摘要：
水盒子要加厚： 越大的体系，一开始水盒子得加的越厚，因为有空隙会收缩，需要保证收缩后仍大于cutoff值+2A，否则一个周期内的蛋白会和另一个周期内的自己作用，而发生形变。。所以水盒子要厚，一般我默认盒子12A起，density也要多步，至少4次5000步，最后看密度波动，波动值小于1%了就可以走下 阅读全文
随笔分类 - Amber
ubantu20.04安装Amber20 && AmberTools20
2021-01-15 19:51 by 丨o聽乄雨o丨, 4043 阅读, 收藏, 编辑
摘要：
Ubantu20.04安装Amber20 && AmberTools20 1. 准备下载好的amber（Amber20.tar.bz2）及tools（AmberTools20.tar.bz2）安装包： 1 $ cd MySoftware_home 2 $ tar xvfj Amber20.tar.b 阅读全文
amber中pdb4amber简单用法
2020-06-30 20:51 by 丨o聽乄雨o丨, 1570 阅读, 收藏, 编辑
摘要：
以如下命令举例： pdb4amber -i inputpdb -o outputpdb -d -s :Cl- -s :Na+ -m 78-ALA 命令中： -i 代表pdb输入 -o 代表pdb输出 -d 代表dry，去除所有水 -s 代表去掉以ATOMMASK为标准的原子，这里去掉了Cl-和Na+ 阅读全文
centos7 vmd-1.9.3安装
2019-04-14 17:19 by 丨o聽乄雨o丨, 3735 阅读, 收藏, 编辑
摘要：
1. 下载安装包 安装包下载地址是http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/，选择自己合适的版本，我下载1.9.3版本 2. 安装必要库 yum install freeglut* 3. 解压 tar zxvf vmd-1.9.3.bin.LINUXAMD64-CUDA 阅读全文
AMBER: CPPTRAJ Tutorial C0
2019-03-01 11:39 by 丨o聽乄雨o丨, 2456 阅读, 收藏, 编辑
摘要：
CPPTRAJ作为PTRAJ的继任者，拥有比PTRAJ更强大的功能，本教程会简要的介绍CPPTRAJ的用法及注意事项。 需要的文件： trpzip2.gb.nc trpzip2.ff10.mbondi.parm7 Loading a Topology and Trajectory 使用cpptraj 阅读全文
使用AMBER中遇到的一些问题
2018-06-26 21:26 by 丨o聽乄雨o丨, 6091 阅读, 收藏, 编辑
摘要：
1.读取蛋白问题 读取无配体pdb文件（loadpdb complex.pdb）时，出现一堆 FATAL: Atom .R<ARG 18>.A<HD1 27> does not have a type 错误，导致 check不过关，也无法 saveamberparm： 错误原因：AMBER不能识别用 阅读全文
Amber TUTORIAL 4b: Using Antechamber to Create LEaP Input Files for Simulating Sustiva (efavirenz)-RT complex using the General Amber Force Field (GAFF)
2018-06-08 18:18 by 丨o聽乄雨o丨, 1596 阅读, 收藏, 编辑
摘要：
sustiva.pdb PDB: 1FKO Create parameter and coordinate files for Sustiva 1. 加氢： sed -i s/"EFZ"/"SUS"/g sustiva_h.pdb 加氢完毕后把文件内所有“EFZ”换为“SUS”。 2.转换为mol2 阅读全文
Amber TUTORIAL B1: Simulating a DNA polyA-polyT Decamer
2018-06-06 15:50 by 丨o聽乄雨o丨, 1902 阅读, 收藏, 编辑
摘要：
Section 1: Introduction The input files required (using their default file names): prmtop - a file containing a description of the molecular topology 阅读全文
Amber中的一些option设置及名词
2018-06-05 22:11 by 丨o聽乄雨o丨, 1308 阅读, 收藏, 编辑
摘要：
详细请见AMBER官方文档第18章第6节（18.6） Amber16.pdf The settings can be summarized as follows: imin=1 Choose a minimization run ntx=1 Read coordinates but not velo 阅读全文
Amber TUTORIAL B5: Simulating the Green Fluorescent Protein
2018-06-03 22:20 by 丨o聽乄雨o丨, 1440 阅读, 收藏, 编辑
摘要：
Section 1: Preparing the PDB file 1EMA是本次教程所用的pdb，可以在PDB数据库下载。 pdb4amber命令用于amber输入pdb格式文件的准备。 --dry会删除晶体结构中的水分子(WATER)，--reduce会对pdb加氢(H)。命令执行完成后需要对产 阅读全文
Amber learning note A8: Loop Dynamics of the HIV-1 Integrase Core Domain
2018-05-30 20:55 by 丨o聽乄雨o丨, 578 阅读, 收藏, 编辑
摘要：
1. Prepare Input File $ tleap >source leaprc.protein.ff14SB > loadoff mg.off > mol = loadpdb wt1mg.pdb > source leaprc.water.tip3p > solvateBox mol TI 阅读全文
centos7安装Amber16 && AmberTools
2018-04-16 17:46 by 丨o聽乄雨o丨, 5816 阅读, 收藏, 编辑
摘要：
Centos7 安装amber16 1.准备下载好的amber（Amber16.tar.bz2）及tools（AmberTools16.tar.bz2）安装包： $ cd MySoftware_home $ tar xvfj Amber16.tar.bz2 $ tar xvfj AmberTools 阅读全文