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R语言模型部署方法总结
摘要：目录模型部署概述R语言模型云端/服务器部署httpuvjugopencpufieryplumberRserveRestRserve结语 模型部署概述 数据科学项目的生命周期通常以迭代方式执行以下主要阶段： 业务理解（Business understanding） 数据采集和理解（Data acqui 阅读全文
posted @ 2023-11-11 16:35 生物信息与育种 阅读(162) 评论(0) 推荐(0)
如何快速纠正VCF文件中REF和ALT的位置错误？
摘要：目录需求描述尝试解决正确解决 需求描述 一个很简单的需求：一批水稻材料的芯片数据（位点少），想看看它们在3K Rice中处于何种亚群和位置。就需要将芯片位点与3K RG位点整合后进行分析。 已知3K Rice位点可从SNP-Seek中下载：https://snp-seek.irri.org/_dow 阅读全文
posted @ 2023-11-11 16:34 生物信息与育种 阅读(833) 评论(0) 推荐(0)
基于深度学习框架的基因组预测新模型SoyDNGP
摘要：目录简介材料方法数据集SoyDNGP的模型结构比对模型的处理主要结果SoyDNGP在大豆基因组预测中展现了出色的能力大豆基因组预测中SoyDNGP与其他算法的性能比较SoyDNGP模型在不同大豆群体中的多功能预测能力SoyDNGP 在大豆之外的广泛应用SoyDNGP是一个面向大豆基因组预测的开放友好 阅读全文
posted @ 2023-10-15 22:58 生物信息与育种 阅读(606) 评论(0) 推荐(0)
pip安装PyVCF后有问题：ImportError: cannot import name 'Reader' from 'parser'
摘要：目录问题解决 问题 Python通过pip安装PyVCF成功，但运行脚本时出现问题： File "/home/theo/anaconda3/lib/python3.9/site-packages/vcftoolz/vcftoolz.py", line 19, in <module> import v 阅读全文
posted @ 2023-09-28 23:01 生物信息与育种 阅读(145) 评论(0) 推荐(0)
GLNexus进行joint calling时的"half-calls"（如./0, ./1）问题
摘要：目录关于GLNexus由于重叠变异产生的half-callsGATK joint calling对于half-calls的处理建议处理 关于GLNexus GLnexus是由DNAnexus开发，用于可扩展的gVCF合并和联合变异（joint calling）要求群体测序项目，GL即genotype 阅读全文
posted @ 2023-09-17 23:53 生物信息与育种 阅读(443) 评论(0) 推荐(0)
如何快速简化vcf信息？
摘要：[toc] ## 需求描述 vcf是标准的基因型格式文件，其中包含的信息可多可少。主要在于INFO可无限扩展特征，以及每个样本的FORMAT信息，会大大增加vcf文件的大小。一般来说，GATK等软件得到的基因型都会有这些信息，初始变异我们最好保留它们，因为这是过滤位点/样本的依据。但是当我们确定了最 阅读全文
posted @ 2023-07-26 11:33 生物信息与育种 阅读(617) 评论(0) 推荐(0)
关于Jupyter notebook无法自动跳转浏览器
摘要：这个问题网上已经有一堆回答了，如： [解决Jupyter-notebook不自动跳转浏览器的详细方法](https://zhuanlan.zhihu.com/p/435414400) [Python基础090：解决jupyter notebook无法自动跳转chrome浏览器的问题](https:/ 阅读全文
posted @ 2023-06-08 16:21 生物信息与育种 阅读(2228) 评论(0) 推荐(0)
Centos安装Singularity记录
摘要：## 环境依赖 ``` sudo yum update -y && \ yum groupinstall -y 'Development Tools' && \ yum install -y \ openssl-devel \ libuuid-devel \ libseccomp-devel \ w 阅读全文
posted @ 2023-05-17 12:53 生物信息与育种 阅读(634) 评论(0) 推荐(0)
windows系统下校验测序数据MD5？
摘要：本地上传测序文件到Linux系统，做md5时发现有少数文件失败。 $ cat md5.check 84305_FDSW190448400-1a_1.fq.gz: OK 84305_FDSW190448400-1a_2.fq.gz: FAILED md5sum: WARNING: 1 computed 阅读全文
posted @ 2023-05-16 22:13 生物信息与育种 阅读(119) 评论(0) 推荐(0)
农业研究领域的R包工具
摘要：爱达荷大学的统计学顾问Julia Piaskowski总结的关于R包在农业研究领域应用的一个概括。 关于Julia Piaskowski：https://jpiaskowski.gitlab.io/ 来自agstats_2022_poster 更多信息： https://agstats.io/eve 阅读全文
posted @ 2023-03-30 21:21 生物信息与育种 阅读(89) 评论(0) 推荐(0)
解决tabix建索引报错[E::hts_idx_push] Unsorted positions on sequence #
摘要：当我对两个基因型文件位置取交集，并重新生成两个vcf： $ bcftools view -R overlap.lst variant.filter.vcf.gz -Oz -o 300.vcf.gz 出现如下错误： $ tabix 300.vcf.gz [E::hts_idx_push] Unsort 阅读全文
posted @ 2023-03-27 16:20 生物信息与育种 阅读(663) 评论(0) 推荐(0)
Xshell5+Xftp5永久安装与使用（不自动更新）
摘要：Xshell是我用过最好的终端访问服务器的软件，搭配Xftp文件传输，体验很好。不过6及以后版本就收费了，虽然对于学校和家庭使用可以免费，但每次都要强制升级。 Xshell6最多支持4个session。Xshell7可以无限session，但vim编辑文本时，无法通过鼠标回滚到命令行，从而无法复制命 阅读全文
posted @ 2023-03-19 10:51 生物信息与育种 阅读(1853) 评论(0) 推荐(0)
有道云笔记安装包双击无反应？
摘要：如题双击无任何反应，以管理员身份也是。 以为是版本问题，结果v6和v7都不行。 以为是win10自带防护拦截，允许应用通过防火墙，结果还是不行。 最后发现是电脑装了火绒，退出后，双击就好了。 如果你装了电脑管家、360，同样退出就好。如果你的其他应用软件也是双击无反应，同理。 参考：https:// 阅读全文
posted @ 2023-03-19 09:54 生物信息与育种 阅读(275) 评论(0) 推荐(0)
选择清除分析软件XP-CLR的安装折腾之路
摘要：1. 原版 安装比较简单。 wget https://reich.hms.harvard.edu/sites/reich.hms.harvard.edu/files/inline-files/XPCLR.tar tar xvf XPCLR.tar 直接运行bin下的XPCLR即可，若不能运行，则编译 阅读全文
posted @ 2023-03-17 21:23 生物信息与育种 阅读(1285) 评论(0) 推荐(0)
Admixture只能用整数染色体: "Invalid chromosome code. Use integers!"
摘要：原始帖 Admixture做群体结构分析是好用，但也有一些不顺手的地方。最大的问题是不支持非整数的染色体号！ 相信我们手里绝大部分vcf或plink格式文件，染色体ID基本是文本类型的吧。注意plink处理时加上-allow-extra-chr，若染色体数超过人类，可使用--chr-set设置。 s 阅读全文
posted @ 2023-03-14 17:09 生物信息与育种 阅读(918) 评论(0) 推荐(0)
vscode 通过ssh远程连接多台服务器？
摘要：需求 想要把在linux终端操作的习惯改到本机上来。理由如下： linux下的vim对于编程调试不是很方便； 编程与命令不能很好链接，经常要多开几个window或sessions； vim的自动补全不太好使（应该是我没修炼到家）； xshell最近更新的版本导致了之前的习惯操作受到严重限制（如vim 阅读全文
posted @ 2022-10-19 14:49 生物信息与育种 阅读(977) 评论(0) 推荐(0)
使用transanno制作不同基因组版本坐标映射的chain 文件？
摘要：不同基因组版本的位置（坐标）对应关系，在数据分析环节经常用到。 位置对应关系通常通过比对来获取，而信息一般存储在chain文件中。 对于人类、小鼠等模式生物而言，UCSC已经提供了不同版本的chain文件。 对于非模式生物，往往需要先自己制作chian文件，再通过ncbi的remap，UCSC的li 阅读全文
posted @ 2022-09-17 20:29 生物信息与育种 阅读(662) 评论(0) 推荐(0)
Outlook 2016需要更新才能启动？
摘要：问题 Outlook 2016一直好好地，最近打开弹窗“需要更新才能启动”，收不了邮件。 解决 在Microsoft官网下载KB5002051补丁，安装重启后问题解决。 https://docs.microsoft.com/en-us/officeupdates/outlook-updates-ms 阅读全文
posted @ 2022-09-15 21:33 生物信息与育种 阅读(3194) 评论(1) 推荐(0)
生物数据库开发工具GMOD全家桶
摘要：GMOD（Generic Model Organism Database） 是专为生物学家创建的开源项目，生物学家用作存储库和工具的交互应用程序和数据库的集合。 连通性是GMOD的关键。生物信息学应用程序和数据库大量产生，但其中许多工具很少使用，因为用户可能缺乏将工具连接到他们数据所需的资源或专业知 阅读全文
posted @ 2022-09-03 10:49 生物信息与育种 阅读(261) 评论(0) 推荐(0)
使用bypy直接下载百度网盘数据到服务器？
摘要：问题描述 客户一个测序原始数据在百度网盘上待分析。一般思路是下载到本地，再转移到服务器。但这样相当于数据转移两次，如果客户不给你账号密码，可能还得转移三次。而百度网盘这尿性，下载会很慢很慢。 解决方案 网上查了下，百度网盘提供了一个开放的api，使用服务器的命令行即可直接下载数据。 pip inst 阅读全文
posted @ 2022-08-12 17:48 生物信息与育种 阅读(4278) 评论(1) 推荐(0)

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