摘要：
测序样本信息：完成了70个根际土壤样本的宏基因组测序。 数据预处理： 使用KneadData工具进行质控和去宿主处理。 利用Trimmomatic去除接头序列并进行质量过滤。 使用Bowtie2构建宿主库和进行去宿主处理。 从头组装：采用MEGAHIT工具对原始测序数据进行从头组装，生成contig 阅读全文
posted @ 2023-11-02 10:36
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摘要：
Wilcoxon秩和检验，也被称为Mann-Whitney U检验，是一种非参数统计检验方法，用于比较两组独立样本的中位数是否显著不同。这个检验适用于以下情况： 数据分布不满足正态分布假设：与某些参数统计检验（如t检验）不同，Wilcoxon秩和检验不要求数据满足正态分布假设。因此，它适用于那些数据 阅读全文
posted @ 2023-11-01 17:05
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摘要：
# 加载ggplot2包 library(ggplot2) # 自定义文字大小 axis_title_size <- 18 axis_text_size <- 12 label_text_size <- 6 title_size <- 18 facet_label_size <- 14 legend 阅读全文
posted @ 2023-11-01 15:43
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摘要：
setwd("C:\\Users\\Administrator\\Desktop") # 加载所需的库 library(data.table) # 文件路径 file_path <- "filtered_file_path_here.tsv" # 替换为您的文件路径 # 从文件中读取数据 data 阅读全文
posted @ 2023-11-01 08:55
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摘要：
# 创建一个示例数据向量 data <- c(10.48, 3.6, 10.15, 12.325, 10.46, 4.6, 9.4, 6.15, 11.625, 9.733333, 12, 17.5) # 计算数据的范围 data_range <- round(range(data), 3) cat 阅读全文
posted @ 2023-11-01 08:53
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摘要：
1.不配对 # 创建两组模拟数据 group1 <- c(9.536312, 37.07379, 20.82934, 37.20035) group2 <- c(3.185522, 57.45692, 10.12008, 57.29765) # 进行独立样本t-test result <- t.te 阅读全文
posted @ 2023-11-01 08:52
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摘要：
RDA（冗余分析，Redundancy Analysis）是多变量统计方法中的一种，主要用于生态学和其他领域。它是对多元回归分析和主成分分析（PCA）的结合。RDA用于探索一个多变量响应数据集（例如，多个物种的丰度）与一个或多个解释变量集（例如，环境变量）之间的关系。 简单来说，RDA的目的是找出响 阅读全文
posted @ 2023-10-31 22:20
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摘要：
# 1. 导入所需的库。 library(vegan) library(tidyverse) library(ggalt) library(car) library(ggforce) library(ggpubr) library(patchwork) # 2. 定义所需的函数。 pairwise. 阅读全文
posted @ 2023-10-31 16:54
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摘要：
揭示亲缘关系：通过绘制 cladogram，您可以了解不同根际微生物的亲缘关系，即它们之间的进化关系。这有助于确定这些微生物的共同祖先以及它们如何相互关联。 群落结构：Cladogram 可以帮助您理解根际微生物群落的结构和组成。您可以看到哪些微生物种类更接近于共同的祖先，以及它们如何彼此关联。 物 阅读全文
posted @ 2023-10-30 17:18
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摘要：
# 载入必要的库 library(ggplot2) library(cowplot) # 创建数据 df <- data.frame( year = 2000:2019, total_yield = c(26077.89, 25717.39, 25907.07, 26361.31, 26499.22 阅读全文
posted @ 2023-10-30 14:12
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