amber进行分子动力学模拟水盒子和density需要注意的事项

水盒子要加厚：

    越大的体系，一开始水盒子得加的越厚，因为有空隙会收缩，需要保证收缩后仍大于cutoff值+2A，否则一个周期内的蛋白会和另一个周期内的自己作用，而发生形变。。所以水盒子要厚，一般我默认盒子12A起，density也要多步，至少4次5000步，最后看密度波动，波动值小于1%了就可以走下一步了。

density盒子收缩的原理：

    蛋白和水盒子叠合的过程中，是有个范围内没有水的，这个空间是空的，但跑起来以后，水分子会渗入进去，于是水就不够了，盒子有部分就变成真空了。