生物信息与育种

摘要： 最近看到微信公众号：“生物信息与育种” 的文章阅读量太低了，粉丝量基础也很少。可能是做动植物基因组和育种相关工作的人员基数相对较少，而且我也没有主动去推。于是想着把以前做的的蛋白质组学部分笔记迁移到公众号上，一是为内容备份，二是为增加粉丝和阅读量。不过这些笔记是几年前的了，可能已经跟不上前沿的发展， 阅读全文

摘要： 目录图形泛基因组的构建图泛构建方法获取和合并PAV变异图泛的存储格式线性参考基因组坐标的恢复图泛的可视化图泛的注释基因结构注释图泛的变异注释结构变异鉴定与基因分型图泛比对软件的优势图泛的应用功能元件的鉴定现有物种中的图泛规模基于图泛的GWAS未来应用结论与未来展望 图形泛基因组（图泛）以节点和路径的 阅读全文

摘要： 目录深度学习：概念、工具和注意事项沿着分子生物学的中心法则进行深度学习DNA和基因特性蛋白质特性模型和数据共享理解基因组变异：从关联到因果关系和分子机制深度学习育种4.0：编辑育种结论 植物基因组学取得了巨大进步，其特点是高通量技术的爆炸式增长，以低成本识别多维全基因组分子表型。更重要的是，基因组学 阅读全文

摘要： 目录GS应用的四个场景情景1情景2情景3情景4 本文整理自Giovanny E Covarrubias Pazaran博士的报告《Genomic Selection in R》，他是国际水稻研究所植物育种和遗传学博士，具有强大的统计学背景以及具有从事育种计划和实践研究的丰富经验，是R和SAS等不同软 阅读全文

摘要： 目录作物生长模型概述研究思路研究进展未来发展 作物生长模型概述 农业信息技术在世界农业领域的兴起始于20 世纪70年代末，以作物生长模型（crop growth model）的成功研制和应用为突出代表。 作物生长模型以作物生长发育的内在规律为基础，综合作物遗传潜力、环境效应、调控技术之间的因果关系， 阅读全文

摘要： 目录简介材料方法数据集SoyDNGP的模型结构比对模型的处理主要结果SoyDNGP在大豆基因组预测中展现了出色的能力大豆基因组预测中SoyDNGP与其他算法的性能比较SoyDNGP模型在不同大豆群体中的多功能预测能力SoyDNGP 在大豆之外的广泛应用SoyDNGP是一个面向大豆基因组预测的开放友好 阅读全文

摘要： 目录基因组特征评估Survey简单植物基因组组装高杂合基因组组装高重复基因组组装高倍性基因组组装植物泛基因组组装测序技术发展与组装质量 基因组特征评估Survey 基因组大小、杂合度和重复序列含量是决定测序成本、组装难度和最终组装效果的最重要的几个特征。 全部测序read 中K-mer（在测序rea 阅读全文

摘要： 本文内容整理自科迪华农业科学公司（Corteva Agriscience）的数量遗传学家Alencar Xavier博士几年前做的报告。Alencar Xavier在统计遗传学方面的工作是基因组辅助育种，重点是数据驱动的植物育种的理论和计算方面，例如使用各种信息来源进行建模、预测和选择。其研究涉及使 阅读全文

摘要： 目录问题解决 问题 Python通过pip安装PyVCF成功，但运行脚本时出现问题： File "/home/theo/anaconda3/lib/python3.9/site-packages/vcftoolz/vcftoolz.py", line 19, in <module> import v 阅读全文

摘要： 看到很多基因组选择教程，包括文献资料、R包文档和demo，都是很学术化的：划分训练集和测试集后，一股脑儿建模预测跑下来，比较下准确性。 但在实际应用中，建模和预测并非连在一起，通常是分开进行的。用参考群构建好了模型，用测试群来代入模型做预测。不理解这个过程，你都不知道模型到底是个啥，长什么样，有哪些 阅读全文