摘要：
2024年1月13日，中国农科院深圳基因组研究所武志强教授团队综述了植物细胞器基因组研究进展，文章发表在《Trends in Plant Science》，题为：Plant organellar genomes: much done, much more to do。 质体和线粒体是唯一具有内共生起 阅读全文
posted @ 2024-06-15 22:41
生物信息与育种
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摘要：
今日介绍一家大数据AI超级独角兽公司，以及它如何与当前生物基因组学相结合。它就是Databricks，没错，俗称“砖厂”。 Databricks简介 Databricks公司诞生于2013年，是属于Spark的商业化公司，创始人来自Apache Spark大数据处理系统的创始团队，包括加州大学伯克利 阅读全文
posted @ 2024-06-15 22:40
生物信息与育种
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摘要：
今天处理一个客户的基因型数据，遇到了一个格式转化的问题。 我想将标准vcf转为某特定格式（类hapmap），之前基于pysam库写了一个比较成熟的脚本，运行了n年都没问题。 但这次出错如下： a,b = v['GT'] ValueError: not enough values to unpack 阅读全文
posted @ 2024-06-15 22:37
生物信息与育种
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今年4月，华中农业大学焦文标团队在Genome Biology上发表论文：A comprehensive benchmark of graph‑based genetic variant genotyping algorithms on plant genomes for creating an a 阅读全文
posted @ 2024-06-15 22:32
生物信息与育种
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摘要：
昆士兰大学Robert J. Henry教授团队利用改进的单倍型水平基因组组装揭示更多的水稻基因。 本研究利用更准确的测序技术，分析组装了一个改进的单倍型水平水稻基因组。该改进的基因组组装包含了早期基因组序列中缺失的区域，并且基于更高的序列准确性注释了3000多个新的基因。这个单倍体型基因组将成为水 阅读全文
posted @ 2024-06-15 22:31
生物信息与育种
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摘要：
今年2月，Nature Biotechnology在线发表论文：Quality assessment of gene repertoire annotations with OMArk，描述了一个用于评估蛋白质编码基因注释质量的OMArk软件包。 许多研究直接依赖于从基因组组装中预测的蛋白质编码基因 阅读全文
posted @ 2024-06-15 22:28
生物信息与育种
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Sandbox.bio 是一个生物信息学沙盒平台，允许用户在安全隔离的环境中运行生物信息学实验。它提供各种工具和资源，包括数据库、算法和工具包，可用于各种生物信息学任务，例如数据分析、模型构建和机器学习。 网站：https://sandbox.bio/ 可以从零练习Linux基本操作，以及生信相关的 阅读全文
posted @ 2024-06-15 22:23
生物信息与育种
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推荐一个高效做PCA分析的工具，从VCF文件到直接出图的一键式分析，对于小白非常友好。小明哥刚开发时小编就在用了，那时还叫MingPCACluster，今年五月终于发表见刊，恭喜。 VCF2PCACluster 是基于群体SNP数据VCF格式开发的PCA分析和聚类软件，同时兼并了Genotype 等 阅读全文
posted @ 2024-06-15 22:09
生物信息与育种
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摘要：
The Breeding API (BrAPI) 项目旨在实现植物育种数据库之间的互操作性。 BrAPI 是一个标准化的 RESTful Web 服务 API 规范，用于交流植物育种数据，包括基因型和表型。 BrAPI 非常灵活，可以处理各种用例。社区也非常强大（https://brapi.org/ 阅读全文
posted @ 2024-06-15 22:01
生物信息与育种
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