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随笔分类 - Amber

amber进行分子动力学模拟水盒子和density需要注意的事项

2021-11-18 11:41 by 丨o聽乄雨o丨, 41 阅读, 收藏, 编辑
摘要: 水盒子要加厚: 越大的体系,一开始水盒子得加的越厚,因为有空隙会收缩,需要保证收缩后仍大于cutoff值+2A,否则一个周期内的蛋白会和另一个周期内的自己作用,而发生形变。。所以水盒子要厚,一般我默认盒子12A起,density也要多步,至少4次5000步,最后看密度波动,波动值小于1%了就可以走下 阅读全文

ubantu20.04安装Amber20 && AmberTools20

2021-01-15 19:51 by 丨o聽乄雨o丨, 1720 阅读, 收藏, 编辑
摘要: Ubantu20.04安装Amber20 && AmberTools20 1. 准备下载好的amber(Amber20.tar.bz2)及tools(AmberTools20.tar.bz2)安装包: 1 $ cd MySoftware_home 2 $ tar xvfj Amber20.tar.b 阅读全文

amber中pdb4amber简单用法

2020-06-30 20:51 by 丨o聽乄雨o丨, 840 阅读, 收藏, 编辑
摘要: 以如下命令举例: pdb4amber -i inputpdb -o outputpdb -d -s :Cl- -s :Na+ -m 78-ALA 命令中: -i 代表pdb输入 -o 代表pdb输出 -d 代表dry,去除所有水 -s 代表去掉以ATOMMASK为标准的原子,这里去掉了Cl-和Na+ 阅读全文

centos7 vmd-1.9.3安装

2019-04-14 17:19 by 丨o聽乄雨o丨, 2547 阅读, 收藏, 编辑
摘要: 1. 下载安装包 安装包下载地址是http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/,选择自己合适的版本,我下载1.9.3版本 2. 安装必要库 yum install freeglut* 3. 解压 tar zxvf vmd-1.9.3.bin.LINUXAMD64-CUDA 阅读全文

AMBER: CPPTRAJ Tutorial C0

2019-03-01 11:39 by 丨o聽乄雨o丨, 1342 阅读, 收藏, 编辑
摘要: CPPTRAJ作为PTRAJ的继任者,拥有比PTRAJ更强大的功能,本教程会简要的介绍CPPTRAJ的用法及注意事项。 需要的文件: trpzip2.gb.nc trpzip2.ff10.mbondi.parm7 Loading a Topology and Trajectory 使用cpptraj 阅读全文

使用AMBER中遇到的一些问题

2018-06-26 21:26 by 丨o聽乄雨o丨, 3268 阅读, 收藏, 编辑
摘要: 1.读取蛋白问题 读取无配体pdb文件(loadpdb complex.pdb)时,出现一堆 FATAL: Atom .R<ARG 18>.A<HD1 27> does not have a type 错误,导致 check不过关,也无法 saveamberparm: 错误原因:AMBER不能识别用 阅读全文

Amber TUTORIAL 4b: Using Antechamber to Create LEaP Input Files for Simulating Sustiva (efavirenz)-RT complex using the General Amber Force Field (GAFF)

2018-06-08 18:18 by 丨o聽乄雨o丨, 1075 阅读, 收藏, 编辑
摘要: sustiva.pdb PDB: 1FKO Create parameter and coordinate files for Sustiva 1. 加氢: sed -i s/"EFZ"/"SUS"/g sustiva_h.pdb 加氢完毕后把文件内所有“EFZ”换为“SUS”。 2.转换为mol2 阅读全文

Amber TUTORIAL B1: Simulating a DNA polyA-polyT Decamer

2018-06-06 15:50 by 丨o聽乄雨o丨, 1523 阅读, 收藏, 编辑
摘要: Section 1: Introduction The input files required (using their default file names): prmtop - a file containing a description of the molecular topology 阅读全文

Amber中的一些option设置及名词

2018-06-05 22:11 by 丨o聽乄雨o丨, 974 阅读, 收藏, 编辑
摘要: 详细请见AMBER官方文档第18章第6节(18.6) Amber16.pdf The settings can be summarized as follows: imin=1 Choose a minimization run ntx=1 Read coordinates but not velo 阅读全文

Amber TUTORIAL B5: Simulating the Green Fluorescent Protein

2018-06-03 22:20 by 丨o聽乄雨o丨, 1053 阅读, 收藏, 编辑
摘要: Section 1: Preparing the PDB file 1EMA是本次教程所用的pdb,可以在PDB数据库下载。 pdb4amber命令用于amber输入pdb格式文件的准备。 --dry会删除晶体结构中的水分子(WATER),--reduce会对pdb加氢(H)。命令执行完成后需要对产 阅读全文

Amber learning note A8: Loop Dynamics of the HIV-1 Integrase Core Domain

2018-05-30 20:55 by 丨o聽乄雨o丨, 474 阅读, 收藏, 编辑
摘要: 1. Prepare Input File $ tleap >source leaprc.protein.ff14SB > loadoff mg.off > mol = loadpdb wt1mg.pdb > source leaprc.water.tip3p > solvateBox mol TI 阅读全文

centos7安装Amber16 && AmberTools

2018-04-16 17:46 by 丨o聽乄雨o丨, 4984 阅读, 收藏, 编辑
摘要: Centos7 安装amber16 1.准备下载好的amber(Amber16.tar.bz2)及tools(AmberTools16.tar.bz2)安装包: $ cd MySoftware_home $ tar xvfj Amber16.tar.bz2 $ tar xvfj AmberTools 阅读全文