小鲨鱼2018

摘要： 001、 (base) [b20223040323@admin1 test2]$ cat 003.txt ## 测试数据如下，第一列有多个项，且部分项有重复，实现根据第三列筛选出最大的项 ID=gene-TRNAC-GCA rna-TRNAC-GCA 72 ID=gene-ATP5O rna-XM_ 阅读全文

摘要： \b表示限位符，\B表示与\b相反的匹配 01、\b [root@PC1 test2]# ls a.txt [root@PC1 test2]# cat a.txt ## 测试数据 ab xyky 3d ma abki ff ec dfab ff fg ab kk ad ff ab ad fabe j 阅读全文

摘要： 01、先排序，然后取首尾（数据大时不适用） [root@pc1 test1]# ls a.txt [root@pc1 test1]# cat a.txt ## 测试文件 8 3 39 28 2 4 6 [root@pc1 test1]# sort -n a.txt | head -n 1 ## 最小 阅读全文

摘要： 001、问题： gatk DBI 模块在 sheep 1号染色体（其他染色体同样的命令并没有报错；一共134 sheep个体）调用GenotypeGVCFs 命令call snps时出现如下报错： 002、问题原因 it looks like we are hitting the limits of 阅读全文

摘要： 001、将每行的首字母大写 a、 [root@PC1 test1]# ls a.txt [root@PC1 test1]# cat a.txt ## 测试文件 aa bb cc dd ee ff gg hh qq [root@PC1 test1]# sed 's/^[a-z]/\U&/' a.txt 阅读全文

摘要： 001、 [root@PC1 test1]# ls a.txt [root@PC1 test1]# cat a.txt ## 测试文本 aa bb ee 33 ff rr aa ff yy [root@PC1 test1]# awk 'NR == 2 {printf("%s\t%d\n", $2, 阅读全文

摘要： 001、print函数 a、简单输出 > print(100) ## 输出数值 [1] 100 > print("abcd") ## 输出字符串 [1] "abcd" b、输出变量 > a <- 100 > b <- "xyz" > print(a) ## 输出数值变量 [1] 100 > prin 阅读全文

摘要： 001、测试数据 [b20223040323@admin1 test]$ ls x_gather_pav.txt [b20223040323@admin1 test]$ cat x_gather_pav.txt ## 测试数据；每一行是一个个体；每一列是一个基因；矩阵中的0表示基因在这个个体中缺失， 阅读全文

摘要： 001、方法1 双文件 [root@PC1 test1]# ls a.txt cols.list [root@PC1 test1]# cat cols.list ## 列 1 3 5 8 [root@PC1 test1]# cat a.txt ## 测试文件 001 002 003 004 005 阅读全文

摘要： 001、直接合并 [root@PC1 test1]# str1=aa [root@PC1 test1]# str2=bb ## 测试字符串 [root@PC1 test1]# str3=$str1$str2 ## 直接合并 [root@PC1 test1]# echo $str3 ## 输出合并结果 阅读全文