摘要: 测序: 如何计算测序深度,或产出的数据量? 10的9次方=1G 如果测序的read是pair-end的、且每条read长150bp,则,平均测序深度为=(reads数×150bp×2)/(3*10的10次方)。 即:测序得到的碱基总数/人类基因组的碱基对数=平均测序深度。 比如,我想得到30x的测序 阅读全文
posted @ 2020-03-27 06:26 zypiner 阅读(5943) 评论(0) 推荐(0)
摘要: 人类基因组概况: 人类基因组由ATCG四种碱基组成,但是CG的含量低于50%,所以CG含量低于AT含量。 一个基因组的dna大约3ug。 snp: 平均每100到1000个碱基会出现1个SNPs,不过密度并不均匀。 如果按照每1000个碱基存在1个SNP来计算,人类30亿个碱基中,大约有300万个S 阅读全文
posted @ 2020-03-26 07:18 zypiner 阅读(4846) 评论(0) 推荐(0)
摘要: 常用的分子生物学实验技术: 离心技术: 是分离纯化蛋白质、酶、核酸(DNA、RNA)、细胞的最常用方法之一。 电泳(electrophoresis):带电粒子在电场中向着与其所带电荷相反方向电极移动的现象。 可用于分离不同分子量的生物大分子。 1.蛋白质的电泳: 用途:蛋白质的定量。 2.核酸的电泳 阅读全文
posted @ 2020-03-24 11:46 zypiner 阅读(18991) 评论(0) 推荐(2)
摘要: z-score值: (某值-mean)/标准差=z-score zi=(xi-均值)/s,zi又称为标准分数。这是统计中的标准化公式。它给出了一组数据中各个数据的相对位置。 该公式的意义: 一个数减去均值,可认为是:该数偏离均值的程度。 因为,标准差可以认为是一组数的平均离散程度。所以,减去均值后再 阅读全文
posted @ 2020-03-21 14:01 zypiner 阅读(3741) 评论(0) 推荐(0)
摘要: David数据库也是进行GO过程注释、pathway注释的数据库。 注释步骤: upload->submit list(选择gene_symbol)->list->select species 阅读全文
posted @ 2020-03-17 16:02 zypiner 阅读(1724) 评论(0) 推荐(0)
摘要: HUM molecular genetics,IF=4.9,遗传学经典杂志,难投。 BJH(British journal of Hematology),IF=5.1 AJH(American journal of Hematology),IF=5.3 Blood cancer journal,IF 阅读全文
posted @ 2020-03-17 07:35 zypiner 阅读(190) 评论(0) 推荐(0)
摘要: GTEx database:该数据库是健康人贡献的组织的RNASeq的数据。还有snp信息。将snp信息与gene的表达水平结合起来。 donor: donor贡献的tissue。 gene表达水平(用FPKM表示gene的表达水平)受其周围snp的影响,这样的gene叫做egene。这样的snp叫 阅读全文
posted @ 2020-03-15 20:51 zypiner 阅读(6804) 评论(0) 推荐(0)
摘要: 1. 输入mouse的gene symble时,不能输入大写的gene symble。 比如:Sept8可以,SEPT8不可以。提示error:没有map。 比如:FBP1,提示no mapping。Fbp1,OK。 总结:小鼠和人的gene symble在大小写是不同的。全部大写的gene sym 阅读全文
posted @ 2020-01-09 14:44 zypiner 阅读(884) 评论(0) 推荐(0)
摘要: 搜索“r ggplot2 how to enlarge some points in the scatter plot”: https://stackoverflow.com/questions/20251119/increase-the-size-of-variable-size-points-i 阅读全文
posted @ 2019-12-25 16:49 zypiner 阅读(534) 评论(0) 推荐(0)
摘要: 神经元学说的历史 http://slx.yau.edu.cn/info/1106/1401.htm 神经学界的神经科学巨星。 神经元分类: 按突起分类: 假单极神经元pseudounipolar neuron、双极神经元bipolar neuron、多级神经元multipolar neuron。 按 阅读全文
posted @ 2019-12-05 11:35 zypiner 阅读(13906) 评论(2) 推荐(1)