随笔分类 - 工具
摘要：RNAseqQC通过一个提供一系列数据可视化功能来帮助RNAseq数据质量控制的R包，它允许识别具有不需要的生物或技术影响的样品，并探索差异测试结果。 源码：https://github.com/frederikziebell/RNAseqQC 安装指南 安装过程简单明了，只需在R环境中执行以下命令
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摘要：Resistify是一个用于快速且准确地注释植物中的NLRs（Nucleotide-binding domain Leucine-rich Repeat，核苷酸结合域富含亮氨酸重复序列）并提供准确结构分类的工具。NLRs是植物先天免疫系统的关键组成部分，具有显著的存在/缺失变异和序列多样性。Resi
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摘要：vcf2gwas 是一个 Python 构建的 API，用于 GEMMA、PLINK 和 bcftools，直接从 VCF 文件执行 GWAS 以及多个分析后操作。 如何使用？ vcf2gwas的使用非常简单。用户只需提供变异调用格式（VCF）文件和表型数据文件，即可通过一条命令行启动GWAS分析。
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摘要：VIPdb简介 VIPdb（Variant Impact Predictor database）是一个专门收集和总结变异影响预测工具（Variant Impact Predictors，简称VIPs，也称为Variant Effect Predictors，简称VEPs）的数据库。这些工具用于帮助科
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摘要：今年4月，华中农业大学焦文标团队在Genome Biology上发表论文：A comprehensive benchmark of graph‑based genetic variant genotyping algorithms on plant genomes for creating an a
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摘要：本文来自CABI的一篇综述要点。文章探讨了通过选择、杂交、诱变和重组实现的新的遗传变异性，以及植物育种技术创新如何为作物改良提供更精准和更高分辨率的方法。 引言 随着全球人口的增长和气候变化带来的挑战，粮食安全成为全球关注的重点。预计到 2050 年，世界人口将达到 100 亿，这要求我们不仅要养活
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摘要：本综述系统梳理了近20年来开发的水稻生物信息数据库和在线分析工具，并基于内置数据集和功能对它们进行了分类和总结。 水稻基因组数据库 水稻转录和转录后调控数据库 水稻基因网络数据库 水稻种质资源信息数据库 水稻常用的基因编辑系统 水稻基因编辑生物信息工具与数据库 水稻智能育种生物信息工具 专家简介:
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摘要：拜耳的数字化农业平台有FieldView，先正达有Cropwise。 FieldView其实来源于孟山都收购的Climate，而Cropwise同样来源于先正达收购的Strider。 大鱼吃小虾，科技创新小公司最好的归宿好像就是被大厂收编。 先正达的数字农业之路至少在2020年推出Cropwise就
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摘要：近期，安徽农业大学信息与人工智能学院在期刊 npj | systems biology and applications 上发表论文：Crop-GPA: an integrated platform of crop gene-phenotype associations。提出了Crop-GPA（ h
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摘要：背景 现代植物育种是一个数据密集型过程，需要整合和评估多种不同的数据集以支持决策制定。传统的植物育种通过有意的亲本杂交来产生具有优良表型特征的后代，而现代育种方法则结合了标记辅助选择和基因组选择（GS）来增强表型选择。随着高通量表型技术的出现，可以追踪的潜在表型数量大大增加。基因分型技术的低成本化使
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摘要：分享一个智慧农业开源项目：农场数据中继系统（Farm Data Relay System, FDRS）。这是一个利用现代信息技术，如物联网（IoT）、大数据和云计算等，为农业生产提供数据支持和管理优化的系统。该系统的核心功能是收集、处理和分析农场相关数据，帮助农民更精准地进行作物种植和管理。 两年前
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摘要：farmOS简介 farmOS 是一个基于 Web 的应用程序，用于服务器场管理、规划和记录保存。它由农民、开发人员、研究人员和组织组成的社区开发，旨在为农业数据收集和管理提供标准平台。 farmOS服务器建立在Drupal之上，这使得它模块化、可扩展和安全。farmOS Field Kit 应用程
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摘要：近日，Wing-Kin Sung(宋永健)博士在Nature Methods发文Creating diploid assemblies from Nanopore and Illumina reads with hypo-assembler，报道其开发的基因组组装新工具hypo-assembler，
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摘要：mapmixture简介 群体结构（admixture）绘图，R包pophelper是神器（https://github.com/royfrancis/pophelper），立个flag，下次投稿。今天给大家介绍的是另一个R包mapmixture，同样可绘制群体结构图，并与地图分布相结合。小小R包竟
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摘要：好文配好图，好图胜千言！ 一篇高水平科研论文肯定少不了漂亮的图片。 今天给各位学术界的小伙伴推荐一个操作简单、制作精良、专业又高级的科研绘图神器——BioRender（https://www.biorender.com/）。小编最近发表的一篇文章的图片有用到。而恰好，上次分享Rajeev Varsh
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摘要：本文介绍了一个名为SeqBreed的Python工具，用于评估基因组预测在复杂情况下的表现。该工具可以模拟任何数量的由任意数量的因果位点决定的复杂表型，可实现了GBLUP、SSGBLUP、PBLUP等，并支持多种基因组预测方法和复杂染色体类型。作者使用了果蝇和四倍体马铃薯的数据集进行了测试，并展示了
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摘要：今年2月，Nature Biotechnology在线发表论文：Quality assessment of gene repertoire annotations with OMArk，描述了一个用于评估蛋白质编码基因注释质量的OMArk软件包。 许多研究直接依赖于从基因组组装中预测的蛋白质编码基因
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摘要：Sandbox.bio 是一个生物信息学沙盒平台，允许用户在安全隔离的环境中运行生物信息学实验。它提供各种工具和资源，包括数据库、算法和工具包，可用于各种生物信息学任务，例如数据分析、模型构建和机器学习。 网站：https://sandbox.bio/ 可以从零练习Linux基本操作，以及生信相关的
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摘要：推荐一个高效做PCA分析的工具，从VCF文件到直接出图的一键式分析，对于小白非常友好。小明哥刚开发时小编就在用了，那时还叫MingPCACluster，今年五月终于发表见刊，恭喜。 VCF2PCACluster 是基于群体SNP数据VCF格式开发的PCA分析和聚类软件，同时兼并了Genotype 等
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摘要：The Breeding API (BrAPI) 项目旨在实现植物育种数据库之间的互操作性。 BrAPI 是一个标准化的 RESTful Web 服务 API 规范，用于交流植物育种数据，包括基因型和表型。 BrAPI 非常灵活，可以处理各种用例。社区也非常强大（https://brapi.org/
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