摘要：
001、问题 htsjdk.samtools.SAMFormatException: SAM validation error: ERROR::READ_GROUP_NOT_FOUND:Record 124082463, Read name SRR11176426.101884444, RG ID 阅读全文
posted @ 2024-02-04 20:11
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001、 [root@pc1 test1]# ls a.txt [root@pc1 test1]# cat a.txt ## 测试数据 a 8 b 8 a 4 a 6 b 2 c 8 c 1 ## 利用awk数组进行统计 [root@pc1 test1]# awk '{ay1[$1]++; ay2[ 阅读全文
posted @ 2024-02-01 09:52
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001、测试1 [root@pc1 test1]# ls [root@pc1 test1]# mkdir a/b/c ## mkdir创建连续目录，失败 mkdir: cannot create directory ‘a/b/c’: No such file or directory [root@p 阅读全文
posted @ 2024-01-31 17:48
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001、输出首次出现的项 [root@pc1 test1]# ls test.map [root@pc1 test1]# cat test.map ## 测试数据 1 55910 1 85204 1 122948 2 167127 2 176079 2 361433 3 144010 3 19991 阅读全文
posted @ 2024-01-31 17:15
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001、 输出最大项 (base) [b20223040323@admin1 test]$ ls a.txt (base) [b20223040323@admin1 test]$ cat a.txt ## 测试数据 a 88 a 76 b 88 c 10 b 777 c 200 a 87 c 150 阅读全文
posted @ 2024-01-31 16:42
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001、判断元素存在于数组中 (base) [b20223040323@admin1 test]$ ls a.txt (base) [b20223040323@admin1 test]$ cat a.txt ## 测试数据 a 88 a 76 b 88 a 876 b 25 a 66 ## 判断元素 阅读全文
posted @ 2024-01-31 16:34
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001、 (base) [b20223040323@admin1 test]$ ls test.fa (base) [b20223040323@admin1 test]$ cat test.fa ### 一个测试文件 >jcf7180004256566_1 GATGCATATTACGTTCTACGT 阅读全文
posted @ 2024-01-30 17:34
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001、slurm系统中用于查看作业的详细信息 a、查看所有的作业信息：scontrol show jobs b、根据作业的ID查看任务的详细信息：scontrol show job 568026 其中 568026为作业ID， 可以使用squeue命令查询 。 阅读全文
posted @ 2024-01-25 23:56
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001、sinfo显示分区信息 阅读全文
posted @ 2024-01-25 23:30
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解决方案1 001、问题 gatk标记重复报错 a、使用程序如下： #!/bin/bash #SBATCH -J ERR2309122 #SBATCH -p Cnode #SBATCH -o %j.ERR2309122.result #SBATCH -e %j.ERR2309122.error #S 阅读全文
posted @ 2024-01-24 10:14
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