生物大模型

摘要： 注意 ESM 进行嵌入之后有开始词和结束词，需要截断。 Prot_T5行嵌入之后有开始词或结束词，我还没搞清楚，总之是和ESM不一样。 在HuggingFace上面下载模型 https://huggingface.co/Rostlab/prot_t5_xl_half_uniref50-enc 一些教 阅读全文

摘要： ## 配置区 data=[] #[(id,seq)....] save_path="" # # from esm.models.esmc import ESMC from esm.sdk.api import ESMProtein, LogitsConfig import numpy as np i 阅读全文

摘要： 绘图代码 import torch import copy import matplotlib.pyplot as plt import numpy as np from matplotlib.patches import Rectangle # 存储每个蛋白质的结果 protein_results 阅读全文

摘要： Uniprot 提供了蛋白质的很多信息，可以从中提取结合点位。 DrissionPage 比起Selenium更强大的爬虫软件，Selenium已经被反爬而且配置困难。 Code 输入是蛋白质的Uniprot ID TXT文件，一个id一行 输出为CSV,表头为 ID，索引，结合蛋白列表。 from 阅读全文