代码改变世界

alphafold2_conda版安装

2021-10-22 11:34  丨o聽乄雨o丨  阅读(171)  评论(0编辑  收藏  举报

安装之前注意gcc版本,我用centos8的4.8.5装不了,后面自己安装的gcc8.4.0

1.

conda create -n af2 python=3.8 -y

2.

conda activate af2

3.

conda install -y -c nvidia cudnn==8.0.4

4.

conda install -y -c bioconda hmmer kalign2

5.

conda install -c conda-forge -c bioconda hhsuite

6.

conda install -y -c conda-forge openmm=7.5.1 pdbfixer pip

7.

pip3 install --upgrade pip && pip3 install -r ./requirements.txt

pip3 install  jax[cuda111] -f https://storage.googleapis.com/jax-releases/jax_releases.html

:如果这步的jaxlib-0.1.69+cuda111没有装成功会报找不到gpu的错误(conda list | grep jax)。

8.

work_path=/home/jianghf/Programs/alphafold2

9.

cd ~/Programs/anaconda3/envs/af2/lib/python3.8/site-packages/

10.

patch -p0 < $work_path/docker/openmm.patch

 

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