随笔分类 - 工具
摘要：homology策略预测基因结构，下载了公共mRNA/CDS序列，考虑用gmap比对。本来是个很简单的脚本，但总是不那么顺利。 无论是用conda安装，还是源码安装较新版本，都存在问题。 gmap_build -D ./ -d reference reference.fa gmap -t 10 -D
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摘要：1.conda安装 conda安装虽然简单，但还是有很多坑，而且很多都是隐形的坑。 # conda install -c bioconda repeatmasker conda install -c bioconda repeatmodeler repeatmodeler依赖于repeatmaske
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摘要：1. 主要纠错类型 上篇HiC挂载软件以及如何用Juice_box手工纠错？我吐槽了Juicebox操作麻烦，且没有详细文档。今天在3d-dna流程3D de novo assembly (3D-DNA) pipeline中，终于找到Juicebox的官方文档了：http://aidenlab.or
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摘要：1.常用HiC挂载软件 ALLHiC 张兴坦老师专为多倍体和高杂合度物种基因组挂载开发。如果是复杂基因组，肯定是首选。对于简单基因组，我跑了下，结果不佳。提了issue，张老师特意开发了个为简单基因组设计的流程：https://github.com/tangerzhang/ALLHiC/blob/m
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摘要：需求 客户的一个简单需求： 我有一批功能基因位点，想从重测序的群体材料中找到这些位点，如何批量快速获得？ 示例文件 gene.txt test.vcf 代码实现 run.sh cat $1 |while read gene chr from to do #echo $chr $from $to if
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摘要：1.原理的区别 主要区别在于，非加权组平均法（UPGMA）是基于平均链接方法的聚集层次聚类方法，而邻接法（NJ）是基于最小演化准则的迭代聚类法。 UPGMA的假定条件是：在进化过程中，每一世系发生趋异的次数相同，即核苷酸或氨基酸的替换速率是均等且恒定的。 UPGMA生成有根树，而NJ生成无根树。由于
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摘要：网上有一些很详细的教程，我这里只记录要点，其余部分按以下教程步骤来就行。 1. PicGo安装 国内下载可能较慢，取决于你的网速。下载安装好后，需要安装nodejs 和gitee插件，直接在PicGo上安装可能很慢，建议用npm在命令行安装gitee插件。 npm install picgo-plu
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摘要：记录下下载过程，为自己和后人避坑。 1.Conda连接不上镜像源问题 首先是anaconda安装软件或创建环境时遇到的问题。即使换完清华源和其他镜像源以后依旧报错。 CondaHTTPError: HTTP 000 CONNECTION FAILED for url <https://mirrors
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摘要：前言 虽然我的win版本R已经用4了，但之前在Linux环境一直没用R4.0，因为Linux涉及的东西太多，担心不稳定，牵一发而动全身。 但现在有好些R包必须要用更新到R4.0以上才能用了（主要是Rcpp版本太低），有的包本身升级时也要考虑不同版本的R，不更新一些函数功能用不了。 今天又碰到了这个问
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摘要：Wox是快速搜索小工具，内置了everything（需要先安装），但比everything好用。不止是搜文件，网页、系统等都可以快速搜索，还可以自定义。 下载安装 地址：https://github.com/Wox-launcher/Wox/releases 插件地址：http://www.wox.
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摘要：最近安装github上的R包，经常显示Error in utils::download.file(url, path, method = method, quiet = quiet, : 无法打开URL'https://api.github.com/repos/之类的错误。起初以为是网络的问题，换了
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摘要：1.分析软件 很多很多软件，最常用的有： MEGA PHYLIP 构建进化树一般的步骤是：序列比对，构树（距离法，独立元素法），Booststrap验证。 通常如果是fasta序列，选用方法和软件直接构建就好。 如果要从vcf或hapmap等格式文件构建，则需要做一些处理。可以用类似SNPhylo的
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摘要：之前一直用的putty，现在改用Xshell了，首次配置记录下，免得以后折腾。 双击复制，右击粘贴 双击复制全路径 将以下分隔符中默认的.（点）,-(减号)，/（反斜杠）去掉，注意不要重置，确定即可。 复制窗口：双击窗口 编码：设置utf-8 终端——编码-utf-8 外观设置： 窗口化文件传输 搭
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摘要：服务器部署简介 之前学过一点点R shiny，但只是自己随便在本地R中试用，没试过部署服务器。最近老板要我写个小工具供用户使用，没搞过，头有点大。 一般地，可将shiny部署在shinyapps.io上，适合小工具，但免费数量有限，国外服务器访问慢，不宜公开部署。 部署示例代码： #### 部署在s
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摘要：生信人员主要还是做序列信息的数据分析，平时自己的工作，直接跑代码运行得到结果。但如果要开发一个小工具给普通用户使用，就一个简单的上传数据，然后得到数据分析的结果，这就难倒了一大批人。前端的展示甚至比功能代码部分更让人头疼，CSS+HTML+Javascript了解一下，Django、Flask、To
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摘要：1.准备本地数据库文件 NR(Non-Redundant Protein Sequence Database)非冗余蛋白库，是所有GenBank+EMBL+DDBJ+PDB中的非冗余蛋白序列。Taxonomy物种分类数据库，包括大于7万余个物种的名字和系谱，这些物种都至少在遗传数据库中有一条核酸或蛋
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摘要：根据相似性原理，序列相似，功能相似，所有功能注释无非是用比对工具将输入序列比对到数据库序列，再将输入ID对应数据库ID，进一步对应到功能条目的关系。 数据库要么建到本地，要么联网调用API，一般的软件或包做注释都是通过联网来获得，或者调用依赖的一些专门注释的包（文件较大）。工业生产中，一般需要构建本
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摘要：2015年的综述文章，marker一下，供以后比较试用。蛋白质基因组学研究中的质谱仪与生物信息学方法。 针对蛋白质基因组学的分析研究，总结了质谱仪和蛋白质基因组学流程分析软件的选择，重点评述了常用的生物信息学计算工具，如PepLine 、Proteogenomic Mapping Tool InsP
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摘要：1.简介 2016年，德国马普所的Cox和蛋白质组学领域巨擘Matthias Mann合作开发了MaxQuant软件（MQ），并发表在nbt上，protocol也相应发表在nature protocols上。不足五年，MQ的引用率已高达上万次，其中不乏CNS级别文章（有大佬的加持果然不一样）。毫不夸
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摘要：1.简介 PD全称Proteome Discoverer，是ThermoFisher在2008年推出的商业Windows软件，没错，收费，还不菲。而且主要也是针对他们家的obitrap产出数据。但在业内用得比较多，尤其是在学术界（因为大部分科研人员只会鼠标点点框）。蛋疼的是你就算买了软件还得配个Wi
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