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尽管国内外已针对玉米建立以育成品种为主体的DNA 指纹数据库（PIDS: A user-friendly plant DNA fingerprint database management system），但尚未建立玉米种质资源分子身份证数据库。已建成的数据库实现了品种全过程管理，并被用来开发新的分 阅读全文
posted @ 2024-06-15 23:22
生物信息与育种
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春节时跟几位老同学、老朋友闲聊，问了下近况。 毕业十年了，每个人的发展轨迹都不同，差异巨大。 在生物和农业方向继续耕耘的，基本上都走上了学术体制化道路，即农大、农科院、农业局任职。 然而在学术上继续深造的同学，学术成果和待遇差距比人和狗都大。 同样的专业和大的研究方向，为何如此大相径庭？ 结合身边的 阅读全文
posted @ 2024-06-15 23:20
生物信息与育种
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好文配好图，好图胜千言！ 一篇高水平科研论文肯定少不了漂亮的图片。 今天给各位学术界的小伙伴推荐一个操作简单、制作精良、专业又高级的科研绘图神器——BioRender（https://www.biorender.com/）。小编最近发表的一篇文章的图片有用到。而恰好，上次分享Rajeev Varsh 阅读全文
posted @ 2024-06-15 23:19
生物信息与育种
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我们的粮食作物从何而来？ 国际农业研究磋商组织（CGIAR）旗下子机构国际热带农业中心（CIAT）早前发表了全球农作物起源和主要多样性区域的交互式地图，以及其与饮食、产量之间的关系。 交互地图详见： https://blog.ciat.cgiar.org/origin-of-crops/ 起源中心与 阅读全文
posted @ 2024-06-15 23:18
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介绍一篇Rajeev Kumar Varshney于2021年在Trends in Plant Science专题《养活世界：植物育种的未来》上的综述，强调了基因组学辅助育种（genomics-assisted breeding, GAB）的作用和意义。 关于Rajeev Kumar Varshne 阅读全文
posted @ 2024-06-15 23:12
生物信息与育种
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总体概况 自2017年以来，我国种子市场规模围绕1200亿元波动，2022年市场规模达到1313.55亿元，同比增长1.14%，2023年约为1367.63亿元。中商产业研究院分析师预测，2024年市场规模将超过1400亿元。 目前，我国玉米、水稻、小麦、马铃薯、大豆种子市值占比分别占比22.87% 阅读全文
posted @ 2024-06-15 23:09
生物信息与育种
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本文来自《基因组选择对培育气候适应性作物的意义》一些研究和观点。 重点摘要 基因组选择是改善植物复杂性状（如生物和非生物胁迫耐受性）和实现可持续生产的有力工具。基因组选择能够显著提高植物的气候适应性和产量，并且预测准确性高。 不同统计模型对预测精度的影响：比较了单因素线性模型（SSGBLUP）、半参 阅读全文
posted @ 2024-06-15 23:08
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今年1月底，由深圳理工大学（筹）计算机科学与控制工程学院院长潘毅和陕西师范大学计算机科学学院教授雷秀娟共同编著的《人工智能在生物信息学中的应用》出版发行。 该书以人工智能方法和生物组学数据分析为主线，阐述了人工智能中的群智能优化、机器学习、深度学习等算法的基本原理，探讨了如何将算法应用于生物信息学相 阅读全文
posted @ 2024-06-15 23:06
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2021年初，随着我国“十三五规划”的落幕和“十四五规划”的开启，农业农村部种业司组织有关专家，分物种开展种业科普宣传，以客观的情况、科学的声音，回应近期社会关注关切。小编汇总统计了主要农作物和畜禽相关的种业科普文章，供大家参考。 请直接点击下方标题链接查看原文。 水稻种业的昨天、今天和明天 作者： 阅读全文
posted @ 2024-06-15 23:05
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近日，中国农科院深圳基因组所程时锋团队在aBIOTECH发表上综述：Innovations in Functional Genomics and Molecular Breeding of Pea: Exploring Advances and Opportunities，总结了豌豆功能基因组学和分 阅读全文
posted @ 2024-06-15 23:02
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番茄的基因组研究是比较靠前的，其分子育种、生物技术和智能育种应用也是走在了前列（包括MAS和GS），可以为其他作物参考。近几年国内也有了很大进展，尤其是黄三文院士连续发表的几篇顶刊。 番茄育种简介 番茄是世界上种植范围最广、消费量最大的蔬菜作物，是茄科家族中的重要一员。其适应性强，在多种环境条件下均 阅读全文
posted @ 2024-06-15 23:00
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本文介绍了一个名为SeqBreed的Python工具，用于评估基因组预测在复杂情况下的表现。该工具可以模拟任何数量的由任意数量的因果位点决定的复杂表型，可实现了GBLUP、SSGBLUP、PBLUP等，并支持多种基因组预测方法和复杂染色体类型。作者使用了果蝇和四倍体马铃薯的数据集进行了测试，并展示了 阅读全文
posted @ 2024-06-15 22:59
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这是美国爱荷华州立大学工业工程系王立志老师联合同校老师发表的一篇文章。Front. Plant Sci.虽然影响因子不高（大家应该都知道偏应用的数量遗传学发表的期刊普遍不高），但本文的引用还是蛮高的，好像是年度最佳论文之一吧。 本文介绍了一种基于深度学习的框架，用于预测作物产量。该框架结合使用卷积神 阅读全文
posted @ 2024-06-15 22:58
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今天小编给大家推荐一本关于基因编辑的科普故事书。此书曾入选中信出版2022年度好书，豆瓣读书评分也高达8.7分，值得一阅。 此书作者沃尔特·艾萨克森（Walter Isaacson)是美国知名传记作家，杜兰大学历史学教授，《时代周刊》前主编，CNN前董事长兼首席执行官。其他畅销传记作品有《史蒂夫·乔 阅读全文
posted @ 2024-06-15 22:57
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通用集成多组学数据集包 MOFA2 包含一系列用于训练和分析多组因子分析 （MOFA） 的工具。MOFA是一种概率因子模型，旨在从可以包含多个组学层和/或样本组的数据集中识别变异的主轴。有关样品的其他时间或空间信息可以使用MEFISTO框架进行合并，该框架是MOFA2的一部分。下游分析功能可用于检查 阅读全文
posted @ 2024-06-15 22:56
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问题 群友发来一个问题，来自一篇文献中的图。 分析 这幅图很明显是一个对角矩阵的统计图形，用R中GGally包的ggpairs() 函数就可以快速绘制。 案例如下： library(GGally) head(tips) pm <- ggpairs(tips) pm 绘图 我将模拟一个数据绘制。 li 阅读全文
posted @ 2024-06-15 22:55
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《生物信息学》联合国内高校学者，紧密跟踪学科发展，提炼学科精华，编写完成。全书涵盖了生物信息学、系统生物学、合成生物学的相关内容，以及应用于第二代测序技术的相关软件和算法。第一、二、三版出版以来，越来越多的高校将其作为首选专业教材或选修教材。作为科学出版社普通高等教育“十四五”规划教材，第四版在修订 阅读全文
posted @ 2024-06-15 22:52
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推荐一本理论与实践相结合的作物育种教材——《作物育种理论与案例分析（第二版）》，由科学出版社2022-03出版，作为“十三五”普通高等教育研究生规划教材、创新型现代农林院校研究生系列教材、全国农业专业学位研究生教育指导委员会推荐教材。 该书由中国农业大学校长孙其信院士主编，总体内容比较新，引进大量的 阅读全文
posted @ 2024-06-15 22:51
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目录论文概述论文速读论文方法论文实验论文总结 论文概述 本文主要探讨了第三代测序技术在不同基因组中的组装策略比较。随着长读序列技术的发展，如Pacific Biosciences和Oxford Nanopore技术，组装精度和计算成本得到了显著提高。然而，从头组装仍然存在计算成本高、结果质量差等挑战 阅读全文
posted @ 2024-06-15 22:49
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目录GS架构GS模型GS论文GS工具影响GS因素总结 过去的二十年，GS已被全球动物育种计划广泛采用，因为它有可能提高选择准确性，最大限度地减少表型，缩短周期和增加遗传增益。此外，鉴于GS在提高小麦、玉米和水稻等谷类作物的产量、生物和非生物胁迫耐受性以及品质方面取得了可喜的初步评估结果，因此正在探索 阅读全文
posted @ 2024-06-15 22:48
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现代玉米育种中，提高品种耐密性和种植密度是提高玉米单产的关键措施。玉米密植后群体通风、透光性降低，会引起避荫反应，造成株高和穗位高增加、抗生物和非生物胁迫能力降低、植株抗倒性降低，并最终导致产量损失。因此，培育耐密理想株型玉米是提高玉米耐密性的重要途径。 2023年12月22日，华南农大王海洋教授与 阅读全文
posted @ 2024-06-15 22:46
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这篇论文介绍了一种使用YOLO算法进行植物检测和计数的技术，旨在为农业实践提供一种自动化、有效的解决方案。作者通过收集大量的农田照片，并对每张照片中的植物实例进行精确的边界框标注，训练了这个算法。YOLO算法以其实时物体检测能力而闻名，在图像中将输入图像划分为网格，并预测每个网格单元格的边界框和类别 阅读全文
posted @ 2024-06-15 22:46
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在GS领域，虽然已经开发了众多统计模型，但其中大多数是针对数量连续性状的，只有少数是针对离散性状。近日，CIMMYT的Jose Crossa（数量遗传学领域大佬，详见：https://www.cimmyt.org/people/jose-crossa/）针对离散性状提出了一个在贝叶斯框架下的离散对数 阅读全文
posted @ 2024-06-15 22:44
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2015年，我开通了微信公众号。自诩文青，发过几篇疼痛文字。现在大多已删，由于太尬，能抠出三室两厅那种。现在能看到的最早一篇是张泉灵的央视离职日记：生命的后半段，您看了就知道有多尬。 后面几年，粉丝寥寥，阅读可数，也很少更新，没想着做大做强，甚至有意回避推广，怕别人看到。 工作做生信搞数据分析，慢慢 阅读全文
posted @ 2024-06-15 22:43
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2024年1月13日，中国农科院深圳基因组研究所武志强教授团队综述了植物细胞器基因组研究进展，文章发表在《Trends in Plant Science》，题为：Plant organellar genomes: much done, much more to do。 质体和线粒体是唯一具有内共生起 阅读全文
posted @ 2024-06-15 22:41
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今日介绍一家大数据AI超级独角兽公司，以及它如何与当前生物基因组学相结合。它就是Databricks，没错，俗称“砖厂”。 Databricks简介 Databricks公司诞生于2013年，是属于Spark的商业化公司，创始人来自Apache Spark大数据处理系统的创始团队，包括加州大学伯克利 阅读全文
posted @ 2024-06-15 22:40
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今天处理一个客户的基因型数据，遇到了一个格式转化的问题。 我想将标准vcf转为某特定格式（类hapmap），之前基于pysam库写了一个比较成熟的脚本，运行了n年都没问题。 但这次出错如下： a,b = v['GT'] ValueError: not enough values to unpack 阅读全文
posted @ 2024-06-15 22:37
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今年4月，华中农业大学焦文标团队在Genome Biology上发表论文：A comprehensive benchmark of graph‑based genetic variant genotyping algorithms on plant genomes for creating an a 阅读全文
posted @ 2024-06-15 22:32
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昆士兰大学Robert J. Henry教授团队利用改进的单倍型水平基因组组装揭示更多的水稻基因。 本研究利用更准确的测序技术，分析组装了一个改进的单倍型水平水稻基因组。该改进的基因组组装包含了早期基因组序列中缺失的区域，并且基于更高的序列准确性注释了3000多个新的基因。这个单倍体型基因组将成为水 阅读全文
posted @ 2024-06-15 22:31
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今年2月，Nature Biotechnology在线发表论文：Quality assessment of gene repertoire annotations with OMArk，描述了一个用于评估蛋白质编码基因注释质量的OMArk软件包。 许多研究直接依赖于从基因组组装中预测的蛋白质编码基因 阅读全文
posted @ 2024-06-15 22:28
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Sandbox.bio 是一个生物信息学沙盒平台，允许用户在安全隔离的环境中运行生物信息学实验。它提供各种工具和资源，包括数据库、算法和工具包，可用于各种生物信息学任务，例如数据分析、模型构建和机器学习。 网站：https://sandbox.bio/ 可以从零练习Linux基本操作，以及生信相关的 阅读全文
posted @ 2024-06-15 22:23
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推荐一个高效做PCA分析的工具，从VCF文件到直接出图的一键式分析，对于小白非常友好。小明哥刚开发时小编就在用了，那时还叫MingPCACluster，今年五月终于发表见刊，恭喜。 VCF2PCACluster 是基于群体SNP数据VCF格式开发的PCA分析和聚类软件，同时兼并了Genotype 等 阅读全文
posted @ 2024-06-15 22:09
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The Breeding API (BrAPI) 项目旨在实现植物育种数据库之间的互操作性。 BrAPI 是一个标准化的 RESTful Web 服务 API 规范，用于交流植物育种数据，包括基因型和表型。 BrAPI 非常灵活，可以处理各种用例。社区也非常强大（https://brapi.org/ 阅读全文
posted @ 2024-06-15 22:01
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