随笔分类 -  RNA-Seq

5.基因组索引文件创建—STAR
摘要：1.脚本 1 #!/bin/bash 2 #使用star软件创建人类hg38基因组索引 3 4 fa_dir="/home/shenqingsong/project/RNA-Seq/reference/hg38/hg38.fa" 5 gtf_dir="/home/shenqingsong/proje 阅读全文
posted @ 2022-02-22 20:41 S_梦痕 阅读(1264) 评论(0) 推荐(0)
4.数据质控、清洗、去接头
摘要：使用sratoolkit的fastq-dump命令转换后得到的fastq文件可以接着使用fastqc和multiqc进行质控，fastq可以对数据出具HTML报告，multiqc可以将不同数据样本的HTML报告进行整合成一个总的HTML文件，便于查看测序数据的质量； 1.对数据进行质控分析 1 #! 阅读全文
posted @ 2022-02-21 17:35 S_梦痕 阅读(821) 评论(0) 推荐(0)
数据清洗—【trim_galore】那些事
摘要：Trim Galore是对FastQC和cutadapt的包装。适用于所有高通量测序，包括RRBS(Reduced Representation Bisulfite-Seq )、 Illumina、Nextera和smallRNA测序平台的双端和单端数据。主要功能包括两步：第一步首先去除低质量碱基， 阅读全文
posted @ 2022-02-21 17:03 S_梦痕 阅读(3621) 评论(2) 推荐(0)
3.测序SRA数据下载与转换
摘要：一、官方下载工具Sratoolkit安装 推荐使用conda直接安装，避免配置环境的麻烦，但sratoolkit在conda镜像中的包名为sra-tools 1 conda install -y -c bioconda sra-tools 二、SRA文件下载地址获取 1.NCBI GEO数据库下载地 阅读全文
posted @ 2022-02-18 16:54 S_梦痕 阅读(1596) 评论(0) 推荐(0)
2.软件安装【包管理器miniconda下载安装与配置】
摘要：miniconda是anaconda的简化版，包含核心的一些功能，如conda 一、安装 1> 使用wget 从清华镜像源下载miniconda 使用命令uname -m可以查看电脑类型 1 wget https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/min 阅读全文
posted @ 2022-02-17 10:38 S_梦痕 阅读(430) 评论(0) 推荐(0)
1.人类参考基因组和基因注释文件下载
摘要：一、参考基因组下载 下载地址： 三大国际数据中心（NCBI、UCSC、ENSEMBL）均可下载 下载过程： 1> 浏览器地址栏输入(建议使用bing搜索引擎，可直接定位到网站下载数据库)： 1 hg38 ftp ucsc 2> 点击进入数据库，下翻找到下载地址： 3> 鼠标右键复制下载地址，Linu 阅读全文
posted @ 2022-02-16 20:04 S_梦痕 阅读(1606) 评论(0) 推荐(0)