摘要：字符串替换 $ dir=L72S_T377S_L483M $ echo ${dir//_/,}L72S,T377S,L483M $ dir="c:\windows/boot.ini" $ echo ${dir//\//\\} c:\windows\boot.ini ${变量/查找/替换值} 一个“/ 阅读全文
alphafold2_conda版安装
2021-10-22 11:34 by 丨o聽乄雨o丨, 833 阅读, 0 推荐, 收藏, 编辑
摘要：安装之前注意gcc版本，我用centos8的4.8.5装不了，后面自己安装的gcc8.4.0 1. conda create -n af2 python=3.8 -y 2. conda activate af2 3. conda install -y -c nvidia cudnn==8.0.4 4 阅读全文
RoseTTAFold安装
2021-10-21 15:44 by 丨o聽乄雨o丨, 1230 阅读, 0 推荐, 收藏, 编辑
摘要：1. 下载RoseTTAFold $ git clone https://github.com/RosettaCommons/RoseTTAFold.git (100M) $ cd RoseTTAFold 2. 下载权重、数据库 $ wget https://files.ipd.uw.edu/pub 阅读全文
rosetta使用silent格式储存PDB结构，节省本地存储
2021-10-10 22:08 by 丨o聽乄雨o丨, 456 阅读, 0 推荐, 收藏, 编辑
摘要：二进制silent文件是一种专有的Rosetta格式，它比PDB文件紧凑得多，可以存储任意数量的结构，避免了许多文件系统上的磁盘空间和文件数量限制。 一、只需要在输出时加一个flag就可以生成silent格式输出。 flag如下： 1 -out:file:silent scoring.silent 阅读全文
alphafold2的几项便利性修改。
2021-08-31 16:34 by 丨o聽乄雨o丨, 429 阅读, 0 推荐, 收藏, 编辑
摘要：#Run alphafold2 # conda activate af2 # run_alphafold.py --fasta_paths=Test.fasta --max_template_date=2020-05-14 # run_alphafold.py --fasta_paths=N7.fa 阅读全文
ctrl+z挂起命令后的操作
2021-08-05 22:49 by 丨o聽乄雨o丨, 190 阅读, 0 推荐, 收藏, 编辑
摘要：(1) CTRL+Z挂起进程并放入后台(2) jobs 显示当前暂停的进程(3) bg %N 使第N个任务在后台运行(%前有空格)(4) fg %N 使第N个任务在前台运行 默认bg,fg不带%N时表示对最后一个进程操作! 阅读全文
centos8/7 非root安装gcc8.4.0, 解决gcc版本过低及libgfortran.so.5缺失问题
2021-07-29 19:57 by 丨o聽乄雨o丨, 3772 阅读, 0 推荐, 收藏, 编辑
摘要：在非root环境下安装gcc-8.4.0，可以解决redhat/centos gcc版本过低导致的软件编译错误的问题。gcc-8.4.0需要一系列的依赖包。 1.下载依赖包: gmp-6.2.0, mpfr-4.1.0, mpc-1.2.0, isl-0.18 可以从以下链接中下载 http://m 阅读全文
bash 字符串切割
2021-07-25 20:09 by 丨o聽乄雨o丨, 291 阅读, 0 推荐, 收藏, 编辑
摘要：详细见列表： 格式说明 ${string: start :length} 从 string 字符串的左边第 start 个字符开始，向右截取 length 个字符。 ${string: start} 从 string 字符串的左边第 start 个字符开始截取，直到最后。 ${string: 0-s 阅读全文
linux设置公用文件夹，各个用户都可以访问查看数据
2021-07-22 20:40 by 丨o聽乄雨o丨, 1187 阅读, 0 推荐, 收藏, 编辑
摘要：假如~/public为公共文件夹 1 chmod -R o+t ~/public2 chmod -R +x ~/public 经过设置后，各个用户可以访问文件夹并查看其中数据，但是却不可以删除数据。 阅读全文
RoseTTAFold建模测试psipred出现buffer overflow detected错误解决办法
2021-07-20 21:13 by 丨o聽乄雨o丨, 737 阅读, 0 推荐, 收藏, 编辑
摘要：安装RoseTTAFold完成后，进入example目录测试建模时，报错如下： ~/Programs/RoseTTAFold-main/input_prep/make_ss.sh: line 24: 31151 Aborted (core dumped) psipred $ID.mtx $DATAD 阅读全文