随笔分类 -  genome

• Cell theory|Bulk RNA-seq|Cellar heterogeneity|Micromanipulation|Limiting dilution|LCM|FACS|MACS|Droplet|10X genomics|Human cell atlas|Spatially resolved transcriptomes|ST|Slide-seq|SeqFISH|MERFISH
  摘要：生物信息学 Cell theory:7个要点 All known living things are made up of one or more cells. All living cells arise from pre-existing cells by division. The cell 阅读全文
  posted @ 2019-11-06 11:45 YUANya 阅读(562) 评论(0) 推荐(0)
• 表观遗传学|
  摘要：生物医学大数据： 表观遗传学概念：1975 年，Robin Holliday 对表观遗传学提出比较系统的界定，即表观遗传学是研究在没有DNA 序列变化的情况下，可以经过有丝分裂和减数分裂等遗传方式在细胞和个体世代间传递，从而引起基因表达或表型改变的生命信息，它是不符合传统孟德尔遗传规律的核内遗传。 阅读全文
  posted @ 2019-11-05 20:02 YUANya 阅读(1371) 评论(0) 推荐(0)
• Mutation|DNM|
  摘要：生命组学 DNA序列改变的分子基础 变异来源 据研究对象，可分为两类mutation：个体上的变异和群体上的变异，群体上的变异是关联研究，eg喝酒人群vs非喝酒人群相比。 造成mutation的三类机制： 1.DNA复制：DNA复制酶错误 DNA复制 instrinsic polymerase er 阅读全文
  posted @ 2019-11-05 18:49 YUANya 阅读(316) 评论(0) 推荐(0)
• 植物基因组|动物基因组|
  摘要：神经和肌肉只有细胞间期，转录时间长，但是大部分基因不能转录。该特性用于鉴定是否是神经及肌肉部位。 娃娃鱼的genome是人的十倍，这是多倍体化，基因变大但是基因组变小。 可塑性，鸟和人都有很强的可塑性，行为smart。鸟类的研究还有朱鹮保护动物。 在20bp一段进行拆分，比较稳定。 为什么植物基因组 阅读全文
  posted @ 2019-11-05 01:19 YUANya 阅读(463) 评论(0) 推荐(0)
• gene cluster|DPG|拉马克主义变异|达尔文主义变异
  摘要：生命组学 A gene cluster is part of a gene family. A gene cluster is a group of two or more genes found within an organism's DNA that encode for similar po 阅读全文
  posted @ 2019-11-04 01:08 YUANya 阅读(351) 评论(0) 推荐(0)
• EST
  摘要：In genetics, an expressed sequence tag (EST) is a short sub-sequence of a cDNA sequence. ESTs may be used to identify gene transcripts, and are instru 阅读全文
  posted @ 2019-11-01 19:51 YUANya 阅读(382) 评论(0) 推荐(0)
• 基因共线性
  摘要：共线性又称同线性，是一个物种的基因组中相互连锁的基因，在另一物种的基因组中也是连锁关系， 而且在两个物种的遗传图上的位置也是相同的 。 阅读全文
  posted @ 2019-10-28 19:21 YUANya 阅读(4356) 评论(0) 推荐(0)
• orthologs|paralogs
  摘要：从这里我们可以举例说明，例如人的S100A8基因与猪的S100A8基因即为orthologs。人的a球蛋白和b球蛋白基因即为paralogs。需要补充的是，人的a球蛋白和鼠的b球蛋白基因也为paralogs。 阅读全文
  posted @ 2019-10-25 00:57 YUANya 阅读(370) 评论(0) 推荐(0)
• 扩增|feather evolution
  摘要：Wool vs feather 扩增方法：1.Gene Duplication2.Genome Duplication3.Cluster 哺乳动物毛发和鸟类的羽毛，都来自于角蛋白。 羽毛进化图 DNA水平修饰或RNA水平修饰处于二维。 细胞内的感觉受体可改变RNA序列。 阅读全文
  posted @ 2019-10-24 18:04 YUANya 阅读(236) 评论(0) 推荐(0)
• Contig|scaffold|N50|L50|NG50|贪心算法|de bruiji graph|
  摘要：生物信息学 Contig是reads拼成的连续的DNA片段，连续表达一个gene。通过双端测序的contig可确定contig之间的关系得到scaffold，Scaffold是reads拼成的有gap的DNA片段。理想情况下，一条染色体用同一个scaffold的表达。整个genome存在很多零碎片段 阅读全文
  posted @ 2019-10-23 11:55 YUANya 阅读(6805) 评论(0) 推荐(0)
• maxquant|
  摘要：使用maxquant 设定修饰： 设定打分值： 设定有标定量方法：iBAQ，虽然是无标定量方法，但是设定该值后也会有相应有标定量方法的iBAQ值。 根据计算机性能设定线程数： 设定酶切位点 最后生成文件wps不能打开，需要将肽段定量和蛋白定量修改为xls文件 不足：没有中间数据 阅读全文
  posted @ 2019-10-17 23:33 YUANya 阅读(717) 评论(0) 推荐(0)
• 10X genomics|cell base|in-vivo based|model organisms|SBI|
  摘要：生命组学-药物基因组学 精准医学的内容有个人全基因组测序，移动可穿戴设备，它可以实时监测，深度学习模型预测疾病，对疾病预测做到有效、安全和可控。 药物基因组学就是研究疾病、化合物和靶点之间的关系，关键是找到能控制疾病的蛋白质结合腔。 遗传性疾病可通过家系研究，非遗传性疾病可通过GWS找突变位点，基于 阅读全文
  posted @ 2019-10-13 18:47 YUANya 阅读(212) 评论(0) 推荐(0)
• 密码子演化假说|凝固事件假说|立体化学假说|共进化假说|代谢途径相关性假说|四重兼并|假四重兼并|最小损伤原则|AU-rich|GC-rich|逐步进化假说|分子机制进化假说
  摘要：生命组学 将密码子表重排后发现，嘌呤嘧啶含量不同，密码子的氨基酸种类由第一二位决定，同时第三位变化大却没有蛋白质层面上实质性的改变，这说明第三位氨基酸是用于维持氨基酸组成不发生变化同时保证蛋白质稳定性。 基于最小损伤原则，AU-rich半区为多样性半区，这里的氨基酸是必须的氨基酸且种类繁多。GC-r 阅读全文
  posted @ 2019-10-13 18:15 YUANya 阅读(887) 评论(0) 推荐(0)
• DIP|PCN|CoevDB|PID|Y2H|RosettaDock Serve|元基因组学|微生物多样性
  摘要：生命组学： 比较真核生物有关呼吸链的gene是比较核外编码基因，因为与呼吸有关的功能在线粒体上，线粒体位于核外。想要查看两种基因是否具有相互作用，可以对不同物种的编码ATP6 和ATP8的直系同源基因构建共进化树；可以绘制热图观察其区块化现象；可以计算相关系数；可以绘制箱图，进行类别之间相互比较，可 阅读全文
  posted @ 2019-10-01 21:45 YUANya 阅读(444) 评论(0) 推荐(0)
• reduced penetrance|COPE-PCG
  摘要：生物医学大数据 Case study 由Human genome project提出之后，提出的精准医学。它的初衷是将数据standard后easy应用，我国重要重在疾病预警和疗效评价。 在疾病预警上的案例包括新生儿筛查和致癌基因检测，安杰利娜朱莉做了一个乳腺癌早期诊断并去除风险的推动者。但是因为早 阅读全文
  posted @ 2019-09-23 00:39 YUANya 阅读(291) 评论(0) 推荐(0)
• basecalling|vector mark|Assembly的难题|
  摘要：生物信息学 染色体可以据染色图谱判断染色体号码，1-22号染色体依次变短，它们影响机体发育，23号染色体决定性别。肿瘤是由于遗传密码变异造成的。因此，遗传密码的解读非常重要，但是因为遗传密码长度非常长，所以虽然已经全部测出来，但是破译它们依然存在很多难题。 生物信息学是一个学科领域，它的研究对象基因 阅读全文
  posted @ 2019-09-18 23:13 YUANya 阅读(562) 评论(0) 推荐(0)
• 植物基因组|注释版本问题|重测序vs泛基因组
  摘要：生命组学： 细菌和其他物种比，容易发生基因漂移，duplication和重排。 泛基因组学研究的一般思路是通过comparison找到特殊基因区域orspecific gene，研究其调控机制（即通过一维发现特殊三维结构，再利用一维结构解释特殊结构的形成机制eg：基因保守与保守空间结构vs非保守空间 阅读全文
  posted @ 2019-09-18 00:45 YUANya 阅读(1342) 评论(0) 推荐(0)
• 链终止法|边合成边测序|Bowtie|TopHat|Cufflinks|RPKM|FASTX-Toolkit|fastaQC|基因芯片|桥式扩增|
  摘要：生物信息学 Sanger采用链终止法进行测序 带有荧光基团的ddXTP+其他四种普通的脱氧核苷酸放入同一个培养皿中，例如带有荧光基团的ddATP+普通的脱氧核苷酸A、T、C、G放入同一个培养皿，以此类推，存在4种不同类型碱基的识别机制，同时，该ddXTP一旦结合在互补链上则会迫使复制停止。 高通量测 阅读全文
  posted @ 2019-09-15 17:57 YUANya 阅读(1496) 评论(0) 推荐(0)
• CRISPR/Cas9|InParanoid|orthoMCL|PanOCT|pan genome|meta genome|Core gene|CVTree3|
  摘要：生命组学： 泛基因组学：用于描述一个物种基因组，据细菌基因组动力学，因为细菌的基因漂移使得各个细菌之间的基因组差异很大，（单个细菌之间的基因组差异是以基因为单位的gain&loss，而人类基因组，在个体角度两个人之间基因组差异不到1%，主要是SNP，所以CRISPR/Cas9也由细菌得来），所以转而 阅读全文
  posted @ 2019-09-12 00:40 YUANya 阅读(630) 评论(0) 推荐(0)
• SRA|GEO|Taxonomy|Pubmed|MeSH|EBI|Uniprot|Human project|Ensembl|UCSC
  摘要：生物医学大数据： SRA：Sequence Read Archive (SRA) makes biological sequence data available to the research community to enhance reproducibility and allow for n 阅读全文
  posted @ 2019-09-11 17:53 YUANya 阅读(268) 评论(0) 推荐(0)