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摘要： 目的：对于既含有蛋白质，也含有非天然残基、小分子、离子的PDB，提取分子SMILES和原子级别的特征 1. 首先，我考虑了直接用Rdkit来处理完整PDB 直接读取pdb生成rdkit.mol对象: mol = Chem.MolFromPDBFile(input_pdb) Chem.SplitMol 阅读全文

摘要： 最近发现我的天选5p触摸板总是时不时失灵，表现为可以点击移动，但是无法双指滑动页面，搜索了一大堆信息之后发现对我的情况比较有用的流程，整理如下： 发现触摸板失灵后（双指无法上下滑动页面），首先打开奥创中心，发现右侧系统设置部分确实没有触摸板 打开设备管理器，在“人体学输入设备”找到“Precisio 阅读全文

摘要： Grpahormer论文：Do Transformers Really Perform Bad for Graph Representation? Graphormer官方用的是Fairseq写的，这位大佬用pytorch_geometric重新实现了一下：github:leffff/graphor 阅读全文

摘要： 拆分对接结果vina_split --input result.pdbqt --ligand complex/lig 使用mv命令批量修改文件名，把01-09修改成1-9，便于批量处理 for i in `seq 1 9`; do > mv "lig0${i}.pdbqt" "lig${i}.pdb 阅读全文

摘要： 参考资料：https://blog.csdn.net/qq_41080854/article/details/123262948 首先在[https://wandb.ai/site]注册登录（我选择的是log in with github ID），然后根据官方提示一步步安装 pip install 阅读全文

摘要： 先问了下chatgpt: 我正在学习torch.nn.multiheadattention，请告诉我att_mask和key_padding_mask这两个参数有什么不同，分别用于处理什么问题，以及输出有什么不同，并给出代码示例 chatgpt的回答： torch.nn.MultiheadAtten 阅读全文

摘要： 今天学习GNN，讲到特征向量中心性eigenvector centrality，之前在讲图片还原的时候也提到了特征值和特征向量，不知道具体有什么意义，所以上b站学习一下 【无痛线代】特征值究竟体现了矩阵的什么特征？ https://www.bilibili.com/video/BV1TH4y1L7P 阅读全文