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001、 -s file：文件存在而且文件不为空，则为真，否则为假 (base) [root@pc1 test01]# ls a.txt b.txt (base) [root@pc1 test01]# ll -h ## 两个侧式文件，a.txt不为空，b.txt则为空 total 4.0K -rw- 阅读全文
posted @ 2023-10-06 19:44
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001、 默认参数直接对比 [b20223040323@admin1 test02]$ ls SRR3156163.sra SRR3156164.sra [b20223040323@admin1 test02]$ md5sum * ## 两个sra文件完全一致 9e819f5e4499b54fd65 阅读全文
posted @ 2023-10-06 15:14
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001、ncbi官网 002、SRA Lite和SRA Normalized 的 区别： https://www.omicsclass.com/article/2178 如下图： sra.lite的磁盘占用小于标准sra的，以SRR3156163为例。 003、sra.lite 和 sra标准数据下 阅读全文
posted @ 2023-10-06 14:46
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001、 [b20223040323@admin1 test]$ ls SRR1770413.sorted.bam SRR1770413.sorted.markdup_metrics.txt SRR1770413.sorted.markdup.bam step4.slurm [b2022304032 阅读全文
posted @ 2023-10-06 12:06
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001、 (base) [b20223040323@admin1 test]$ ls ERR2985610.sorted.markdup.bam ## 1 线程 (base) [b20223040323@admin1 test]$ time samtools index -@ 1 ERR298561 阅读全文
posted @ 2023-10-06 11:15
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001、 a.txt [root@pc1 test01]# cat a.txt ## 测试数据 40 60 20 40 40 80 60 20 20 89 ## 每隔3行， 打上标签 [root@pc1 test01]# awk 'BEGIN{a=1}{if(sum <= 3) {print "ta 阅读全文
posted @ 2023-10-06 10:54
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001、 [root@pc1 test01]# ls a.txt [root@pc1 test01]# cat a.txt ## 测试数据 40 60 20 40 40 80 60 20 20 0 0 80 4 4 8 8 ## 每隔4行输出平均值 [root@pc1 test01]# awk '{ 阅读全文
posted @ 2023-10-06 10:45
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001、 prefetch的安装 a、现在 NCBI官网：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/ b、 c、 d、 e、 解压、找到可执行程序 [root@pc1 software02]# ls sratoolkit.3.0.7-centos_linux64.tar.gz ## 阅读全文
posted @ 2023-10-06 10:13
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