小鲨鱼2018

2023年10月14日

摘要：最好不要尝试编译安装，报错折腾死人。 001、 (base) [root@pc1 ~]# conda install -c hcc aspera-cli -y 002、调用测试 (base) [root@pc1 ~]# ascp -h | head 。阅读全文

posted @ 2023-10-14 22:30 小鲨鱼2018 阅读(152) 评论(0) 推荐(0)

Some seqs are too long, please rebuild the program with make parameter MAX_SEQ=new-maximum-length (e.g. make MAX_SEQ=10000000)

摘要： 001、cd-hit报错如下 Some seqs are too long, please rebuild the program with make parameter MAX_SEQ=new-maximum-length (e.g. make MAX_SEQ=10000000) 002、解决方法阅读全文

posted @ 2023-10-14 12:03 小鲨鱼2018 阅读(256) 评论(0) 推荐(0)

cdhit-common.h:39:17: fatal error: zlib.h: No such file or directory

摘要： 001、问题 cd-hit 编译报错如下： cdhit-common.h:39:17: fatal error: zlib.h: No such file or directory 002、解决方法 yum -y install zlib zlib-devel 003、验证 [root@pc1 cd 阅读全文

posted @ 2023-10-14 11:37 小鲨鱼2018 阅读(122) 评论(0) 推荐(0)

python实现根据序列ID从fasta文件中删除指定的序列

摘要： 001、 [root@pc1 test1]# ls a.fa rm.list test.py [root@pc1 test1]# cat a.fa ## 测试fasta >chr1 tttcccggg >chr2 tttgggjjj cccjjjjjj >chr3 ccc >chr4 aaaaatt 阅读全文

posted @ 2023-10-14 10:07 小鲨鱼2018 阅读(268) 评论(0) 推荐(0)

seqkit 软件根据序列ID删除指定的序列

摘要： 001、单个删除 (base) [root@pc1 test1]# ls a.fa (base) [root@pc1 test1]# cat a.fa ## 测试文件 >chr1 tttcccggg >chr2 tttgggjjj cccjjjjjj >chr3 ccc >chr4 aaaaatt 阅读全文

posted @ 2023-10-14 09:20 小鲨鱼2018 阅读(1678) 评论(0) 推荐(0)

python实现fasta文件碱基序列每行按照指定数目输出

摘要： 001、 (base) [root@pc1 test1]# ls a.fa test.py (base) [root@pc1 test1]# cat a.fa ## 测试fasta >chr1 tttcccggg >chr2 tttgggjjj cccjjjjjj >chr3 ccc >chr4 a 阅读全文

posted @ 2023-10-14 08:50 小鲨鱼2018 阅读(57) 评论(0) 推荐(0)

2023年10月13日

python 中实现根据序列长度过滤fasta文件

摘要： 001、 [root@pc1 test1]# ls a.fa test.py [root@pc1 test1]# cat a.fa >chr1 tttcccggg >chr2 tttgggjjj cccjjjjjj >chr3 ccc >chr4 aaaaatt [root@pc1 test1]# 阅读全文

posted @ 2023-10-13 23:27 小鲨鱼2018 阅读(63) 评论(0) 推荐(0)

python 实现统计fasta文件每一条序列的长度

摘要： 001、 a、 [root@pc1 test1]# ls a.fa test.py [root@pc1 test1]# cat a.fa ## 测试fasta >chr1 tttcccggg >chr2 tttggg ccc >chr3 cccttt >chr4 aaaaattt [root@pc1 阅读全文

posted @ 2023-10-13 23:00 小鲨鱼2018 阅读(99) 评论(0) 推荐(0)

python 中序列ID从fasta文件中批量提取序列数据

摘要： 001、 [root@pc1 test1]# ls a.fa chr.list test.py [root@pc1 test1]# cat a.fa ## 测试fasta文件 >chr1 tttcccggg >chr2 tttggg ccc >chr3 cccttt >chr4 aaaaattt [ 阅读全文

posted @ 2023-10-13 20:37 小鲨鱼2018 阅读(199) 评论(0) 推荐(0)

samtools: error while loading shared libraries: libcrypto.so.1.0.0: cannot open shared object file: No such file or directory

摘要： 001、问题：conda安装samtools后调用出现如下报错： samtools: error while loading shared libraries: libcrypto.so.1.0.0: cannot open shared object file: No such file or d 阅读全文

posted @ 2023-10-13 18:05 小鲨鱼2018 阅读(646) 评论(0) 推荐(0)

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