nkwy2012

摘要： 一.rename解决 1. Ubuntu系统下 rename 's//.c//.h/' ./* 把当前目录下的后缀名为.c的文件更改为.h的文件 2. CentOS5.5系统下 rename .c .h *.c 把当前目录下的后缀名为.c的文件更改为.h的文件 二.shell 脚本解决 #!/bin 阅读全文

摘要： http://blog.sciencenet.cn/blog-1469385-819498.html 文章目录 一.准备工作 二.流程概览 三.流程 首先说说GATK可以做什么。它主要用于从sequencing 数据中进行variant calling，包括SNP、INDEL。比如现在风行的exom 阅读全文

摘要： [plain] view plain copy [plain] view plain copy 解释：-nH：不创建以主机名命名的目录。–cut-dirs：希望去掉原来的目录层数，从根目录开始计算。如果想完全保留FTP原有的目录结构，则不要加该参数。-m：下载所有子目录并且保留目录结构。–ftp-u 阅读全文

摘要： Linux和Windows文本文件的行结束标志不同。在Linux中，文本文件用"/n"表示回车换行，而Windows用"/r/n"表示回车换行。有时候在Windows编写shell脚本时需要注意这个，否则shell脚本会报"No such file or directory"或"command no 阅读全文

摘要： http://support.illumina.com/help/BaseSpace_App_WGS_BWA_help/Content/Vault/Informatics/Sequencing_Analysis/Apps/swSEQ_mAPP_WGS_BWA_VCFEntries.htm 阅读全文

摘要： awk是行处理器: 相比较屏幕处理的优点，在处理庞大文件时不会出现内存溢出或是处理缓慢的问题，通常用来格式化文本信息 awk处理过程: 依次对每一行进行处理，然后输出 awk命令形式: awk [-F|-f|-v] ‘BEGIN{} //{command1; command2} END{}’ fil 阅读全文

摘要： Python中执行系统命令常见的几种方法 Python中执行系统命令常见的几种方法有： (1)os.system 例如： 例如： (3)使用模块subprocess 使用方法： 好处在于:运用对线程的控制和监控，将返回的结果赋于一变量，便于程序的处理。 如获取返回和输出: (4) 使用模块comma 阅读全文

摘要： 1，函数介绍 1.1.读取配置文件 -read(filename) 直接读取ini文件内容-sections() 得到所有的section，并以列表的形式返回-options(section) 得到该section的所有option-items(section) 得到该section的所有键值对-g 阅读全文

摘要： add_argument:读入命令行参数，该调用有多个参数 ArgumentParser.add_argument(name or flags…[, action][, nargs][, const][, default][, type][, choices][, required][, help] 阅读全文

摘要： os.path.abspath(path) #返回绝对路径 os.path.basename(path) #返回文件名 os.path.commonprefix(list) #返回list(多个路径)中，所有path共有的最长的路径。 os.path.dirname(path) #返回文件路径 os 阅读全文