随笔分类 -  genome

• insert size|single-read|Paired-end|Mate-pair
  摘要：（测序方面）：测三只大熊猫；得到的insert size有150bp，500bp，2kb，5kb和10kb这四种，可测得序列长度和平均reads长度。 为什么average reads这么短？ 因为insert size是打断前的长度，打断之后便是reads，这里计算average reads长度。 阅读全文
  posted @ 2019-06-20 19:30 YUANya 阅读(659) 评论(0) 推荐(0)
• assembly|reads to contig|contig to scaffold|coverage|depth| tandem repeats
  摘要：（组装方面）：SOAPdenovo ，因为采用de Bruijn graph algorithm算法和stepwise strategy ，所以排错能力高，所以我们获得高质量数据。 de Bruijn graph algorithm算法？？？？ reads到contig ：多个reads比对，比对后 阅读全文
  posted @ 2019-06-20 19:14 YUANya 阅读(531) 评论(0) 推荐(0)