小鲨鱼2018

2023年10月13日

DEBUG:urllib3.connectionpool:Starting new HTTPS connection (1): conda.anaconda.org:443

摘要： 001、问题 conda 安装samtools出现如下问题： (base) [root@pc1 home]# conda install samtools -c bioconda 002、解决方法更新conda： (base) [root@pc1 home]# conda --version ## 阅读全文

posted @ 2023-10-13 17:54 小鲨鱼2018 阅读(1201) 评论(0) 推荐(0)

seqkit软件根据染色体名称从fasta文件中批量提取数据

摘要： 001、批量提取，将染色体名称写入到list文件 [root@pc1 test1]# ls a.fa chr.list [root@pc1 test1]# cat a.fa ## 测试fasta >chr1 tttcccggg >chr2 tttggg ccc >chr3 cccttt >chr4 阅读全文

posted @ 2023-10-13 17:22 小鲨鱼2018 阅读(1054) 评论(0) 推荐(0)

python 中 collections 模块中的 defaultdict

摘要： 01、 [root@pc1 test1]# python3 Python 3.11.4 (main, Jul 5 2023, 14:15:25) [GCC 11.2.0] on linux Type "help", "copyright", "credits" or "license" for mo 阅读全文

posted @ 2023-10-13 16:09 小鲨鱼2018 阅读(26) 评论(0) 推荐(0)

linux 中给文本按照指定列标记重复次数

摘要： 001、 awk + 数组实现 [root@pc1 test2]# ls a.txt [root@pc1 test2]# cat a.txt ## 测试数据 a b b a b c f f b a [root@pc1 test2]# awk '{ay[$0]++; print ay[$0], $0} 阅读全文

posted @ 2023-10-13 14:42 小鲨鱼2018 阅读(52) 评论(0) 推荐(0)

Linux awk给fasta中重复的染色体名做重复标记

摘要： 001、 awk实现 [root@pc1 test1]# ls a.txt [root@pc1 test1]# cat a.txt ## 测试文件 >jcf7180003470556 2 7 >jcf7180003470556 3 8 >jcf7180003470552 4 9 6 >jcf7180 阅读全文

posted @ 2023-10-13 14:32 小鲨鱼2018 阅读(27) 评论(0) 推荐(0)

2023年10月12日

Linux中实现每隔指定行规律输出文本内容

摘要： 001、间隔2 [root@pc1 test1]# ls a.txt [root@pc1 test1]# cat a.txt ## 测试数据 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 [root@pc1 test1]# awk '{if(NR % 2 == 1) {count++}; if(NR % 阅读全文

posted @ 2023-10-12 14:28 小鲨鱼2018 阅读(146) 评论(0) 推荐(0)

Linux 中awk命令根据索引文件批量提取列和行

摘要： 001、批量提取列，根据索引index.txt文件批量提取2、4、8、9列 [root@pc1 test2]# ls a.txt index.txt [root@pc1 test2]# cat a.txt ## 测试文件 001 002 003 004 005 006 007 008 009 010 阅读全文

posted @ 2023-10-12 12:16 小鲨鱼2018 阅读(352) 评论(0) 推荐(0)

Linux 中 head -c截取无换行符的字符

摘要： 001、 [root@pc1 test2]# ls a.txt [root@pc1 test2]# cat a.txt 01 02 1 03 04 2 05 06 3 07 08 4 09 10 5 11 12 6 13 14 7 15 16 8 17 18 9 19 20 10 21 22 11 阅读全文

posted @ 2023-10-12 11:50 小鲨鱼2018 阅读(36) 评论(0) 推荐(0)

awk if分支拆分为不同的文件

摘要： [root@pc1 test1]# ls file.txt [root@pc1 test1]# cat file.txt ## 测试文件 0 01 02 03 04 0 05 06 07 08 0 09 10 11 12 1 13 14 15 16 1 17 18 19 20 2 77 33 22 阅读全文

posted @ 2023-10-12 10:37 小鲨鱼2018 阅读(52) 评论(0) 推荐(0)

linux 中 awk直接引入外部变量

摘要： 001、 [root@pc1 test1]# ls a.txt [root@pc1 test1]# a=4 ## 定义变量a [root@pc1 test1]# cat a.txt 1 [root@pc1 test1]# awk '{for(i = 1; i <= "'$a'"; i++) prin 阅读全文

posted @ 2023-10-12 10:15 小鲨鱼2018 阅读(163) 评论(0) 推荐(0)

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