nkwy2012

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摘要： 一、函数用途 将文件夹中的文件名存到列表当中，可以用于批量导入文件 二、函数参数 list.files(path = ".", pattern = NULL, all.files = FALSE, full.names = FALSE, recursive = FALSE, ignore.case 阅读全文

摘要： .zip压缩：zip()解压：unzip()若要压缩文件，就直接在 zip() 函数的第一个参数里面输入压缩后的文件名，第二个参数输入压缩前的文件名。 而解压文件就更简单了，直接利用 unzip() 里面加上需要解压的文件名称即可。 .tar.gz压缩：tar()解压：untar()同 .zip 后 阅读全文

摘要： 转载：https://www.jianshu.com/p/4b2781a125e4 一 数据准备 使用GEO数据库的表达数据，抽取一些并稍加处理（为方便展示） data <- read.csv("A.csv",header=TRUE) img 可以明显看到ID_REF存在重复，那要怎么处理呢？ 二 阅读全文

摘要： https://www.plob.org/article/9969.html Gene Expression Omnibus database (GEO)是由NCBI负责维护的一个数据库，设计初衷是为了收集整理各种表达芯片数据，但是后来也加入了甲基化芯片，甚至高通量测序数据！ GEO数据库基础知识 阅读全文

摘要： 转载 ：http://blog.sina.com.cn/s/blog_83f77c940102xuro.html Kalatskaya I, Trinh Q M, Spears M, et al. ISOWN: accurate somatic mutation identification in 阅读全文

摘要： 各种生信工具： https://omictools.com/ 阅读全文

摘要： 关于数据挖掘发表文章，我们知道很多人是看不上、瞧不起、嗤之以鼻的。大抵是因为这些人平时只发 CNS 主刊，所以才认为通过数据挖掘这种用「别人的数据」或者叫「干实验」来发文章是“「垃圾」，没有什么价值。 真的是这样吗？今天我们要介绍的就是一篇做数据挖掘的 Cancer Cell 杂志的文章（IF: 2 阅读全文

摘要： 转载果子学生信 https://mp.weixin.qq.com/s/Ph1O6V5RkxkyrKpVmB5ODA 前面我们从GDC下载了TCGA肿瘤数据库的数据,也能够把GDC下载的多个TCGA文件批量读入R 今天我们讲一下TCGA数据的标准化，以及差异分析，得到了标准化后的数据，我们就可以按照以 阅读全文

摘要： image Gene Set Enrichment Analysis (GSEA) is a computational method that determines whether an a priori defined set of genes shows statistically signi 阅读全文

摘要： 最出名，http://www.cbioportal.org/ 特色：最基本的简单分析基因突变、共表达/共突变的基因，下载数据也可以，最常看的应该还是oncoPrint那个。 详细用法：TCGA数据库的数据怎么查？ 最方便，Ge-mini 特色：手机app，可随时查看，主要关注基因表达量的变化 详细用 阅读全文