小鲨鱼2018

2024年2月9日

摘要： 001、 Linux 中awk命令批量提取多个非连续的行 [root@PC1 test]# ls a.txt lines.list [root@PC1 test]# cat a.txt ## 测试文件 eree fff 1 saaf eee 2 xxxe kkk 3 zzzz mmm 4 2222 阅读全文

posted @ 2024-02-09 12:26 小鲨鱼2018 阅读(79) 评论(0) 推荐(0)

Linux 中如何将文本中最后一个指定的字符串替换为指定的内容

摘要： Linux 中如何将文本中最后一个指定的字符串替换为指定的内容阅读全文

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linux 中如何提取一列中纯数字或者纯字母的行

摘要： 001、纯数字 [root@PC1 test1]# ls a.txt [root@PC1 test1]# cat a.txt ## 测试文本 sdf324 7fy323td34 342 fff 435 tih 6334 s234dfg65 [root@PC1 test1]# grep "^[0-9] 阅读全文

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2024年2月8日

Linux 中 awk命令输出文本的前几列

摘要： 001、linux 中 awk命令输出文本的前几列 [root@PC1 test2]# ls a.txt [root@PC1 test2]# cat a.txt ## 测试文本 01 02 03 04 05 06 07 08 09 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 2 阅读全文

posted @ 2024-02-08 22:06 小鲨鱼2018 阅读(363) 评论(0) 推荐(0)

Linux 中如何输出文本的最后几列

摘要： 001、linux 中如何输出文本的最后几列 [root@PC1 test2]# ls a.txt [root@PC1 test2]# cat a.txt ## 测试文本 01 02 03 04 05 06 07 08 09 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 2 阅读全文

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linux shell中实现对fastq read重命名

摘要： 001、命令程序： ## step1: 处理 read1 awk 'END{tmp = NR / 4; split(FILENAME, a, "_"); for (i = 1; i <= tmp; i++) {print "@"a[1]"."i,i"/1"}}' name_1.clean.fastq 阅读全文

posted @ 2024-02-08 20:25 小鲨鱼2018 阅读(109) 评论(0) 推荐(0)

Linux 中 sed命令如何替换文本中的最后一个指定的字符串

摘要： 1、rev + sed实现 [root@PC1 test1]# ls a.txt [root@PC1 test1]# cat a.txt ## 测试文本 edab34aberabr dfjhdsfffgggd abdfabdfereab dfabereabfabe [root@PC1 test1]# 阅读全文

posted @ 2024-02-08 19:24 小鲨鱼2018 阅读(694) 评论(0) 推荐(0)

2024年2月7日

paired reads have different names:

摘要： 001、问题bwa报错如下： paired reads have different names: 002、解决方法，对fastq文件的read名进行重命名脚本如下： ## step1: 处理 read1 awk 'END{tmp = NR / 4; split(FILENAME, a, "_") 阅读全文

posted @ 2024-02-07 20:04 小鲨鱼2018 阅读(140) 评论(0) 推荐(0)

Linux 中添加空行和删除空行

摘要： Linux 中添加空行和删除空行阅读全文

posted @ 2024-02-07 18:04 小鲨鱼2018 阅读(25) 评论(0) 推荐(0)

fastq-dump --split-files 和 fastq-dump --split-3 的区别和联系

摘要： fastq-dump --split-files 和 fastq-dump --split-3 的区别和联系阅读全文

posted @ 2024-02-07 17:46 小鲨鱼2018 阅读(219) 评论(0) 推荐(0)

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