摘要：
一、subprocess以及常用的封装函数运行python的时候，我们都是在创建并运行一个进程。像Linux进程那样，一个进程可以fork一个子进程，并让这个子进程exec另外一个程序。在Python中，我们通过标准库中的subprocess包来fork一个子进程，并运行一个外部的程序。subpro 阅读全文
posted @ 2017-02-03 17:33
nkwy2012
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摘要：
SAM是Sequence Alignment/Map 的缩写。像bwa等软件序列比对结果都会输出这样的文件。samtools网站上有专门的文档介绍SAM文件。具体地址：http://samtools.sourceforge.net/SAM1.pdf 很多人困惑SAM文件中的第二列FLAG值是什么意思 阅读全文
posted @ 2017-02-03 16:57
nkwy2012
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摘要：
在SAM输出的结果中每一行都包括十二项通过Tab分隔，从左到右分别是： 1 序列的名字（Read的名字） 2 概括出一个合适的标记，各个数字分别代表 1 序列是一对序列中的一个 2 比对结果是一个pair-end比对的末端 4 没有找到位点 8 这个序列是pair中的一个但是没有找到位点 16 在这 阅读全文
posted @ 2017-02-03 16:46
nkwy2012
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摘要：
https://github.com/samtools/hts-specs 阅读全文
posted @ 2017-02-03 16:11
nkwy2012
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摘要：
一.rename解决 1. Ubuntu系统下 rename 's//.c//.h/' ./* 把当前目录下的后缀名为.c的文件更改为.h的文件 2. CentOS5.5系统下 rename .c .h *.c 把当前目录下的后缀名为.c的文件更改为.h的文件 二.shell 脚本解决 #!/bin 阅读全文
posted @ 2017-02-03 10:45
nkwy2012
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