代码改变世界

amber进行分子动力学模拟水盒子和density需要注意的事项

2021-11-18 11:41  丨o聽乄雨o丨  阅读(46)  评论(0编辑  收藏  举报

水盒子要加厚:

    越大的体系,一开始水盒子得加的越厚,因为有空隙会收缩,需要保证收缩后仍大于cutoff值+2A,否则一个周期内的蛋白会和另一个周期内的自己作用,而发生形变。。所以水盒子要厚,一般我默认盒子12A起,density也要多步,至少4次5000步,最后看密度波动,波动值小于1%了就可以走下一步了。

density盒子收缩的原理:

    蛋白和水盒子叠合的过程中,是有个范围内没有水的,这个空间是空的,但跑起来以后,水分子会渗入进去,于是水就不够了,盒子有部分就变成真空了。

本文版权归作者和博客园共有,欢迎转载,但未经作者同意必须保留此段声明,且在文章页面明显位置给出原文连接,否则保留追究法律责任的权利。