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ubantu20.04安装Amber20 && AmberTools20

2021-01-15 19:51  丨o聽乄雨o丨  阅读(3917)  评论(1)  编辑  收藏  举报

Ubantu20.04安装Amber20 && AmberTools20

1. 准备下载好的amber（Amber20.tar.bz2）及tools（AmberTools20.tar.bz2）安装包：

1 $ cd MySoftware_home
2 $ tar xvfj Amber20.tar.bz2
3 $ tar xvfj AmberTools20.tar.bz2

两个压缩包会解压到一个名为amber20_src的文件夹里

2. 切换到$AMBERHOME/build目录，进行预编译（防盗贴。此步骤与之前版本的ubantu和centos安装老版本amber不同）：

1 $ cd amber20_src/build
2 # optional: edit the run_cmake script to make any needed changes;
3 # most users should not need to do this
4 $ ./run_cmake

3. 安装并添加环境变量：

1 # install执行完成后，会在MySoftware_home目录下创建名amber20的独立目录，安装完成的可执行文件及库都在amber20里
2 $ make install
3 # 添加环境变量
4 $ source ../amber.sh
5 # 测试安装
6 $ cd $AMBERHOME
7 $ make test.serial

4. 安装cuda版本amber20，之前装好11以上的CUDA：

1 $ cd amber20_src/build
2 # 编辑run_cmake文件，把linux区段里的-DCUDA=FASLE改成-DCUDA=TRUE，如不清楚哪个是linux区段，可以把所有都改了
3 $ ./run_cmake
4 $ make install
5 $ cd $AMBERHOME
6 $ make test.cuda.serial
7 # CUDA_VISIBLE_DEVICES指定可见显卡来指定pmemd.cuda的运行显卡
8 $ export CUDA_VISIBLE_DEVICES=0
9 $ pmemd.cuda xxxx

5. 安装MPI版本的amber20,需要openmpi版本为openmpi-[2-4].[0-9]：

1 $ cd amber20_src/build
2 # 编辑run_cmake文件，把linux区段里的-DMPI=FASLE改成-DMPI=TRUE，如不清楚哪个是linux区段，可以把所有都改了
3 $ ./run_cmake 
4 $ make install
5 $ cd $AMBERHOME
6 export DO_PARALLEL="mpirun -np 2"
7 $ make test.parallel 
8 # 使用mpirun运行并行版本pmemd 
9 $ mpirun -np (threads) pmemd.MPI

6. 安装并行cuda版本的amber20,需要11版本以上的CUDA及openmpi版本为openmpi-[2-4].[0-9]：

1 $ cd amber20_src/build
2 # 编辑run_cmake文件，把linux区段里的-DMPI=FASLE -DCUDA=FALSE改成-DMPI=TRUE -DCUDA=TRUE
3 $ ./run_cmake 
4 $ make install
5 $ cd $AMBERHOME
6 $ export DO_PARALLEL="mpirun -np 2"
7 $ make test.cuda.parallel
8 # 使用mpirun运行并行cuda版本pmemd 
9 $ mpirun -np (threads) pmemd.cuda.MPI

 

　由于amber20与旧版本16及18都不一样，第一次装可能会有些问题。