编辑
摘要: 取出一个数字序列中的百分位数 1. 求某一个百分比 2. 求一系列的百分比 3. 只取数值:unname()。去掉百分符号 4. 多数值,去重复 cut函数将一列点划分到各自的区间里。 如有1000个学生的考试分数(满分100),想要按照分数评等级,如果是均匀划分(90-100,80-90,70-8阅读全文
posted @ 2018-05-31 18:00 Bioinformatics 阅读(323) 评论(0) 编辑
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