随笔分类 -  genome

• SAGE|DNA微阵列|RNA-seq|lncRNA|scripture|tophat|cufflinks|NONCODE|MA|LOWESS|qualitile归一化|permutation test|SAM|FDR|The Bonferroni|Tukey's|BH|FWER|Holm's step-down|q-value|
  摘要：生物信息学-基因表达分析 为了丰富中心法则，研究人员使用不断更新的技术研究lncRNA的方方面面，其中技术主要是生物学上的微阵列芯片技术和表达数据分析方法，方方面面是指lncRNA的位置特征。 Background：根据中心法则，发现DNA与RNA与protein之间的关系，此时认为找到的RNA全部 阅读全文
  posted @ 2019-09-04 19:03 YUANya 阅读(865) 评论(0) 推荐(0)
• differences between evolution
  摘要： 阅读全文
  posted @ 2019-07-26 18:32 YUANya 阅读(132) 评论(0) 推荐(0)
• ORs-6-Olfactory Bulb Ratio, ORs Gene Repertoire, and Olfactory Ability
  摘要：Olfactory Bulb Ratio, ORs Gene Repertoire, and Olfactory Ability 1.Olfactory Bulb的生物学意义：a.生存 b.嗅觉能力 2.Olfactory Bulb Ratio与嗅觉能力成正比 基于以上table得到线性相关图： a 阅读全文
  posted @ 2019-07-25 18:23 YUANya 阅读(139) 评论(0) 推荐(0)
• ORs-5-OR Subgenomes Variation among Birds, Sea Turtle and Alligator
  摘要：OR Subgenomes Variation among Birds, Sea Turtle and Alligator 由 该图数据计算每种鸟的relative percentage，得到下图： 然后得到: （1）得到（总体）： 1.The 48 avian genomes lacked OR1 阅读全文
  posted @ 2019-07-25 16:52 YUANya 阅读(133) 评论(0) 推荐(0)
• ORs-4-Enhanced Role of OR Gene Loss (Pseudogenization) in Birds
  摘要：Enhanced Role of OR Gene Loss (Pseudogenization) in Birds 1.因为文献已经证明（a）基因缺失和得到对于进化有影响，（b）大的基因家族对进化影响更大（because of the broader range of evolutionary pr 阅读全文
  posted @ 2019-07-25 16:04 YUANya 阅读(168) 评论(0) 推荐(0)
• ORs-3-OR Gene Family Phylogeny
  摘要：OR Gene Family Phylogeny 1.之前关于ORs基因构建系统生发树的研究中的不足：bootstrap support values在有些family中高，bootstrap support values在有些family中低。而我们现在的这个研究bootstrap support 阅读全文
  posted @ 2019-07-25 14:23 YUANya 阅读(191) 评论(0) 推荐(0)
• ORs-2-Genome Coverage and the OR Subgenome
  摘要：Genome Coverage and the OR Subgenome 因为： 爬行类动物的的gene numbers比较大，而birds 的 gene numbers 处于（182-688） 其中： （1）gene 扩张和缩小（之后会详细说明） （2）chicken and zebra finc 阅读全文
  posted @ 2019-07-24 18:33 YUANya 阅读(183) 评论(0) 推荐(0)
• ORs-1-introduction
  摘要：introduction： 1.Olfactory receptors (ORs)很重要 2.已知的ORs的分子结构，但仍存在没清楚的地方： Though the relationship between odors and ORs is not clear, it has been hypothe 阅读全文
  posted @ 2019-07-24 17:21 YUANya 阅读(223) 评论(0) 推荐(0)
• The sequence and de novo assembly of the giant panda genome.ppt
  摘要：sequencing：使用二代测序原因：高通量，短序列 不用长序列原因： 1.算法错误率高 2.长序列测序将嵌合体基因错误积累。嵌合体基因：通过重组由来源与功能不同的基因序列剪接而形成的杂合基因 sequencing： 增多的total length>N>gap>missing in genome 阅读全文
  posted @ 2019-07-19 20:04 YUANya 阅读(218) 评论(0) 推荐(0)
• Estimating Gene Frequencies| method of maximum likelihood|point estimate
  摘要：I.11 Estimating Gene Frequencies 在小样本上计算基因A的概率PA，举例如下： 通过加大样本会将通过观察值得到的数趋近于真实数据，所以该问题转化为了统计学上利用大量观察值求真实值的问题，因此通过最大似然估计得到真实值. 为了理解多项式分布可以先以二项分布为例： 该二项分 阅读全文
  posted @ 2019-07-09 22:47 YUANya 阅读(124) 评论(0) 推荐(0)
• Linkage Disequilibrium|D‘|r2
  摘要：I.10 Other Measures of Linkage Disequilibrium 因为D的取值强烈地依赖于人为制定的等位基因频率（PA及PB），所以它不利于LD程度的比较。标准化的不平衡系数D'能够避免这种对等位基因频率的依赖。D'的计算方法如下： D'=D/Dmax 这样使得-1<D<1 阅读全文
  posted @ 2019-07-08 19:54 YUANya 阅读(361) 评论(0) 推荐(0)
• linkage disequilibrium|linkage equilibrium
  摘要：I.9 Linkage INDEPENDENCE OF GENOTYPES AT TWO LOCI：若A,B是两个独立位点：PA是基因A的概率，PB是基因B的概率。因为基因A与基因B是相互独立的位点，所以基因型AABB的概率为PAABB=(PA)^2*(PB)^2 A RETROSPECTIVE D 阅读全文
  posted @ 2019-07-08 17:00 YUANya 阅读(936) 评论(0) 推荐(0)
• Sex linkage
  摘要：I.8 Sex linkage 单倍体：性别决定基因（S\s）和与性别决定基因连锁的等位基因（A\a）存在于同一套遗传物质上，其配子结合和减数分裂图示如下： 如果性别是由染色体区域决定的，自然选择会避免在该性染色体区域发生重组（因为重组后会形成以前并不存在的性别），因此自然选择会让该区域的形式本质上 阅读全文
  posted @ 2019-07-08 11:19 YUANya 阅读(546) 评论(0) 推荐(0)
• Different Gene Frequencies in the Two Sexes
  摘要：I.7 Different Gene Frequencies in the Two Sexes 假设存在一种基因仅在第一代亲代的不同性别之间的概率有区别，比如，A 在male中频率是Pm，a是（1-Pm）；A 在female中频率是Pf，a是（1-Pf） （第一代亲代，配子，第一代子代）情况如下： 阅读全文
  posted @ 2019-07-07 21:17 YUANya 阅读(236) 评论(0) 推荐(0)
• Overlapping generations model
  摘要：I.6 Overlapping generations 世代被分离开，世代不重复一定满足哈代公式的条件，但是现实情况远没有这么简单（因为会世代重叠，即亲代死去同时一个亲代在不同时间都有可能产生子代，因为而哈代公式需要世代不重叠，即亲代只产生一次子代），所以，我们需要构造另一种模型来分析世代重叠。 因 阅读全文
  posted @ 2019-07-07 19:51 YUANya 阅读(643) 评论(0) 推荐(0)
• Multiple alleles|an intuitive argument|
  摘要：I.5 Multiple alleles. 由两个等位基因拓展到多个等位基因，可以得到更多种二倍体基因型： 所以单个等位基因的概率（用i代指某个基因，pi*是该基因的频率）是（以计数的方法表示） 所以，减数分裂后的配子概率是pi’,所以得到： 又因为基于哈代公式的情况下： 所以：依据基因型和基因之间 阅读全文
  posted @ 2019-07-05 19:45 YUANya 阅读(167) 评论(0) 推荐(0)
• rare alleles
  摘要：I.4 Where the rare alleles are found p是基因A的频率，N是个体数目（也就是基因型个数，所以基因个数是2n，所以全部个体的基因A的个数是2np），p方是PAA，np2是：基因型是AA的个体数目，所以所有基因型是AA的个体的基因A的个数是2pn2；得到： 该比值是全 阅读全文
  posted @ 2019-07-05 18:52 YUANya 阅读(183) 评论(0) 推荐(0)
• Hardy-Weinberg laws
  摘要：I.3 Diploids with two alleles: Hardy-Weinberg laws 假设子代是Aa，AA，aa的概率分别是PAa，PAA，Paa，A的基因概率是P1，a的基因概率是P2（可以利用基因的数量来理解） （P1也是配子A的概率，P2也是配子a的概率，因为在单倍体阶段等于把 阅读全文
  posted @ 2019-07-05 17:42 YUANya 阅读(219) 评论(0) 推荐(0)
• Haploid inheritance|Hardy-Weinberg proportions|
  摘要：I.2 Haploid inheritance 单倍体也有短暂的二倍体时期： Meiosis：减数分裂 依据图示信息，同时基因型A的频率是p，基因型a的频率是（1-p）： 建立Hardy-Weinberg proportions：（即组成相应二倍体的概率） 在经过短暂的二倍体事件后，通过减数分裂变成 阅读全文
  posted @ 2019-07-05 14:19 YUANya 阅读(169) 评论(0) 推荐(0)
• Asexual inheritance
  摘要：Asexual inheritance 1，2分别是两种基因型 N1,N2是两种基因型的亲代个数，Wt是t代后每一个每一个基因型的后代数 N1’,N2’是t代后1,2,基因型的个体数 the proportions and ratios of different genotypes are not 阅读全文
  posted @ 2019-07-05 13:33 YUANya 阅读(136) 评论(0) 推荐(0)