seqkit软件根据染色体名称从fasta文件中批量提取数据

 

001、批量提取，将染色体名称写入到list文件

[root@pc1 test1]# ls
a.fa  chr.list
[root@pc1 test1]# cat a.fa             ## 测试fasta
>chr1
tttcccggg
>chr2
tttggg
ccc
>chr3
cccttt
>chr4
aaaaattt
[root@pc1 test1]# cat chr.list         ## 染色体列表
chr2
chr4
[root@pc1 test1]# seqkit -w 8 grep -f chr.list a.fa > result.fa   ## -w指定每行输出的碱基数目
[INFO] 2 patterns loaded from file
[root@pc1 test1]# cat result.fa         ## 结果文件
>chr2
tttgggcc
c
>chr4
aaaaattt

 

。

 

002、根据单条染色体的名称提取

seqkit grep -p "NC_056054.1" GCF_016772045.1_ARS-UI_Ramb_v2.0_genomic.fna

。