随笔分类 -  genome

• random mating
  摘要：随机交配种群 孟德尔分离（基于diploid and sexual）和随机交配（1.不因突变而改变的规律2.可计算的）是群体遗传学的基础。 随机交配（random mating）指群体中每一个成员与另一性别的任何成员都有同等的交配机会。随机交配假设不存在任何遗传学上或行为学上的交配限制，所有个体都是 阅读全文
  posted @ 2019-07-05 12:25 YUANya 阅读(240) 评论(0) 推荐(0)
• Gene family|
  摘要：6.1引言 随着测序技术的提高，能被测序的物种趋近于复杂（因为越高等的生物基因组大且复杂（1.本身基因结构复杂2.复杂程度与种属关系并不相关）），所以基因家族（Gene family）的数目可能能够更好的评估物种的复杂性，更多的信息可以通过比较基因组学的方式得到。 基因家族（英语：Gene fami 阅读全文
  posted @ 2019-07-03 21:52 YUANya 阅读(493) 评论(0) 推荐(0)
• Macroevolution|Silent changes|CNEs|Transposable elements|Neutral sites
  摘要：Interspecies genomic comparison 因为脊椎动物诞生早，在演化过程中有Macroevolution（因为自然选择或遗传漂变导致持续突变同时表型发生改变），但是存在一种基因缺失是因为基因的沉默现象（发生在中性位点），所以不易该基因是否有功能。比较基因组学在这里可以用于研究种 阅读全文
  posted @ 2019-07-01 21:45 YUANya 阅读(278) 评论(0) 推荐(0)
• Pooled genome sequence strategies |representative genome assembly approaches|Domestication|GERP|selective sweep|Hybridization|Introgression|iHS|SNP genotyping arrays|haplotype
  摘要：Design based on biology 通过比较基因组学的方法，将脊椎动物基因组的数据，解决生物学各方面问题。新的调控注释（在脊椎动物的进化过程中的出现的）可以丰富物种树（比如不同功能蛋白质进化速度上的差异（因为编码蛋白质基因和早期进化基因的发现））。 Sequencing 需要以下两种策略 阅读全文
  posted @ 2019-07-01 20:16 YUANya 阅读(455) 评论(0) 推荐(0)
• 【转】Fst指数
  摘要：【转】Fst指数 转载自 http://blog.csdn.net/zhu_si_tao/article/details/71513099 与 http://blog.sina.com.cn/s/blog_4ab0b3390102viol.html 群体遗传学--Fst指数，即群体间分化指数，用于群 阅读全文
  posted @ 2019-07-01 10:02 YUANya 阅读(747) 评论(0) 推荐(0)
• adaptation|domestication|genome evolution|convergent evolution|whole-genome shotgun sequencing|IHGSC
  摘要：Dissecting evolution and disease using comparative vertebrate genomics-online 因为基因组不是独一无二的，同时人类基因组可以组为参考数据，所以最近这些年涌现了脊椎动物的基因数据，所以我们可以利用比较基因组学获得生物学各方面的 阅读全文
  posted @ 2019-06-26 12:14 YUANya 阅读(408) 评论(0) 推荐(0)
• chromosome interaction mapping|cis- and trans-regulation|de novo|SRS|LRS|Haplotype blocks|linkage disequilibrium
  摘要：Dissecting evolution and disease using comparative vertebrate genomics-The sequencing revolution short-read sequencing (SRS) (因大规模基因组数据需要，采用Illumina p 阅读全文
  posted @ 2019-06-26 12:10 YUANya 阅读(260) 评论(0) 推荐(0)
• MRCA|Wright–Fisher population genetic model|SNP rate
  摘要：（Panda has a high heterozygosity rate） 通过对mtDNA（为了预测SNP的密度）的分析，可知panda的多样性，当前全基因组数据才能完全建立模型。 mitochondrial control region DNA:卫星DNA：微衛星（英语：Microsatell 阅读全文
  posted @ 2019-06-24 21:57 YUANya 阅读(531) 评论(0) 推荐(0)
• Ab initio methods|Evidence-based methods|maximum-likelihood|branch-site|H1|H0|GO|dS/dN ratio
  摘要：（Gene prediction and comparison） 使用基于基因组序列的从头预测方法（Ab initio methods）（同时分别使用头预测软件（ GENSCAN和 AUGUSTUS）和预测exon和intron的剪切位点。）和基于证据支持的基因预测（Evidence-based m 阅读全文
  posted @ 2019-06-24 15:23 YUANya 阅读(479) 评论(0) 推荐(0)
• eubacteria|endosymbiosis|基因转移
  摘要：5.11线粒体和叶绿体是通过内共生进化而来的 初始细胞俘获有功能的真细菌（eubacteria）进入细胞内，该细菌逐渐演化为细胞器，这种现象称为内共生（endosymbiosis），所以该细胞器携带细菌的所有基因。依据基因序列比对，可知线粒体与叶绿体来源于不同世系（lineage）的不同真细菌。因为 阅读全文
  posted @ 2019-06-22 20:21 YUANya 阅读(341) 评论(0) 推荐(0)
• ctDNA|endosymbiosis
  摘要：5.10叶绿体基因组编码多种蛋白质和RNA 叶绿体和线粒体的共同点：叶绿体和线粒体的大小，功能（编码区）大体一致，但叶绿体拥有更多基因，所以在编码tRNA时，也有内含子作为被剪切片段。 因为在原核生物仅拥有非断裂基因的时候，那时候没有叶绿体，此时发生共生事件（endosymbiosis），即一个有叶 阅读全文
  posted @ 2019-06-22 19:39 YUANya 阅读(303) 评论(0) 推荐(0)
• mtDNA|ctDNA|cpDNA|
  摘要：5.9细胞器基因组是编码细胞器蛋白质的环状DNA分子 细胞器中除真核细胞线粒体DNA（mtDNA）是线性的外，都是环状分子，比如叶绿体DNA（ctDNA，cpDNA）。因为单个细胞器有几套不同拷贝的细胞器基因组，同一个细胞内有许多不同细胞器。所以，细胞器基因组可以认为是重复序列。 叶绿体基因组大，线 阅读全文
  posted @ 2019-06-22 19:01 YUANya 阅读(1151) 评论(0) 推荐(0)
• extranuclear gene|non-Mendelian inheritance|uniparental inheritance|maternal inheritance
  摘要：5.8某些细胞器含有DNA 因为除细胞核内的染色体外，细胞质中的细胞器上也有遗传物质（这类遗传物质被称为核外基因（extranuclear gene），比如线粒体上的rRNA，这是因为细胞器基因组是独立于细胞核内遗传物质进行遗传的，拥有自身的一套规则，有如下区别：无论细胞器上的遗传物质是杂合（有来自 阅读全文
  posted @ 2019-06-22 17:50 YUANya 阅读(251) 评论(0) 推荐(0)
• pseudogene|鉴定功能基因|expressed se|quence tag
  摘要：基因 （鉴定DNA：可以直接利用DNA序列鉴别基因，但存在3个问题） 1.intron太长（使用用来连接的算法不可及） 2.因为通常功能基因的第一个oxen中有非编码区和启动子最后一个oxen中有终止子和非编码区，但是有些功能基因的第一个oxen或最后一个oxen只有非编码区，这样就很难识别 3.假 阅读全文
  posted @ 2019-06-22 16:45 YUANya 阅读(546) 评论(0) 推荐(0)
• |chromosomal walk |zoo blot|鉴定疾病gene|
  摘要：5.6基于外显子的保守性鉴定真核生物编码蛋白质的基因 鉴定功能性基因的流程是：1.连锁分析找到该基因的染色体的特定区域；2.在这段序列中选择一条短序列，寻找满足两个条件的基因（条件一：因为功能性基因是可以编码出蛋白质的基因，所以它必须有可读框；条件二：因为功能性基因是保守的，所以它必须是种间同源的。 阅读全文
  posted @ 2019-06-22 15:36 YUANya 阅读(394) 评论(0) 推荐(0)
• nonrepetitive DNA|repetitive DNA|moderaly repetitive DNA|highly repetitive DNA|selfish gene|junk DNA
  摘要：5.5 真核生物基因组包含非重复DNA序列和重复DNA序列 依据重复序列的频数，可将真核生物DNA做如下分类： 1次即非重复DNA（nonrepetitive DNA，相应的也会更长，随着基因组扩大（进化？），会变得更加长，因为序列长代表着它的稳定性好，所以该种DNA作为编码mRNA的序列，所以外显 阅读全文
  posted @ 2019-06-21 21:25 YUANya 阅读(296) 评论(0) 推荐(0)
• DNA fingerprinting|haplotpe|frequency of polymorphism|限制性标记的多态性
  摘要：5.4利用RFLP和SNP绘制遗传图 因为限制性标记可以确定那个分子水平上的突变（即已知基因座），但是无法和蛋白质功能相联系。所以我们采用限制性标记的多态性，即该限制酶识别的位点若发生突变，则大概率在该基因座附近，所以可以将这些位点和表型相联系。所以可以据此判断遗传病的突变位点（因为突变在靶基因附近 阅读全文
  posted @ 2019-06-21 20:45 YUANya 阅读(196) 评论(0) 推荐(0)
• SNP|RELP|genetic polymorphism|
  摘要：5.3个体基因组呈现广泛变化 遗传多态性：一个基因座上存在多个等位基因（因为野生型不止一种基因）的现象，但是只有这多种等位基因满足：1.多个基因稳定存在2.基因在种群中数目大于1%时，认为该基因座多态，否则只认为该位置多态，不能够作为基因座（太少了，不具有研究意义）。 对于突变型来说，因为了比较不同 阅读全文
  posted @ 2019-06-21 19:56 YUANya 阅读(260) 评论(0) 推荐(0)
• Repbase library|divergence rate|self-sequence alignment|genomic rearrangement|cutoffs|breakpoint
  摘要：（Panda, dog and human repeat comparison）：与其他动物比较重复序列 我们使用Repbase 库（重复序列库）+已知的转录原件序列+识别软件，评估出转录原件占比，并且与狗和人相比。用Repbase数据库（扩张度来自repeat base）分析熊猫基因中的转录原件的 阅读全文
  posted @ 2019-06-21 19:03 YUANya 阅读(656) 评论(1) 推荐(0)
• Evaluate|GC content|Phred|BAC|heterozygous single nucleotide polymorphisms|estimate genome size|
  摘要：（Evaluate）：检查reads，可使用比对软件：使用SOAPaligner重新排列；采用massively parallel next-generation sequencing technology，效果很好（因为覆盖率高，精度高） 重新做有何意义：此时不需要过高的测序深度，因为用原来的re 阅读全文
  posted @ 2019-06-21 13:20 YUANya 阅读(487) 评论(0) 推荐(0)