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【4】蛋白质组学鉴定软件之MSGFPlus
摘要：1.简介 MSGF+也是近年来应用得比较多的蛋白鉴定软件。java写的，2008年初次发表JPR，2014年升级发表NC，免费开源，持续更新维护，良心软件。而且，有研究者对不同蛋白质组学鉴定软件进行比较分析，MSGF+的表现也是非常不错的（一下子找不到文献出处~~）。 Github源码：https: 阅读全文
posted @ 2020-08-28 17:53 生物信息与育种 阅读(2395) 评论(0) 推荐(0)
【3】蛋白鉴定软件之Mascot
摘要：1.简介 Mascot是非常经典的蛋白鉴定软件，被Frost & Sullivan形容为“质谱数据检索的黄金标准”，更新维护速度也很快（已发布到2.7版New features in Mascot Server 2.7）。but，它是商业软件（国内康昱盛代理），收费。虽然有在线版本，但仅支持少量谱图 阅读全文
posted @ 2020-08-28 16:39 生物信息与育种 阅读(5269) 评论(1) 推荐(0)
【2】蛋白鉴定软件之Comet
摘要：1.简介 官网：http://comet-ms.sourceforge.net/ 1993年开发，持续更新，免费开源 适用Windows/Linux 多线程，支持多种输入输出格式：输入谱图文件（mzXML, mzML, mgf, or ms2/cms2），输出.pep.xml/.pin.xml/.s 阅读全文
posted @ 2020-08-28 15:10 生物信息与育种 阅读(2297) 评论(0) 推荐(0)
【1】蛋白鉴定软件之X!Tandem
摘要：1. 简介 X!Tandem是GPM：The Global Proteome Machine（主要基于Web的开源用户界面，用于分析和显示蛋白质鉴定数据。关于GPM的更多内容可参考https://www.thegpm.org/GPM/faq.html）中的一个成员，此外还有X! P3 、X! Hun 阅读全文
posted @ 2020-08-28 09:38 生物信息与育种 阅读(3266) 评论(0) 推荐(0)
生物信息流程搭建方法
摘要：先来看一则招聘信息： 关于生物信息流程，不同的分类标准可能得到不一样的分类结果，比如： A review of bioinformatic pipeline frameworks这篇综述中，按照隐式公约框架、明确框架、配置框架和基于类的框架等对现代的生物信息流程框架进行分类。 生信分析流程构建的几大 阅读全文
posted @ 2020-08-11 22:57 生物信息与育种 阅读(2590) 评论(0) 推荐(0)
SQL基础语法复习
摘要：1. DML 数据操作指令 select 查 select 列 from 表 #取某列 select * from 表 #取全部 update 改 update 表 set 列=新值 where 列=某值 #更新列中某个值 update 表 set 列1=新值1, 列2=新值2 where 列=某值 阅读全文
posted @ 2020-08-02 21:09 生物信息与育种 阅读(276) 评论(0) 推荐(0)
【宏蛋白组】iMetaLab平台分析肠道宏蛋白质组数据
摘要：[toc] 一、iMetaLab简介 宏蛋白组学是个非常小众的领域，即使从事的学者也并非专门做这个，大多是作为系统生物学的延伸研究。业界有几个比较有影响力的研究团队，一是比利时根特大学的 "(COMPOMICS)" 团队，开发了有代表性的宏蛋白分析工具如 "Unipept" 、 "MetaProte 阅读全文
posted @ 2020-05-13 15:23 生物信息与育种 阅读(1439) 评论(0) 推荐(0)
Docker初试
摘要：1. docker是啥？ 自行Google或百度去。。。 "https://yeasy.gitbooks.io/docker_practice/introduction/what.html" 重要概念： 镜像 image ：一个特殊的 root 文件系统，除了提供容器运行时所需的程序、库、资源、配置 阅读全文
posted @ 2020-04-23 11:40 生物信息与育种 阅读(228) 评论(0) 推荐(0)
eggNOG 5.0数据库介绍
摘要：[toc] 1. eggNOG简介 最近考虑到所用的一些数据库太旧了，需要更新。在整理的时候发现eggNOG数据库在去年的时候已经做了一次更新 "eggNOG 5.0: a hierarchical, functionally and phylogenetically annotated ortho 阅读全文
posted @ 2020-04-22 17:47 生物信息与育种 阅读(11577) 评论(0) 推荐(0)
DIA技术及其软件工具介绍
摘要：前言 关于蛋白质组学，你是不是已经听了太多公司的宣讲，介绍了一大堆的技术名词，反而越听越懵懂，脑袋一团乱麻？就和传话游戏一样，当我们接收了多手信息以后，得到的信息就越不准确。那么，何不自己看一看第一手信息呢？比如说DIA。 这里只推荐两篇综述。 第一篇是蛋白质组学泰山北斗的Ruedi Aeberso 阅读全文
posted @ 2020-04-02 23:16 生物信息与育种 阅读(6191) 评论(0) 推荐(0)
Atom编辑器速查
摘要：简介 Atom 是 Github 开源的文本编辑器，相当于半个IDE。其特点如下： （1）免费开源，多平台支持（Windows、Mac、Linux）； （2）界面美观、现代化，使用舒适； （3）多文件管理（文件树列表功能）； （4）设置管理很方便，不用像Sublime需要自己手动安装第三方管理插件； 阅读全文
posted @ 2020-03-31 11:04 生物信息与育种 阅读(439) 评论(0) 推荐(0)
【Git】常用命令和配置
摘要：原理 Git 命令很多，但日常使用只要记住下图的6个主要命令，就可以了。 工作区(Working Directory） 在git管理下的正常目录都算是工作区。就是你平时存放项目代码的地方。 暂存区(Stage/Index) 暂存区，用于临时存放你的改动，事实上它只是一个文件，保存即将提交到文件列表信 阅读全文
posted @ 2020-03-18 18:01 生物信息与育种 阅读(224) 评论(0) 推荐(0)
【Linux】tmux安装（非root）及其使用
摘要：tmux（terminal multiplexer） 是Linux上的终端复用神器。 1. 安装 （1）下载 下载及其依赖软件。 （2）安装 先安装依赖，再安装tmux。 （3）设置环境 设置环境变量。 2. 常用命令使用 tmux的结构包括 会话(session)、窗口(window)、窗格(pa 阅读全文
posted @ 2020-03-09 22:39 生物信息与育种 阅读(4905) 评论(0) 推荐(0)
Pycharm的简单配置和使用
摘要：外观 Ctrl+滚轮改变字体大小：file -> Setting ->Editor-〉General -> Mouse； 字体、颜色：file->settings->Editor； 主题：file->settings->Editor->appearance->theme 注释颜色：File-->Se 阅读全文
posted @ 2020-02-14 16:20 生物信息与育种 阅读(885) 评论(0) 推荐(0)

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