摘要： 置换检验 参考网址：https://www.plob.org/article/3176.html 置换检验（permutation test）：利用样本数据的全（或随机）排列，进行统计推断的方法。特别适用于总体分布未知的小样本资料。 结合GSEA，解释permutation test： 首先，有两种 阅读全文

摘要： GO官网：http://geneontology.org/docs/ontology-documentation/ 先说Ontology的含义： Ontology：某领域内的知识的正式、规范的描述。它通常由一些class/term/concept之间的关系组成。 Gene Ontology主要描述了 阅读全文

摘要： 参考资料来源： http://software.broadinstitute.org/gsea/doc/GSEAUserGuideFrame.html https://cloud.tencent.com/developer/article/1426130 GSEA图的理解： 含义概述： 竖线表示：某 阅读全文

摘要： 朊毒体，prion，是一種具感染性的致病因子。它不是病毒，而是僅由蛋白質構成的致病因子。 朊毒體由錯誤折疊的朊毒體蛋白（prion protein, PrP）聚集組成。它能够诱导在神经细胞上原本是正常结构的朊毒體蛋白转变为错误结构并进行聚集反应，藉由这个机制引入新的朊毒體蛋白，不断自我复制并传递至邻 阅读全文

摘要： 1. 概述 神经解剖学是解剖学中一个研究神经系统相关结构的分支。在微观层面上，神经解剖学家研究神经元、神经胶质细胞及其支持细胞。宏观层面上，神经解剖学在器官水平上，研究大脑结构和神经回路。 神经解剖学的核心问题是：大脑的结构如何与功能相关联。这引出两个方面的研究：一方面是研究特定的神经元或核团，寻找 阅读全文

摘要： 在听老师将Wnt通路时，有下面的体悟：Wnt通路中，APC结合GSK3和CK1后，招募β-catenin，使β-catenin磷酸化，继而泛素化，β-catenin蛋白降解。整个过程是动态平衡的。 但是，如果APC发生变异，APC不能与GSK3和CK1结合，那么β-catenin不能被招募，不能被降 阅读全文

摘要： cuffdiff： cuffdiff的输入 1. bam文件 2. control和treat两组样本。每组可包含一个或多个样本。 若执行：cuffdiff c1,c2,c3 t1,t2,t3，则得到1个差异列表。 若分别执行：cuffdiff c1 t1 cuffdiff c2 t2 cuffdi 阅读全文

摘要： 如果转载，请注明出处。 GSEA、David与KEGG、GO数据库的区别： 1.KEGG数据库、GO数据库是知识库。它们记录了通路、生物学过程等的信息。 2.GSEA、David是做富集分析的数据库。它们使用KEGG、GO数据库中的信息，再结合你输入的基因列表，对输入基因列表进行富集分析，给出结果（ 阅读全文

摘要： 对于生物信息学知识的掌握，大体可以分为三重境界： 讲解了3代生物功能富集检验方法，主要降解了GSEA方法的使用和优缺点。 参考资料：https://zhuanlan.zhihu.com/p/20901089 讲解了pathway注释和基因富集的不同，以及各自的优缺点： 参考资料：https://ww 阅读全文

摘要： 在Ubuntu系统下，利用Inkscape已将图排列、修整完毕。 1. 要求：图的字体需要Arial。（Inkscape没有该字体） 解决：在windows下用AI修改字体。保存为pdf即可。 2. 要求：需上传eps格式的图。 解决：在AI下，保存副本，选择eps格式即可。 问题：如果直接将Ink 阅读全文