nkwy2012

2017年2月13日

摘要：转载自：http://blog.sciencenet.cn/blog-1509670-1000479.html 随着芯片和高通量测序技术的广泛应用，在肿瘤研究领域积累了越来越多的基因组学数据，特别是像The Cancer Genome Atlas（TCGA）、International Cancer 阅读全文

posted @ 2017-02-13 13:29 nkwy2012 阅读(13513) 评论(0) 推荐(0)

lncRNA研究利器之"TANRIC"

摘要： http://bioinformatics.mdanderson.org/main/Main_Page http://ibl.mdanderson.org/tanric/_design/basic/index.html 阅读全文

posted @ 2017-02-13 13:13 nkwy2012 阅读(929) 评论(0) 推荐(0)

2017年2月10日

Python的collections模块中的OrderedDict有序字典

摘要：如同这个数据结构的名称所说的那样，它记录了每个键值对添加的顺序。 ? 1 2 3 4 5 6 d = OrderedDict() d['a'] = 1 d['b'] = 10 d['c'] = 8 for letter in d: print letter ? 1 2 3 4 5 6 d = Ord 阅读全文

posted @ 2017-02-10 17:53 nkwy2012 阅读(5166) 评论(0) 推荐(0)

python set

摘要： python的set和其他语言类似, 是一个无序不重复元素集, 基本功能包括关系测试和消除重复元素. 集合对象还支持union(联合), intersection(交), difference(差)和sysmmetric difference(对称差集)等数学运算. sets 支持 x in set 阅读全文

posted @ 2017-02-10 17:06 nkwy2012 阅读(246) 评论(0) 推荐(0)

python中的ord函数

摘要： chr()、unichr()和ord() chr()函数用一个范围在range（256）内的（就是0～255）整数作参数，返回一个对应的字符。unichr()跟它一样，只不过返回的是Unicode字符，这个从Python 2.0才加入的unichr()的参数范围依赖于你的Python是如何被编译的。阅读全文

posted @ 2017-02-10 16:22 nkwy2012 阅读(6704) 评论(0) 推荐(0)

Perl 获得当前路径

摘要： 1、有两种方法：1. use Cwd;my $dir = getcwd;#$dir中即为当前目录的完整路径信息。2. my $dir = $ENV{'PWD'};#ENV是一个散列，用于存放环境变量。PWD是Linux的环境变量，表示当前所在目录。 my $path=`pwd`;print $pat 阅读全文

posted @ 2017-02-10 15:59 nkwy2012 阅读(5951) 评论(0) 推荐(0)

python os.system command_line

摘要： command_line = ("{7} {0} -Xmx{1} -jar {2} -T Pileup -R {3} -I {4} -L {5} -o {6} " + "-verbose -rf DuplicateRead --filter_reads_with_N_cigar " + "--fil 阅读全文

posted @ 2017-02-10 11:35 nkwy2012 阅读(219) 评论(0) 推荐(0)

python字符串格式化方法 format函数的使用

摘要： python从2.6开始支持format，新的更加容易读懂的字符串格式化方法，从原来的% 模式变成新的可读性更强的综合举例说明：输入： '{:>18,.2f}'.format(70305084.0) # :冒号+空白填充+右对齐+固定宽度18+浮点精度.2+浮点数声明f 输出：' 70,305 阅读全文

posted @ 2017-02-10 11:17 nkwy2012 阅读(2117) 评论(1) 推荐(0)

os.environ() 说明

摘要：我们想要用Python获得一些有关系统的各种信息的时候就不得不想到os的environ，那这里面都具体包含了那些内容呢？一、简介对于官方的解释，environ是一个字符串所对应环境的映像对象。这是什么意思呢？举个例子来说，environ['HOME']就代表了当前这个用户的主目录。下图是win 阅读全文

posted @ 2017-02-10 11:09 nkwy2012 阅读(470) 评论(0) 推荐(0)

2017年2月9日

perl usage()和getopt

摘要： #!/usr/bin/perl#perl search.pl --infile Targets.Lung.Carcinoma.genelist.txt --homogene Homo_sapiens.gene_info --outfile Targets.Lung.Carcinoma.geneID. 阅读全文

posted @ 2017-02-09 13:59 nkwy2012 阅读(1278) 评论(0) 推荐(0)

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