2017年2月7日
python 处理命令行参数--转载
摘要： 标题写了那么久，现在现在才有时间，整理下自己的思路。首先先总结下自己对sys模块的理解。手册上对sys的描述是系统参数和系统函数，这里的系统实际上是python解释器。这个模块提供了用户可以访问的解释器变量和一些可以与解释器进行交互的功能函数。这里主要关注的就是sys.argv，其实它就是一个解释器 阅读全文
posted @ 2017-02-07 13:49 nkwy2012 阅读(1743) 评论(0) 推荐(0)
肿瘤突变位点临床解读数据库--转载
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posted @ 2017-02-07 08:49 nkwy2012 阅读(286) 评论(0) 推荐(0)
2017年2月4日
linux中批量替换文本中字符串--转载
摘要： （一）通过vi编辑器来替换。vi/vim 中可以使用 :s 命令来替换字符串。:s/well/good/ 替换当前行第一个 well 为 good:s/well/good/g 替换当前行所有 well 为 good:n,$s/well/good/ 替换第 n 行开始到最后一行中每一行的第一个 wel 阅读全文
posted @ 2017-02-04 16:24 nkwy2012 阅读(68427) 评论(0) 推荐(3)
linux之cut用法--转载
摘要： cut是一个选取命令，就是将一段数据经过分析，取出我们想要的。一般来说，选取信息通常是针对“行”来进行分析的，并不是整篇信息分析的。 （1）其语法格式为：cut [-bn] [file] 或 cut [-c] [file] 或 cut [-df] [file] 使用说明cut 命令从文件的每一行剪切 阅读全文
posted @ 2017-02-04 16:19 nkwy2012 阅读(237) 评论(0) 推荐(0)
python enumerate用法总结--转载
摘要： enumerate()说明 enumerate()是python的内置函数 enumerate在字典上是枚举、列举的意思 对于一个可迭代的（iterable）/可遍历的对象（如列表、字符串），enumerate将其组成一个索引序列，利用它可以同时获得索引和值 enumerate多用于在for循环中得 阅读全文
posted @ 2017-02-04 13:37 nkwy2012 阅读(303) 评论(0) 推荐(0)
Python time模块详解--转载
摘要： 1.在Python中，通常有这几种方式来表示时间：1）时间戳 2）格式化的时间字符串 3）元组（struct_time）共九个元素。由于Python的time模块实现主要调用C库，所以各个平台可能有所不同。2.UTC（Coordinated Universal Time，世界协调时）亦即格林威治天文 阅读全文
posted @ 2017-02-04 11:25 nkwy2012 阅读(167) 评论(0) 推荐(0)
2017年2月3日
Python subprocess模块学习总结--转载
摘要： 一、subprocess以及常用的封装函数运行python的时候，我们都是在创建并运行一个进程。像Linux进程那样，一个进程可以fork一个子进程，并让这个子进程exec另外一个程序。在Python中，我们通过标准库中的subprocess包来fork一个子进程，并运行一个外部的程序。subpro 阅读全文
posted @ 2017-02-03 17:33 nkwy2012 阅读(674) 评论(0) 推荐(0)
推荐一个SAM文件中flag含义解释工具--转载
摘要： SAM是Sequence Alignment/Map 的缩写。像bwa等软件序列比对结果都会输出这样的文件。samtools网站上有专门的文档介绍SAM文件。具体地址：http://samtools.sourceforge.net/SAM1.pdf 很多人困惑SAM文件中的第二列FLAG值是什么意思 阅读全文
posted @ 2017-02-03 16:57 nkwy2012 阅读(2116) 评论(0) 推荐(0)
bam/sam格式说明--转载
摘要： 在SAM输出的结果中每一行都包括十二项通过Tab分隔，从左到右分别是： 1 序列的名字（Read的名字） 2 概括出一个合适的标记，各个数字分别代表 1 序列是一对序列中的一个 2 比对结果是一个pair-end比对的末端 4 没有找到位点 8 这个序列是pair中的一个但是没有找到位点 16 在这 阅读全文
posted @ 2017-02-03 16:46 nkwy2012 阅读(566) 评论(0) 推荐(0)
samtools一些文档
摘要： https://github.com/samtools/hts-specs 阅读全文
posted @ 2017-02-03 16:11 nkwy2012 阅读(165) 评论(0) 推荐(0)